【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

# 補助金 併用 中小企業の完全ガイド｜複数申請できる条件・OKパターン5選・重複禁止ルールを解説

中小企業が複数の補助金を同時に使えるかどうか、結論からお伝えします。同一の経費に対して重複して補助を受けなければ、原則として補助金 併用 中小企業でも可能です。

ものづくり補助金で設備投資をしながら、IT導入補助金でシステムを導入する。持続化補助金で販促物を作りながら、雇用系の助成金で採用コストを補う。こうした組み合わせは、実際に多くの中小企業が取り組んでいます。

ただし「どの経費に使うか」の管理を誤ると、採択取り消しや返還命令につながるリスクもあります。補助金HACKでは累計800件以上の申請支援を通じて、採択率79%（2023年4月〜2025年6月・240件中190件採択・算出根拠は著者プロフィール欄に明記）の実績を積み上げてきました。この記事では、補助金 併用 中小企業の経営者が知っておくべき基本ルール・OK事例・NG事例を整理します。

※本記事の補助金情報は2025年7月時点の公募状況をもとに作成しています。制度改正・公募終了の可能性があるため、申請前に必ず各事務局の公式サイトをご確認ください。

登録は1分。採択率79%・支援800件の実績を持つ補助金HACKが、翌営業日中に自社に使える補助金の組み合わせをご案内します。登録・相談は0円です。

著者：補助金HACKサポートチーム（監修：黒江 遼）

黒江 遼（くろえ りょう）は、中小企業の補助金申請支援を専門とするアドバイザーです。製造業・飲食業・IT業を中心に、ものづくり補助金・IT導入補助金・小規模事業者持続化補助金の複数同時申請支援を多数担当。補助金HACKでの支援実績は2023年4月〜2025年6月の2年間で約240件、そのうち採択件数は約190件（採択率約79%・対象：ものづくり補助金・IT導入補助金・持続化補助金の申請支援件数をもとに算出。申請取り下げ・辞退を含まない）。複数補助金の同時申請案件は全体の約40%を占めます。

> 「複数の補助金を同時に申請する経営者が増えています。ただ、採択取り消しの相談も増えているのが現実です。経費管理さえしっかりできれば、併用は難しくありません。まず経費の"仕分け"から始めることをお勧めします。」（黒江 遼）

補助金 併用 中小企業とは？まず基本ルールを押さえる

補助金の併用とは、複数の補助金・助成金を同時期に申請・受給することを指します。中小企業基本法上の「中小企業者」に該当する事業者であれば、複数の補助金を申し込む権利があり、それぞれの要件を満たせば同時に採択を受けることも可能です。

ただし、ほぼすべての補助金に「同一経費への重複申請・重複受給の禁止」という共通ルールが設けられています。これは国や自治体の補助金財源の性質上、「一つの支出に対して二重に公的資金を充てることはできない」という原則から来ています。

具体的には以下の整理が基本になります。

ルール	内容
同一経費への重複申請	禁止（採択取り消し・返還命令の対象）
異なる経費への複数申請	原則OK
補助金＋助成金の同時受給	経費が重複しなければ原則OK
同一補助金への複数回申請	補助金ごとに異なる（公募要領で確認必須）

この「経費の重複さえなければOK」という考え方が、補助金併用の大原則です。製造業の設備投資とITシステム導入は経費が別々になるため、それぞれ別の補助金を使える典型例といえます。

なお、補助金HACKではこれまでの支援800件のうち、経費管理の不備や交付決定前支払いを理由とした採択取り消し相談を複数件受けてきました。いずれも「申請前の経費管理表作成」があれば防げたケースです。基本ルールの徹底が、複数申請を成功させる最大の鍵です。

中小企業の定義（業種別）

補助金を申請できる「中小企業者」の要件は業種によって異なります。自社が対象かどうかを最初に確認しましょう。

業種	資本金の上限	従業員数の上限
製造業・建設業・運輸業	3億円以下	300人以下
卸売業	1億円以下	100人以下
サービス業	5,000万円以下	100人以下
小売業	5,000万円以下	50人以下

資本金・従業員数のいずれかが上記を超える場合は「大企業」扱いとなり、多くの補助金で申請対象外になります。個人事業主は別途「小規模事業者」として対象になる補助金が多数あります。

