【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

# 補助金の併用・複数申請で中小企業が知るべきOK・NGルール完全ガイド

中小企業が設備投資やDX推進、販路拡大を検討するとき、「補助金を複数同時に申請してもよいのか」という疑問を持つ経営者の方は少なくありません。

結論から言うと、補助金の複数申請・併用は原則OKです。 ただし、「同一の経費に対して複数の補助金を申請する」重複申請は認められません。このルールを知らずに申請すると、採択取り消しや補助金の返還を求められるリスクがあります。

補助金支援800件超・採択率80%の実績をもつ補助金HACKが、中小企業の経営者向けに補助金併用のOK・NGルール、典型的な組み合わせパターン、申請順序のポイントをまとめました。製造業・飲食業・IT業など業種別の具体例も交えて解説します。

製造業の方はここだけ読めばOK：この記事の3つのポイント

• 補助金の基本ルール（OK・NGの判断軸）
• 製造業向けの具体的な組み合わせパターンとシミュレーション
• 申請から入金までのフローと資金計画

補助金の併用とは？中小企業が知っておくべき基本ルール

補助金の「併用」とは、1社が複数の補助金を同時期に申請・受給することを指します。 中小企業基本法上、複数の補助金を活用すること自体は禁じられておらず、むしろ政策的に推奨されているケースもあります。

ただし、「併用OKか否か」を判断するには2つの軸を押さえる必要があります。

1つ目は「同一経費への重複申請」の禁止。同じ設備購入費や広告宣伝費に対して、A補助金とB補助金の両方を申請することはできません。これは補助金制度の根幹にかかわるルールで、違反した場合は採択取り消しや返還命令の対象になります。

2つ目は「各補助金の公募要領（補助金の申請条件・申請方法・採択基準を記した公式文書）に定める制限」。補助金によっては、公募要領に「他の補助金との併用禁止」条項が明記されているケースがあります。申請前に必ず確認が必要です。

軸	ルール
同一経費への重複申請	禁止（どの補助金でも共通）
異なる経費への複数申請	原則OK
公募要領に併用禁止条項がある	その補助金同士の組み合わせはNG
補助金と助成金の組み合わせ	原則OK（各制度の条件を確認）

補助金と混同されやすい助成金（主に厚生労働省が管轄し、要件を満たせば原則受給できる資金）は、補助金とは財源・目的が異なる別制度です。そのため補助金と助成金の組み合わせは、基本的に同一経費への重複申請でない限り可能です。

補助金の重複NGパターン・やってはいけない申請の具体例

最も注意が必要なのは「同一経費への重複申請」です。 これは補助金制度全体に共通するルールで、違反した場合は採択取り消し・補助金の返還命令を受けます。

【併用NG例1】同じ機械購入費にA補助金とB補助金を申請する

たとえば、500万円の加工機械を購入する際に、ものづくり補助金と中小企業省力化投資補助金の両方に「この機械購入費」として申請することはできません。補助金HACKの支援現場では「どちらでも使えそうだからどちらにも申請した」というケースが後を絶ちません。発覚した場合は両方の採択が取り消されるリスクがあり、どちらか一方を選択して申請する必要があります。

【併用NG例2】同じホームページ制作費に持続化補助金と自治体補助金を申請する

持続化補助金のウェブサイト関連費と、市区町村の販路開拓補助金に、同一のホームページ制作費を計上するのはNGです。「Aに50万円、Bに50万円と半分ずつ振り分ければよいのでは」と考える経営者も多いですが、同一の制作物に対して按分して計上することも原則認められないケースが多く、どちらか一方で申請する設計が無難です。

【併用NG例3】進行中の採択案件に同一経費で別補助金を申請する

事業再構築補助金（2024年で公募終了済み。中小企業庁の公式発表はこちら）の既採択案件の事業実施期間中に、同一経費について別の補助金に申請することは認められません。「採択されたのだから他の補助金も使える」と誤解する経営者が多い箇所です。進行中の補助事業に計上した経費は他の補助金との二重申請ができない点に注意が必要です。

