【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

補助金HACKの3つの強み

• 製造業の設備投資・省力化・DX推進の申請支援実績（支援件数・採択率は本文に記載）
• 2026年最新制度を含めた併用シミュレーションに対応
• LINEで気軽に相談できる体制（無料・できる限り早急に返信）

補助金の併用は、中小企業が資金調達を最大化するうえで有効な手段のひとつです。「国の補助金と自治体の補助金を同時に使えるのか」「ものづくり補助金とIT導入補助金は並行申請・同時申請できるのか」——こうした疑問を持つ経営者の方は多いはずです。

結論からお伝えすると、異なる目的・異なる経費に対する補助金であれば、複数を組み合わせて活用できます。一方で、同一の経費に対して複数の補助金を申請する「二重申請」は原則として禁止されています。

補助金HACKの支援経験をもとに、併用OKのパターンとNGのパターンを整理します。製造業を中心に、具体的な自己負担額のシナリオも交えて解説しますので、設備投資やDX推進を検討している経営者の方はぜひ最後まで読んでください。

補助金の併用とは？中小企業が知っておくべき基本ルール

補助金の「併用」とは、1社が複数の補助金を同時期または連続して受給することを指します。補助金は1種類しか使えないと思っている経営者の方も多いのですが、条件を満たせば複数の補助金を組み合わせて活用することが可能です。

補助金は国・都道府県・市区町村それぞれが独自に設けており、財源・所管省庁・目的がそれぞれ異なります。この「財源が異なる」という点が、併用を可能にする大きな理由のひとつです。

複数申請と重複受給の違い

「複数申請」と「重複受給」は似て非なる概念です。混同すると不正申請のリスクがあるため、最初に整理しておきます。

概念	内容	可否
複数申請・同時申請	異なる経費・異なる目的で複数の補助金に申請すること	原則OK
重複受給	同一の経費に対して複数の補助金から補助を受けること	NG（不正受給）

補助金の併用が認められるかどうかは、主に以下の2点で判断します。

1. 同一の経費に対して複数の補助金を申請していないか
2. 各補助金の公募要領（申請条件・制度の詳細をまとめた公式文書）に「他の補助金との併用禁止」の規定がないか

この2点を満たしていれば、複数の補助金を同時期に活用することは一般的に認められています。ただし補助金ごとに細かいルールが異なるため、必ず各補助金の公募要領で個別に確認することが大前提です。

「同一経費への二重申請」とは、たとえば500万円の設備費を2つの補助金に同時に申請する行為を指します。これは不正受給として処分の対象になるため、経費の切り分けが申請成功の大前提です。

補助金と助成金・融資の違い

混同されやすい「補助金」「助成金」「融資」の違いも確認しておきましょう。

種類	主な所管	受給条件	採択率の目安	返済
補助金	国・自治体	採択審査あり	20〜50%程度（制度により異なる）※1	不要
助成金	主に厚生労働省	要件を満たせば原則受給可能	要件充足で原則受給	不要
融資	銀行・政策金融公庫等	審査あり	—	要返済

※1 採択率はものづくり補助金・IT導入補助金・省力化投資補助金それぞれで異なります（詳細は後述）。中小企業庁公開データおよび補助金HACKの自社集計（2023〜2025年支援実績）をもとに作成。

補助金と融資は財源・性質がまったく異なるため、同時並行で活用することが可能です。補助金で自己負担を減らしながら、不足分を融資で補う戦略は多くの中小企業が採用しています。

製造業が狙える補助金の組み合わせ例

製造業（金属加工・部品メーカー等）のニーズは「設備老朽化への対応」「省力化」「DX推進」の3つに集約されることが多く、それぞれに対応する補助金があります。

課題	対応補助金（例）	補助率の目安	補助上限額の目安	過去採択率の目安	出典
設備刷新・新ライン増設	ものづくり補助金（※）	1/2〜2/3	750〜1,250万円	40〜50%程度※2	中小企業庁
省力化・自動化投資	中小企業省力化投資補助金	1/2	最大1,500万円	50〜60%程度※2	中小企業庁
生産管理システム導入	IT導入補助金	1/2〜3/4	最大450万円	60〜70%程度※2	IT導入補助金公式