補助金を2つ同時申請できる？「補助金 重複 禁止」ルールとOKの境界線

「補助金は2つ同時に申請できるのか」「補助金の重複は禁止されているのか」という疑問は、経営者から最も多く寄せられる質問のひとつです。結論は以下の通りです。

補助金の複数申請（同時申請）は原則OK。ただし同一経費への重複申請は禁止。

たとえば、機械装置の購入費をものづくり補助金で申請しながら、同じ機械装置をIT導入補助金でも申請することはできません。これが「重複禁止」の典型例です。一方、機械装置の購入をものづくり補助金で申請し、別の経費であるソフトウェア導入をIT導入補助金で申請するのは問題ありません。

「補助金 重複 禁止」の判断軸は「同じモノ・同じ作業に対して2つの補助金を使っていないか」です。この1点を押さえれば、複数補助金の申請可否の大半は判断できます。

補助金を併用できるOKパターンとは？（5選）

このセクションは「どの補助金の組み合わせが使えるか知りたい」経営者の方向けです。業種・投資内容別に実際の組み合わせを整理しました。800件超の申請支援実績を持つ補助金HACKが確認してきた、現実的なパターンを紹介します。

パターン1：ものづくり補助金 ＋ IT導入補助金

製造業・建設業に最もよく見られる組み合わせです。ものづくり補助金（中小企業の生産性向上を目的とした設備投資・システム投資を支援する補助金）で機械設備の購入を補助しつつ、IT導入補助金（ITツール導入を支援する補助金）で工場管理システムや受発注ソフトを導入するパターンです。

• ものづくり補助金の対象：機械装置・システム構築費
• IT導入補助金の対象：ソフトウェア・クラウドサービス等のITツール

機械装置とソフトウェアは別々の経費として計上できるため、重複にはなりません。補助額はものづくり補助金が通常枠で最大1,250万円・補助率1/2（ものづくり補助金公式サイト、2025年公募時点）です。

IT導入補助金の補助上限額は枠によって異なります。通常枠（ITツールの導入費用を補助する基本枠）は5万円〜150万円未満・補助率1/2、デジタル化基盤導入類型（会計・受発注・決済・ECに特化した枠）は最大350万円・補助率1/2〜3/4です（IT導入補助金公式サイト、2025年公募時点）。詳細な枠別上限額は公式サイトで最新情報を必ずご確認ください。

自己負担額の計算例（ものづくり補助金）： 1,250万円の設備投資で補助率1/2の場合、補助額は最大625万円、自己負担は625万円になります。上限額を超える投資分は全額自己負担のため、実際の投資規模に合わせて計算してください。

パターン2：小規模事業者持続化補助金 ＋ IT導入補助金

飲食店・小売業・サービス業の小規模事業者に多い組み合わせです。小規模事業者持続化補助金（販路開拓・業務効率化を支援する補助金、上限50〜200万円）でチラシ・Webサイト・メニュー表などの販促物を制作し、IT導入補助金でPOSレジやキャッシュレス対応ツールを導入するケースがあります。

販促物制作費とITツール導入費は別経費なので、並行申請が可能です。

パターン3：ものづくり補助金 ＋ 雇用系助成金

製造業・建設業で設備投資と並行して人材を確保するケースです。設備投資にものづくり補助金、新規雇用や職業訓練に厚生労働省系の助成金（例：人材開発支援助成金など）を組み合わせます。補助金と助成金は所管省庁が異なり、対象経費も別々になるため、この組み合わせは特に問題になりにくいパターンです。

パターン4：中小企業省力化投資補助金 ＋ 持続化補助金

中小企業省力化投資補助金（人手不足対応・自動化投資を支援する補助金。補助上限額は1台あたり200万円〜1,000万円程度、補助率1/2。最新の補助率・上限額は中小企業庁公式サイトで確認）で自動化機器を導入しつつ、持続化補助金で販路開拓のための費用を補う組み合わせです。投資対象が「省力化のための機器」と「販促・集客費用」に明確に分かれるため、経費の重複が起きにくい組み合わせです。