区分	具体例	判定
異なる経費に別々の補助金	機械購入費→補助金A、システム費→補助金B	OK
同一経費に複数の補助金	機械購入費を補助金AとBの両方に申請	NG（返還対象）
補助金と助成金（異なる経費）	設備費→補助金A、賃上げ→助成金B	OK
公募要領に併用禁止条項あり	補助金AとBが「他補助金との重複禁止」を明記	NG
採択案件の事業実施中に同一経費を別補助金申請	進行中案件の設備費を別補助金にも計上	NG

補助金の併用OKパターン：具体的な組み合わせ事例

同一経費に充てない設計であれば、複数の補助金を組み合わせた活用が可能です。 実際に中小企業の現場でよく見られる併用パターンを紹介します。

パターン1：ものづくり補助金＋IT導入補助金

製造業でよく見られる組み合わせです。機械設備の導入にはものづくり補助金を、業務管理システムや生産管理ソフトの導入にはIT導入補助金を活用するパターンです。対象経費が「設備費」と「ソフトウェア費用」で明確に分かれるため、重複申請にはなりません。

ものづくり補助金の詳細はこちら：ものづくり補助金とは？対象経費・申請の流れを解説

ものづくり補助金（次回公募未定）は設備投資を主な対象とし、IT導入補助金はITツール・ソフトウェアを対象とするため、2つの補助金が経費面でバッティングしにくい構造です。

【補助額シミュレーション】製造業での活用イメージ

補助金	対象経費	補助率	補助上限額（目安）
ものづくり補助金（省力化・成長型）	機械設備・システム構築費	1/2（DX・グリーン枠は2/3）	750万円〜1,250万円（枠による）
IT導入補助金（通常枠）	ソフトウェア・クラウド費用	1/2	最大450万円

たとえば、機械設備2,000万円＋生産管理システム200万円を導入する製造業者が両補助金を活用した場合のシミュレーションは以下のとおりです。

投資項目	投資額	補助金	補助率	補助額（目安）	自己負担（目安）
加工機械（ものづくり補助金）	2,000万円	ものづくり補助金	1/2	1,000万円	1,000万円
生産管理システム（IT導入補助金）	200万円	IT導入補助金	1/2	100万円	100万円
合計	2,200万円			1,100万円	1,100万円

【採択事例】埼玉の鋼材精密加工メーカー（従業員15名・年商2億円）

新ラインの機械設備1,500万円をものづくり補助金（補助率1/2）で申請し、付随する生産管理システム150万円をIT導入補助金（補助率1/2）で別途申請。補助金合計825万円を受給し、自己負担を1,825万円から1,000万円以下に圧縮しました（2023年度支援・補助金HACKの支援現場より、社名は非公開）。この事例では経費設計の段階から関与し、機械設備費とシステム費の区分けを明確にした上で、ものづくり補助金の事業計画書を3回チェックして採択につなげています。

【採択事例】愛知の自動車部品メーカー（従業員30名・年商3億円）

老朽化した旋盤設備の更新（2,400万円）にものづくり補助金DX枠（補助率2/3）を活用。二代目社長として初めて補助金申請に取り組んだ事例でもあり、工程管理クラウドツール（月額SaaS、年間120万円）をIT導入補助金で申請。補助金合計1,660万円を受給し、実質自己負担を860万円に抑えました（2023年度支援・補助金HACKの支援現場より、社名は非公開）。申請書類の整合性チェックを複数回実施し、DX枠の採択要件を満たす計画書に仕上げた事例です。

IT導入補助金の詳細はこちら：IT導入補助金とは？対象ツール・申請方法を解説

パターン2：小規模事業者持続化補助金＋雇用調整助成金

飲食店や小売業でよく見られます。持続化補助金で新メニュー向け調理機器やチラシ・ホームページ制作費を補助しながら、雇用調整助成金（従業員の雇用維持を支援する助成金）で人件費の一部を補てんする組み合わせです。補助対象経費が異なる上、制度の財源自体が別（経産省系と厚労省系）なので原則として併用可能です。