※ものづくり補助金は次回公募未定です（2026年5月時点）。補助率・上限額は過去公募実績の参考値です。最新情報は中小企業庁の公式サイトをご確認ください。

※2 採択率は中小企業庁公開データおよび補助金HACKの自社集計（2023〜2025年・支援件数をベース）による推計値です。公募回・申請内容により変動します。

ものづくり補助金とは

ものづくり補助金（正式名称：ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金）は、中小企業が革新的な製品・サービス開発や生産プロセスの改善に必要な設備投資等を支援する国の補助金です。製造業の設備刷新で最も活用実績が多い補助金のひとつです。

IT導入補助金とは

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者がITツール（ソフトウェア・クラウドサービス等）を導入する際の費用を支援する補助金です。生産管理・受発注・在庫管理などのシステム導入が対象になります。

中小企業省力化投資補助金とは

中小企業省力化投資補助金は、人手不足に悩む中小企業が協働ロボット・自動搬送装置などの省力化設備を導入する際に活用できる補助金です。製造業での協働ロボット導入実績が多く見られます。

具体的な組み合わせシナリオと自己負担額

埼玉県の精密加工メーカー（従業員30名・年商3億円）が以下の投資を検討しているケースです。

投資計画と補助金の組み合わせ案

投資項目	投資額	対応補助金	最大補助額	自己負担額
精密加工ラインの増設	2,000万円	ものづくり補助金（※）	1,000万円	1,000万円
生産管理・受発注システム	300万円	IT導入補助金	150万円	150万円
協働ロボット導入	1,000万円	中小企業省力化投資補助金	500万円	500万円
合計	3,300万円	—	最大1,650万円	最低1,650万円

上記はシナリオの一例です。各補助金の対象要件・公募スケジュールを確認したうえで申請可否を判断してください。「経費が明確に切り分けられているか」「各補助金の趣旨に事業計画が合致しているか」の2点を必ず確認してください。

補助金の「補助対象経費」とは何か

「補助対象経費」とは、補助金で経費として認められる範囲のことです。この範囲に含まれる経費のみが補助の対象になります。

補助金	対象経費の例（○）	対象外の例（×）
ものづくり補助金	製造設備の購入費・設備設置工事費	消耗品費・人件費（一部例外あり）・土地代
IT導入補助金	ITツール（ソフト・クラウド）の導入費	PCのみの購入・既存システムの保守費
小規模事業者持続化補助金	チラシ制作費・HP制作費・店舗改装費	人件費・汎用性の高い消耗品

補助金を複数組み合わせる際は、「どの経費をどの補助金で申請するか」を事前に明確に切り分けることが最重要です。

補助金の併用OKパターン：製造業の具体例

製造業が現実的に組み合わせを検討できる補助金と、自己負担額の試算を整理します。

国の補助金＋都道府県・市区町村の補助金

最も活用事例が多い組み合わせです。国が設ける補助金と、都道府県・市区町村が独自に設ける補助金は財源が異なるため、一般的に併用できます。

製造業での具体例（自己負担額の試算）

埼玉県の金属加工メーカー（従業員30名・年商3億円）が新しい加工ラインを増設する場合を考えてみましょう。

• 投資総額：1,500万円（設備費1,200万円＋設置工事費300万円）
• ものづくり補助金（※前掲注記参照）：設備費1,200万円に対して補助率1/2で最大600万円の補助
• 埼玉県の設備投資補助金（独自制度）：設置工事費300万円の一部を補助

ものづくり補助金で「製造設備本体」を申請し、県補助金で「設備設置工事費」を申請することで、経費を重複させずに両方を受給できる可能性があります。自己負担は最大でも900万円以下に抑えられる試算です。

目的が異なる複数の補助金を同時申請

1社が異なる目的の投資を複数進める場合、それぞれの補助金に個別に申請することが可能です。設備購入とITツール導入は目的も経費も異なるため、それぞれ別々の補助金として申請できます。

時期をずらした連続申請

1つの補助金の事業が完了した後、別の補助金に申請するパターンです。計画的に複数の補助金を活用する重要な戦略です。同一補助金への連続申請には制限がある場合があるため、公募要領で制限期間を確認してください。