パターン5：自治体の独自補助金 ＋ 国の補助金

都道府県・市区町村が独自に設けている補助金と、経産省・中小企業庁の国の補助金を組み合わせるパターンです。例えば、東京都の設備投資補助金と国のものづくり補助金を組み合わせる企業もいます。ただし、自治体によっては「国の補助金との併用を禁止」としている場合もあるため、自治体補助金の公募要領に必ず目を通してください。

主要都市の併用可否の目安は以下の通りです（必ず最新の公募要領で確認してください）。

自治体	国補助金との併用	備考
東京都（小規模事業者向け設備補助）	原則禁止の場合あり	公募要領で「他の補助金との併用不可」と明記されるケースが多い
大阪府（中小企業支援補助金）	補助金によって異なる	対象経費が重複しなければ可とする制度もある
愛知県（産業立地補助金等）	経費重複なければ可の場合が多い	制度ごとに要確認

自社の投資計画とこれらのパターンを照らし合わせた上で、組み合わせの可否を診断したい場合はLINEでお気軽にご相談ください。

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補助金 併用 がNGになるパターン・申請時にやりがちな失敗行動

このセクションはすでに複数の補助金申請を検討しており、「どんなミスが命取りになるか」を確認したい経営者・担当者の方向けです。補助金HACKが支援した案件でも、以下のような理由で採択取り消しや申請却下になった事例があります。

NGパターン	具体例	リスク
同一経費への重複申請	同じ機械装置をものづくり補助金とA県独自補助金の両方で申請	採択取り消し・全額返還
交付決定前の事業開始	採択通知が来たと思い、すぐに発注・支払いをした	補助対象外・採択取り消し
計画内容と異なる実施	飲食店のHP作成と申請し、採択後に別業種のHPを制作	交付取り消し
同一補助金への連続取得	前回採択された同じ補助金に再申請（補助金によっては制限あり）	審査で大幅減点・不採択

採択後に取り消しになる事例で最も多いのが、交付決定日前の支払いです。複数の補助金を並行して進めていると、どの補助金の交付決定がいつ来るかの管理が煩雑になります。だからこそ、複数申請の際は経費と交付決定日の管理表を必ず作るべきです。

申請時にやりがちな4つのNG行動

NG1：同一経費への重複申請を見落とす

経費リストの整理を省略して申請を進めてしまい、後から「この経費は別の補助金でも計上していた」と発覚するケースです。採択後に気づくと、交付取り消しや返還命令につながるリスクがあります。申請前に経費ごとに「どの補助金で申請するか」を明記した一覧表を作ることが重要です。

NG2：計画書の内容と自社事業の整合性を軽視する

補助金の審査は自社の事業との整合性を見るものです。他社の事業計画書や公開資料をそのまま流用しても、審査員にはすぐ分かります。複数の補助金を同時申請するほど、自社の事業計画との一貫性が問われます。自社の強みや投資の根拠を丁寧に書くことが採択への近道です。

NG3：AIに一気に全部書かせる

AI（ChatGPTなど）で申請書を作成する際、一気に全部書かせると整合性が崩れて不採択につながるケースがあります。特に複数の補助金を並行して申請する際、それぞれの計画書の内容が矛盾していないかの確認が必要です。各パート（自社概要・市場動向・課題・強み・補助事業内容）ごとにAIを使い、整合性を確認しながら進める方法が現実的です。

NG4：補助金の「採択」と「交付決定」を混同する

採択通知が届いてもすぐに発注・支払いを行うと補助対象外になります。複数の補助金を並行して進めている場合、「どの補助金の交付決定が何日付か」を管理しておかないと、どの補助金に紐づく経費をいつから使えるのかが曖昧になります。複数申請の際は補助金ごとの交付決定日管理が特に重要です。

申請順序とタイミングはどう決めるか？

複数の補助金を同時に進める場合、どの補助金をいつ申請するかの計画が重要です。補助金ごとに公募スケジュール・審査期間・交付決定のタイミングが異なるため、事業計画との整合性を考えながら進める必要があります。

申請スケジュールの基本的な考え方

設備投資の規模が大きい補助金を先に申請するのが基本です。採択から交付決定、事業実施、実績報告（補助事業が完了したことを証明する書類を事務局に提出する手続き）、入金まで一般的に半年〜1年半かかります。複数の補助金を並行して進める場合、それぞれの実績報告の期限が重ならないよう注意が必要です。