小規模事業者持続化補助金の詳細はこちら：持続化補助金とは？対象経費・採択率を解説

【採択事例】大阪の居酒屋（2店舗・従業員8名）

テイクアウト対応の真空包装機（40万円）とホームページリニューアル（20万円）を持続化補助金で申請し、補助金50万円を受給。同時期に雇用調整助成金で人件費の一部を補完し、コロナ禍からの業態転換を実現しました（2023年度支援・補助金HACKの支援現場より、社名は非公開）。

パターン3：中小企業省力化投資補助金＋業務改善助成金

人手不足対策に取り組む中小企業向けのパターンです。中小企業省力化投資補助金（人手不足解消を目的に、カタログ型製品として事前登録されたロボット・IoT機器等の自動化設備導入を支援する補助金）で自動化機器を導入し、業務改善助成金（設備投資を行いながら賃上げをした場合に支給される助成金）で賃上げに伴うコストを補完する設計です。省力化補助金の公募要領に特段の制限がなければ、両制度の経費は重複しないため組み合わせが可能です。

中小企業省力化投資補助金の詳細はこちら：省力化投資補助金とは？カタログ型製品と申請方法を解説

パターン4：自治体独自補助金＋国の補助金

都道府県・市区町村が独自に設けている補助金と、国の補助金を組み合わせるパターンです。たとえば「東京都のものづくり・商業・サービス経営力向上補助金」と「国のものづくり補助金」を、それぞれ別の経費に充てるケースがあります。自治体補助金の中には「国の補助金との重複禁止」を明記しているものもあるため、各補助金の公募要領を必ず確認してください。

業種別・規模別の補助金併用パターン

業種によって有効な補助金の組み合わせは異なります。 自社の業種・投資内容に近いパターンを参考にしてください。

Q：製造業（従業員10〜50名・年商1〜5億円規模）はどの組み合わせが最適？

製造業の経営者が最も活用するのは設備投資系の補助金です。補助金HACKの支援現場では、製造業での申請パターンは「老朽化した既存機械の入れ替え」と「業務効率化のためのシステム導入」がほぼ2択です。先代から引き継いだ設備の更新や、二代目として初めて補助金を活用したい経営者の方にとって、特に活用しやすい補助金が揃っています。

• 加工機械・生産設備の更新：ものづくり補助金（次回公募未定）または中小企業省力化投資補助金
• 生産管理・在庫管理システムの導入：IT導入補助金
• 省エネ設備への切り替え：省エネ補助金（令和6年度以降も継続公募あり。最新情報は公式サイトでご確認ください）

製造業向け補助金の補助率・補助上限額の目安（2025年7月時点）

補助金	補助率（目安）	補助上限額（目安）	備考
ものづくり補助金（省力化・成長型）	1/2	750万円〜1,250万円	DX枠・グリーン枠は2/3
IT導入補助金（通常枠）	1/2	最大450万円	対象はITツール・ソフトウェア
中小企業省力化投資補助金	1/2（小規模は2/3）	最大1,500万円	カタログ型製品（事前登録されたロボット・IoT機器等）が対象

※補助率・上限額は公募回ごとに変更される場合があります。申請前に各補助金の公式サイトおよび最新公募要領をご確認ください。

Q：飲食業（1〜3店舗規模）はどの組み合わせが有効？

飲食業は補助金申請件数が最も多い業種のひとつです。「投資額が大きい業界のため補助金を活用しやすい」という特性があります。典型的な組み合わせは以下のとおりです。

• 新メニュー用調理機器・燻製機・オーブン等の購入：小規模事業者持続化補助金
• POSレジ・会計ソフト導入：IT導入補助金
• チラシ・メニュー表・ホームページ制作：持続化補助金（広告宣伝費として対象）
• 雇用維持・人件費補てん：雇用調整助成金や業務改善助成金（厚労省系）