OKパターンの詳細・業種別シナリオはものづくり補助金の申請ガイドもあわせてご覧ください。

補助金の併用NGパターン：重複受給と二重申請に注意

最も重要なNGルールは「補助金の二重申請・同一経費への重複受給」です。これに違反した場合、採択取消・補助金の返還請求という重大なリスクを負います。

「重複受給」とは、同一経費に対して複数の補助金から補助を受けることです。500万円の設備に対してA補助金とB補助金の両方から補助を受けるケースが該当します。発覚した場合は全額返還を求められる可能性があります。

NGパターンの代表例

500万円の製造設備を購入する際、ものづくり補助金と自治体版補助金の両方に「この設備費500万円」を申請することはNGです。正しい対応は以下のいずれかです。

• どちらか一方の補助金のみに申請する
• 設備費を補助金Aで申請し、付帯する工事費・搬入費を補助金Bで申請する（経費を明確に切り分ける）

また「採択後の取消」にも注意が必要です。採択は補助金受給の確定ではありません。採択後に「交付申請→交付決定（正式に補助金交付が決定する手続き）」のプロセスがあり、交付決定日以降に発生した経費のみが補助対象になります。

取消パターン	具体例
計画内容との乖離	申請した事業計画と異なる用途で補助金を使用
交付決定日前の支払い	採択発表後すぐに発注・支払い→交付決定前のため対象外

NGパターンの詳細・回避策についてはIT導入補助金の注意点と申請手順をご覧ください。

不採択になっても無駄にならない理由

「もし採択されなかったら、準備した書類や時間が全部無駄になるのでは」という不安は、多くの経営者の方が感じることです。

しかし補助金HACKの支援経験では、不採択になった場合でも次回申請への流用が十分に可能です。事業計画書の骨子・財務資料・投資回収試算は、次回の公募や別の補助金の申請にそのまま活用できます。特に事業計画書は、金融機関への融資相談・事業承継の説明資料としても使い回せるケースが多く、「採択されなくても経営の言語化が進んだ」と評価する経営者の方も少なくありません。1回の挑戦を次回申請の土台として位置づける視点が、複数補助金を計画的に活用する経営者の共通点です。

補助金の併用を成功させる手順（5ステップ）

補助金の併用申請を成功させるための実務手順を整理します。

1. 自社の投資計画を整理する：何に・いくら投資するか、経費を項目別に書き出す
2. 対応する補助金を特定する：各投資項目に合う補助金を補助対象経費・公募スケジュールで確認する
3. 経費の切り分けを確定する：どの経費をどの補助金で申請するかを明確に決め、重複がないか確認する
4. GビズIDを取得する：電子申請に必須のため、公募開始2〜3週間前には取得手続きを完了させる
5. 申請書類を準備・提出する：各補助金の公募要領を確認しながら、チェックリストに沿って書類を揃える

2026年新設：注目の補助金制度アップデート

2026年に新たな補助金制度の整備が進んでいます。

中小企業新事業進出補助金（2026年新設）

事業再構築補助金（2024年公募終了）の後継として位置づけられる制度です。新分野展開・業態転換などを支援する方向性が示されていますが、補助率・上限額・対象要件の詳細は現時点で確認中です。

成長加速化補助金（2026年検討中）

中小企業の成長投資を後押しする新制度として検討が進んでいます。

都道府県・市区町村の補助金の調べ方

国の補助金に加えて、都道府県・市区町村が独自に設ける補助金も見逃せません。地域によっては製造業向けの設備投資補助金や省エネ設備補助金が充実しているケースがあります。

たとえば東京都は「東京都中小企業設備導入支援補助金」、大阪府は「中小企業チャレンジファンド」、愛知県は製造業向けの設備投資補助金を独自に設けており、国の補助金と組み合わせることで自己負担をさらに圧縮できる可能性があります。都道府県・市区町村の補助金は制度の改廃が多いため、必ず各自治体の最新情報を確認してください。