ステップ	内容	目安期間
公募開始〜申請締切	申請書類の作成・提出	1〜2か月
審査〜採択通知	事務局による審査	1〜3か月
採択〜交付決定	交付申請・審査	2週間〜1か月
交付決定〜事業完了	補助対象事業の実施	半年〜1年
実績報告〜入金	報告書提出・確認・入金	3〜6か月

補助金HACKの支援経験では、実績報告から入金まで3か月〜半年かかるケースが多く、「こんなに時間がかかるとは思わなかった」という経営者の声を多く聞きます。複数の補助金を同時進行させると、この実績報告の作業が重なり、社内の事務負担が一時的に大きくなります。

申請書類作成の工数目安と専門家活用について

補助金1件あたりの申請書類作成には、一般的に20〜40時間程度の工数がかかります。複数補助金を同時申請する場合は合計で60〜100時間超になることも珍しくありません。専門家（補助金支援会社・認定支援機関〔中小企業支援法に基づき国から認定を受けた、補助金申請をサポートできる機関〕）に依頼する場合の費用感は成功報酬型で補助金額の10〜15%程度が相場です。書類の整合性チェックや事務局対応を任せられるため、採択率の向上と社内工数削減の両面でメリットがあります。

年度始まりの公募を優先する理由

補助金の採択率は、年度内の公募回次によって変動する傾向があります。補助金HACKの支援経験では「年度始まり（4〜7月）の第1回公募は採択されやすい傾向がある」ことが確認されています（補助金HACK支援実績に基づく傾向であり、すべての補助金・年度に当てはまるものではありません）。一方で「冬・年始は予算消化で枠が絞られる場合がある」とのこと。複数の補助金を狙う際は、それぞれの第1回公募のスケジュールを把握しておくと有利な傾向があります。

なお、IT導入補助金の近年採択率は約60〜70%（2024年公募実績、IT導入補助金公式サイト参照）、ものづくり補助金の平均補助額は850万円程度（2023〜2024年公募の採択データをもとにした補助金HACK内部推定値。公式の公表値はものづくり補助金公式サイトでご確認ください）とされています。ただし採択率は公募回次・申請件数・事業計画の質によって変動するため、あくまで参考値としてとらえてください。

経費管理表はどう作る？機械・ソフト分類の具体例

このセクションは「実際に申請する際の経費の分類方法・管理方法が分からない」経営者・事務担当者の方向けです。

補助金の併用申請で最も重要な実務作業が「経費管理表の作成」です。どの経費をどの補助金で申請するかを一元管理することで、重複申請を防ぎ、交付決定後の事業実施もスムーズになります。

経費管理表のテンプレート（プレビュー：製造業の例）

以下は製造業がものづくり補助金とIT導入補助金を併用する際の経費管理表のサンプルです（主要3列のプレビュー。全項目の完全版ExcelはLINE登録後に無料配布しています）。

経費の内容	申請する補助金	補助額（上限内）
CNC工作機械（新規導入）	ものづくり補助金	600万円
生産管理システム（ソフト）	IT導入補助金	150万円
受発注ソフト（クラウド）	IT導入補助金	50万円

完全版テンプレートには「金額（税抜）・補助率・自己負担額・交付決定予定日」の列が追加されており、複数補助金の同時管理に対応しています。LINE登録後に無料でお届けします。

このように「経費の内容・申請する補助金・補助額・自己負担額・交付決定予定日」を一行ずつ整理することで、重複申請の見落としを防げます。

機械とソフトの経費分類の具体例

製造業でよく迷う「機械装置」と「ソフトウェア」の分類を整理します。

経費の種類	具体例	申請できる補助金
機械装置費	CNC工作機械・プレス機・射出成形機・溶接ロボット	ものづくり補助金
システム構築費	機械の制御システム・自動化システムの設計開発費	ものづくり補助金
ソフトウェア費	生産管理ソフト・受発注ソフト・ERPシステム	IT導入補助金
クラウドサービス利用料	在庫管理クラウド・勤怠管理ツール	IT導入補助金
PC・タブレット	ITツール導入に必要な端末（単独購入は原則対象外）	IT導入補助金（条件あり）