ただし、持続化補助金のウェブサイト関連費と、別の自治体補助金の同一制作費を重複計上するのはNGです。経費の割り振りを事前に整理しておく必要があります。

業務改善助成金の詳細はこちら：業務改善助成金とは？対象経費・申請の流れを解説

Q：IT・サービス業や個人事業主が使える補助金は？

IT・サービス業は補助金申請数が少ない傾向にあります。「サイト・チラシ・デザインが自社制作可能なので、補助金を使う必要性が低い」のが主な理由です。ただし新サービス開発や販路拡大に取り組む際は活用余地があります。また、個人事業主だからNGという補助金制度はほぼありません。特に小規模事業者持続化補助金は個人事業主にとって使いやすい制度で、50万円以下の規模であれば採択されやすい傾向があります（補助金HACKの支援現場での傾向です）。

• 新サービス開発のためのシステム投資：成長加速化補助金（2026年時点で新設が予定されています。詳細は中小企業庁公式サイトでご確認ください）
• 新分野進出・事業転換に伴う投資：中小企業新事業進出補助金（2026年時点で新設が予定されています。事業再構築補助金の後継制度とされており、詳細は中小企業庁公式サイトでご確認ください）
• SaaS・クラウドツール導入による業務効率化：IT導入補助金
• Webマーケティング強化・新規販路開拓：持続化補助金（広告宣伝費・ウェブサイト関連費）

補助金を複数申請するとき、自己負担額はいくらになる？

経営者の方が最も気にするのは「実際にいくら出せばいいのか」という点です。補助金はあくまで後払いであり、事業に投じる資金は最初に自己負担します。複数補助金を活用する場合のシミュレーションを、製造業の具体例でまとめます。

【シミュレーション例】製造業・従業員20名・年商2.5億円が設備投資とDXを同時に進める場合

投資内容	投資額	活用補助金	補助率	補助額（目安）	自己負担（目安）
精密加工機械の更新	2,000万円	ものづくり補助金（省力化型）	1/2	1,000万円	1,000万円
生産管理システム導入	300万円	IT導入補助金	1/2	150万円	150万円
省エネ空調設備	500万円	省エネ補助金	1/3	167万円	333万円
合計	2,800万円			1,317万円	1,483万円

このケースでは、2,800万円の投資に対して自己負担は約1,500万円です。さらにものづくり補助金をDX枠（補助率2/3）に切り替えられた場合、精密加工機械の補助額が1,333万円となり、自己負担合計は約1,150万円まで下がります。

自己負担額を左右する3つの要素

• 補助率（1/2か2/3か）
• 補助上限額（上限に達すると補助率が頭打ちになる）
• 対象経費の設計（補助対象とならない経費が含まれると自己負担が増える）

申請から入金までのフロー：いつまで自己資金を用意すればいいか？

補助金は後払い制度です。事業にかかる費用を一度全額自己負担してから、実績報告後に補助金が入金されます。「どのフェーズで、いくら手元に置いておく必要があるか」を把握することが、複数補助金の活用では特に重要です。

フロー図解：申請から入金まで

ステップ1：申請書類の作成・提出（目安：1〜2ヶ月）

事業計画書・見積書・決算書など必要書類を揃えて提出します。複数補助金を同時申請する場合、書類作成の工数は通常の2〜3倍になります。

ステップ2：採択通知の到着（公募締切から1〜3ヶ月）

採択されても、この時点では補助金は確定していません。発注・契約・支払いはまだ禁止です。

ステップ3：交付決定（採択通知から1〜2ヶ月）

交付申請書類を提出し、事務局が審査・承認して正式決定します。この通知が届いてはじめて事業を開始できます。

ステップ4：補助事業の実施（6ヶ月〜1年程度、補助金による）

交付決定日以降に発注・支払いを行います。事業に必要な費用は全額自己負担で先行します。

ステップ5：実績報告の提出（事業実施期間終了後）

支払い証憑・納品確認書などの書類を提出します。

ステップ6：補助金の入金（実績報告から3〜6ヶ月後）

確定検査通過後に補助金が振り込まれます。

申請から入金までの合計期間の目安：半年〜1年半

複数の補助金を同時進行する場合、各補助金のステップ3（交付決定）のタイミングが異なります。Aの補助金の交付決定が遅れると、Aに関連する事業を先行させることができません。スケジュール管理の観点から、補助金ごとの交付決定日を必ず一覧表で把握してください。