地域の補助金を探す際は、以下の方法が効率的です。

• Jグランツ（jgrants.go.jp）：国・自治体の補助金・助成金を一括検索できる政府公式ポータル。キーワード・地域・業種で絞り込めるため、まず最初に確認することをおすすめします
• 各都道府県の中小企業支援センター：都道府県ごとの独自補助金情報を無料で案内してくれる窓口
• 商工会議所・商工会：地域の補助金情報に詳しく、申請サポートも受けられる

地域補助金の調べ方は都道府県別・補助金の探し方ガイドも参考にしてください。

申請前チェックリスト：採択のチャンスがある企業の特徴

以下のチェックリストで、自社の採択可能性を確認してください。補助金HACKの申請支援現場で見てきた「採択されやすい企業の共通点」をもとに作成しています（補助金HACK支援実績・2023〜2025年の製造業案件分析をベース）。

Step 1：基本要件の確認

• [ ] 中小企業・小規模事業者の定義に該当する（業種別の従業員数・資本金の上限内）
• [ ] 直近の決算で赤字が連続していない（財務健全性）
• [ ] 税金・社会保険料の滞納がない
• [ ] GビズID（政府が提供する法人共通認証ID）を取得済み、または取得手続き中

Step 2：投資計画の整合性確認

• [ ] 補助対象経費（補助金で認められる経費の範囲）と自己負担経費を明確に切り分けられている
• [ ] 投資回収期間を試算できている（「何年で回収できるか」を数字で説明できる）
• [ ] 申請する補助金の趣旨（目的）と自社の投資計画が合致している
• [ ] 各補助金の公募要領で「他の補助金との関係」の条項を確認済み

Step 3：実施体制の確認

• [ ] 事業実施期間中に書類対応できる担当者がいる
• [ ] 補助金入金まで3〜6ヶ月のつなぎ資金を確保できる（または融資の見込みがある）
• [ ] 直近3年間で売上・利益率が維持または改善している

GビズIDは今すぐ取得しておく

GビズID（政府が提供する法人共通認証ID）は多くの補助金の電子申請に必須です。取得には2〜3週間かかります。

公募は予告なく開始されます。今のうちに取得しておくと、いざという時に2週間の遅れを防げます。複数の補助金を並行して同時申請する場合、GビズIDが未取得だとすべての申請が止まるリスクがあります。

GビズIDの取得申請はGビズID公式サイトから行えます。「GビズIDプライム」の取得が必要で、申請書類の印刷・代表者印の押印・郵送が必要なため早めに手続きを開始してください。取得の詳細手順はGビズID取得の完全ガイドもご参照ください。

書類作成の工数はどれくらい？専門家に頼むべきか

「書類作成が大変そう」という不安は、実際に申請を検討している経営者の方から最もよく聞かれる声のひとつです。

製造業向けの補助金申請（ものづくり補助金を例にすると）では、担当者1名が初めて取り組む場合で30〜50時間程度の工数がかかるのが実態です。専門家のサポートを活用すると、担当者の実質的な対応時間を10〜15時間程度に抑えられたケースもあります（補助金HACK支援実績より）。書類の不備チェックや公募要領の読み込みは専門家が対応するため、経営者の方は「自社の強みと投資の根拠を言語化する」部分に集中できます。

採択率を上げる3つのコツとは？

補助金を複数申請するからといって、採択率が下がるわけではありません。ただし、各申請の質を落とさないことが前提です。

コツ1：投資回収期間を必ず数字で示す

事業計画書に投資回収の試算を書いていないケースは、不採択の一因になりやすいです。「何年で回収できるか」を数字で明記することは、審査において重要な評価ポイントです。推計である旨を明示したうえで、具体的な数値を記載してください。

コツ2：書類の不備ゼロを目指す

補助金HACKの支援経験上、不採択原因の上位に挙がるのが「添付書類のケアレスミス・忘れ」です。申請書類チェックリストを作り、提出前に必ず確認する習慣をつけてください。

共通して必要な書類の例は以下の通りです。

• 事業計画書
• 決算書（直近2〜3期）
• 履歴事項全部証明書（登記簿）
• 納税証明書
• 見積書（設備投資の場合）

コツ3：第1回公募を狙う

補助金HACKの支援経験では、年度始まり（4〜7月）の第1回公募は採択率が高い傾向が見られます（補助金HACK支援実績・傾向分析による推計。公募回・制度によって異なります）。複数の補助金を狙う際は、公募タイミングと自社の投資スケジュールを照らし合わせて申請時期を組み立てることも重要です。