複数補助金の申請に必要な工数：外部支援の判断基準

複数の補助金を同時申請すると、書類作成の工数が大幅に増えます。「自社で対応できるか、外部支援が必要か」の判断材料として整理します。

補助金1件あたりの申請書類作成の目安工数

補助金の種類	書類の量	作成工数の目安	難易度
小規模事業者持続化補助金	少ない	20〜40時間	中
IT導入補助金	比較的少ない	10〜20時間	低〜中
ものづくり補助金	多い	60〜100時間	高
中小企業省力化投資補助金	中程度	30〜50時間	中

ものづくり補助金とIT導入補助金を同時申請する場合、書類作成だけで70〜120時間かかる計算です。本業の傍らでこの工数を確保できるかどうかが、外部支援を検討するかどうかの判断軸になります。

外部支援を検討すべき3つのケース

• ものづくり補助金など大型補助金を含む複数申請を予定している
• 事業計画書の作成経験がなく、自社で要件を満たせるか不安がある
• 申請期限まで1ヶ月以内で書類準備が追いつかない

外部委託した場合のコスト目安と補助金HACKの支援パターン

補助金申請の外部委託費用は、補助金の種類と支援範囲によって異なります。一般的な相場として、小規模事業者持続化補助金の書類作成支援は5万〜15万円程度、ものづくり補助金は20万〜50万円程度（成功報酬型の場合は補助金受給額の10〜15%程度）が市場水準です。補助金HACKでは不採択時は費用負担ゼロの成功報酬型で対応しており、「申請しても通らないのでは」という不安を抱える方でも安心してご依頼いただけます。まずはLINEで無料相談を受け付け、御社の申請内容・補助金の種類・工数に応じて最適な支援パターンをご提案します。「経費設計の相談だけしたい」「書類チェックだけお願いしたい」といった部分的なご依頼にも対応しています。

申請順序・タイミングの考え方

補助金を複数申請する際は、申請順序とタイミングの設計が採択率に直結します。

ステップ1：採択率が高い時期を把握する

補助金HACKの支援現場での傾向として、「年度始まり（4〜7月）の第1回公募は採択率が高い傾向がある」一方、「冬・年始は予算消化で枠が絞られる」という実態があります。

複数の補助金を同時申請する場合でも、各補助金の第1回公募のタイミングを優先するのが有利です。また、事務局によっては残予算をリアルタイムで公開している場合があるため、残予算が多い公募を選ぶことも有効な判断軸です。

ステップ2：採択額の大きい補助金を主軸に置く

複数の補助金を同時進行させると、書類準備の工数が増えます。リソースが限られている中小企業では、採択額・補助率が高い補助金を優先し、事業計画書の作り込みに集中するほうが効果的です。

ものづくり補助金や中小企業省力化投資補助金など大型補助金を主軸に据え、IT導入補助金や持続化補助金をサブで組み合わせる設計が現実的です。

ステップ3：交付決定のタイミングを一覧管理する

複数の補助金を進行させると、各補助金の交付決定日が異なります。補助事業（補助金の対象となる事業・投資）は各補助金の交付決定日以降でないと開始できないため、スケジュール管理が重要です。

「採択通知」「交付決定」「事業実施期間」「実績報告期限」を補助金ごとに一覧表で管理することを推奨します。

フェーズ	目安の期間	ポイント
申請書類作成・提出	1〜2ヶ月	複数申請時は工数2〜3倍
採択通知	公募締切から1〜3ヶ月	採択≠交付決定。発注禁止
交付決定	採択通知から1〜2ヶ月	この日以降に事業開始OK
補助事業の実施期間	6ヶ月〜1年程度（補助金による）	費用は全額先行自己負担
実績報告〜入金	3〜6ヶ月	入金はここで初めて確定
申請から入金まで合計	半年〜1年半	資金繰り計画の基本単位

採択率を下げる「よくある失敗パターン」：補助金HACKの支援現場から

補助金の複数申請を検討するとき、陥りやすい失敗パターンがあります。 補助金HACKの支援現場（2023年度実績：支援件数800件超）で特に注意が必要な6つを整理します。

失敗1：過剰投資の設計

事業規模に見合わない投資額を計画すると採択審査で「実現可能性に乏しい」と判断されます。補助金HACKの支援現場では、年商1億円の製造業者が3億円超の設備投資を計画して不採択となった事例があります。中小企業の売上高・利益規模と投資額のバランスを意識した事業計画が必要です。

失敗2：補助金の目的と計画が乖離している

「補助金の趣旨と計画が合っていない」は不採択の代表的な理由です。各補助金は政策目的が明確に定められており、その趣旨に沿った事業計画でなければ採択されません。「使えそうだから申請した」という設計では通りません。

失敗3：AIで申請書を一気に書かせる

「AIに一気に全部書かせると整合性が崩れて落ちる」というのは支援現場のリアルです。特に複数補助金を同時申請する場合、各補助金の事業計画書の整合性が崩れるリスクが高まります。各パート（自社概要・市場動向・課題・強み・補助事業内容）ごとに活用し、都度整合性を確認しながら進めることが重要です。

失敗4：採択された申請書を購入・流用する

「採択された資料を売ります」系の資料を購入しても意味がありません。審査官は類似の申請書を多数見ており、流用した申請書は説得力を持ちません。自社固有の強み・課題・数値目標が盛り込まれていない申請書は、どれだけ体裁が整っていても採択されにくいのが実態です。

失敗5：書類の不備・添付漏れ

「添付書類のケアレスミス・忘れ」は申請書類不備として頻出する不採択理由です。特に複数の補助金を同時申請する場合、補助金Aの書類とBの書類が混在してミスが起きやすくなります。補助金ごとにフォルダを分けて管理し、チェックリストを活用した確認が重要です。

失敗6：投資回収期間の未記載

事業計画書に「投資回収期間」を記載しないのは大きな減点要因です。補助事業は投資回収が前提であり、期間の記載なしは実現可能性が低いと判断されます。「何年で回収できるか」を数値で示すことが採択の基本条件のひとつです。

これらの失敗は、複数補助金を同時申請する場合ほど起こりやすくなります。 経費の整合性チェック・書類管理・事業計画書の一貫性など、確認項目が補助金の数だけ増えるためです。「自社だけで全部やり切れるか不安」という場合は、専門家のチェックを入れることで採択率を大きく改善できます。

まとめ：中小企業が補助金を複数活用するためのポイント

補助金の複数申請・併用は、適切なルールのもとで積極的に活用すべき経営戦略です。改めて要点を整理します。

複数申請・併用の基本ルール

• 同一経費への重複申請は禁止（全補助金共通のルール）
• 異なる経費への複数申請は原則OK
• 各補助金の公募要領で「他補助金との重複禁止」条項を確認すること
• 補助金と助成金の組み合わせは原則可能

採択率を高めるための申請設計

• 年度始まり（4〜7月）の第1回公募を優先する
• 採択額の大きい補助金を主軸に置き、事業計画書の作り込みに注力する
• 交付決定前の発注・支払いは補助対象外となるため、厳禁です
• 投資回収期間を事業計画書に必ず記載する

資金計画のポイント

• 申請から入金まで半年〜1年半を見込んで資金繰りを設計する
• 実績報告から入金まで3〜6ヶ月のタイムラグがある
• 投資総額の全額を、入金前に手元に置いておく前提で計画する

2026年新設予定制度への対応

2026年時点で成長加速化補助金・中小企業新事業進出補助金の新設が予定されています（2025年7月時点。詳細は中小企業庁公式サイトでご確認ください）。IT・サービス業や新事業展開を検討する事業者は、従来の制度では使いにくかった補助金が活用しやすくなる見込みです。補助金HACKでは新制度への即時対応を強みとしており、最新の公募情報と組み合わせ設計をLINEで随時提供しています。

複数補助金の活用は「どの補助金が使えるか」「どの経費に割り振るか」「どの順番で申請するか」という3つの判断を組み合わせる必要があります。御社の業種・規模・投資内容に合った設計は、事業の内容によって異なります。

関連記事：補助金採択率を上げる事業計画書の書き方 ｜ ものづくり補助金の申請ガイド2025

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よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

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