採択支援の実例（匿名・参考）

以下はいずれも補助金HACKの支援事例をベースに一部加工した参考事例です。個人・法人が特定されないよう情報を編集しています。

事例A：金属部品メーカー（従業員20名）

老朽化した旋盤設備の更新と生産管理システム導入を同時に検討。ものづくり補助金（設備費）とIT導入補助金（システム費）に分けて同時申請し、合計約700万円の補助を受給。投資総額1,400万円に対して実質負担を約700万円に圧縮した事例です。詳細は製造業の補助金活用事例をご参照ください。

事例B：樹脂成形メーカー（従業員45名）

協働ロボット導入に中小企業省力化投資補助金を活用。事前にGビズIDを取得済みで公募開始から2週間で申請書類を提出。補助額500万円を受給し、省人化による生産性向上を実現しました。詳細は省力化投資補助金の活用事例をご参照ください。

補助金申請から入金までのキャッシュフロー

補助金は「事業完了後の後払い」が原則です。入金まで3〜6ヶ月かかるケースが多く、実際の申請現場でよく聞かれるのが「こんなに時間がかかるとは思わなかった」という声です。

補助金申請から入金までの標準的な流れ

時期	フェーズ	主な作業	資金の動き
0ヶ月目	申請	事業計画書・書類提出	自己資金で準備
1〜2ヶ月目	採択	採択通知受領	自己負担で発注開始不可（交付決定待ち）
2〜3ヶ月目	交付決定	交付申請→決定通知	ここから発注・支払いOK
3〜5ヶ月目	事業実施	設備導入・システム構築等	全額自己負担で立替
5〜6ヶ月目	実績報告	完了報告書・証憑（領収書・請求書などの支払い証明書類）提出	審査待ち
6ヶ月目以降	入金	補助金が指定口座に振込	立替額の回収

まとめ：補助金の併用で資金調達を最大化する3ステップ

補助金の併用について、重要なポイントを整理します。

OKのパターン

• 国の補助金＋都道府県・市区町村の補助金（経費が重複しない場合）
• 異なる目的の複数補助金を同時申請（設備投資とITツール導入など）
• 時期をずらした連続申請（前の補助金の事業完了後に別の補助金に申請）

NGのパターン

• 同一経費への二重申請・重複受給（最重要）
• 補助金の趣旨から外れた申請
• 交付決定前の発注・支払い（採択≠交付決定であることに注意）

次のアクション：3ステップで今日から始める

1. 自社の対象補助金を確認する：上記チェックリストで採択可能性を確認。GビズIDを未取得なら今すぐ申請開始
2. 合計受給額を試算する：LINEシミュレーション（3問に答えるだけ・無料）で、自社が対象の補助金と最大受給額を確認。補助金HACKのスタッフができる限り早急にご返信します
3. 専門家に相談する：個別の投資計画に合わせた併用パターンをLINEで相談

補助金は「面倒・難しい」と感じて諦める経営者の方も多いですが、正確な情報と計画的な準備があれば、複数の補助金を組み合わせて大きな効果を生み出せます。多くの補助金で採択実績を持つ補助金HACKが、御社の投資計画に合った組み合わせを一緒に考えます。

まずはLINEで「業種・投資額・従業員数」の3点をお伝えください。補助金HACKのスタッフが自社に合った補助金の組み合わせ案をお届けします。

著者・監修者について

この記事は補助金HACKの編集部が作成し、補助金申請支援の実務経験をもとに監修しています。補助金HACKはものづくり補助金・IT導入補助金・中小企業省力化投資補助金などの申請支援を手がけており、製造業を中心に多数の支援実績があります。著者・監修者の詳細プロフィールは補助金HACKについてをご参照ください。

本記事の情報は2026年5月時点のものです。補助金制度は変更・終了する場合があります。申請前に必ず各補助金の公式サイトおよび公募要領でご確認ください。

よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

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