自己負担額の計算方法

補助金を申請する前に、自己負担がいくらになるかを必ず計算してください。

計算式：自己負担額 ＝ 投資総額 − 補助額（補助上限額と補助率の低い方を適用）

具体例：

• 投資額1,500万円・補助率1/2・上限1,250万円の場合
• 補助額：1,500万円 × 1/2 ＝ 750万円（上限内のため750万円）
• 自己負担：1,500万円 − 750万円 ＝ 750万円
• 投資額3,000万円・補助率1/2・上限1,250万円の場合
• 補助額：上限1,250万円が適用
• 自己負担：3,000万円 − 1,250万円 ＝ 1,750万円

補助金は後払い（実績報告後の入金）のため、実際には投資総額を一旦自社で用意する必要があります。資金繰りの計画は補助金申請と並行して準備してください。

製造業・飲食業・IT業 業種別の補助金の組み合わせ方とは？

このセクションは自社業種に合った補助金の組み合わせを知りたい経営者の方向けです。製造業・飲食業・IT業のいずれかに該当する場合は、該当セクションを重点的に読んでください。

業種によって活用しやすい補助金の組み合わせは異なります。補助金HACKが支援してきた800件超の事例をもとに、業種別の典型的な併用パターンを紹介します。

製造業（金属加工・部品メーカー等）

製造業は設備の老朽化更新と業務システム導入が同時に課題になるケースが多く、補助金の組み合わせ効果が出やすい業種です。ものづくり補助金×IT導入補助金の組み合わせが最も典型的なパターンで、設備投資とシステム導入を一括で申請できます。補助金HACKの支援実績では、製造業案件の約6割がこの組み合わせに該当しています。

想定される組み合わせ例：

• ものづくり補助金：CNC工作機械の更新（機械装置費として計上）
• IT導入補助金：生産管理システム・受発注システムの導入

【採択済み実績事例】埼玉県・鋼材精密加工業A社（従業員18名）※実在する匿名クライアント事例

A社は2024年の第17回ものづくり補助金に申請し、新ライン増設のための設備投資で採択を受けました（採択通知：2024年10月）。並行してIT導入補助金にも申請し、生産管理システムの導入費用の補助を受けています。補助金HACKが申請書作成から経費管理まで一貫して支援した案件です。

項目	金額	申請補助金	補助率	補助額	自己負担
新ライン設備（機械装置）	1,500万円	ものづくり補助金	1/2	750万円	750万円
生産管理システム	300万円	IT導入補助金	1/2	150万円	150万円
合計	1,800万円	—	—	900万円	900万円

実績報告（補助事業が完了したことを書類で証明し、事務局に提出する手続き）の完了は2025年5月。補助金の入金確認は2025年7月時点で完了しています。申請準備の段階から経費管理表を作成し、どの補助金の交付決定がいつ来るかを月次でチェックする体制を整えたことが、スムーズな実施につながりました。

飲食店・カフェ・居酒屋

飲食業は補助金申請件数が圧倒的に多い業種で、設備・販促・IT整備の3つの投資が同時に発生しやすいことが特徴です。持続化補助金×IT導入補助金×省力化投資補助金の3本立てで対応できるケースもあり、補助金の組み合わせ効果が特に出やすい業種といえます。

飲食業でよく活用される補助金と経費の組み合わせは以下の通りです。

補助金	対象となる経費の例
小規模事業者持続化補助金	メニュー表・チラシ・ホームページ制作・広告宣伝費
IT導入補助金	POSレジ・予約管理システム・キャッシュレス対応ツール
中小企業省力化投資補助金	自動調理機器・食洗機・配膳ロボット等

持続化補助金でメニュー表とホームページを制作し、IT導入補助金でPOSレジを導入する組み合わせは、飲食店オーナーが実現しやすい典型的なパターンといえます。

【採択済み実績事例】大阪市・居酒屋B社（席数40席）※実在する匿名クライアント事例

B社は2024年に小規模事業者持続化補助金（通常枠）とIT導入補助金の両方を申請し、いずれも採択されました。持続化補助金では新メニュー告知チラシとホームページのリニューアルを実施（補助額42万円）、IT導入補助金ではPOSレジとキャッシュレス対応端末を導入（補助額87万円）しています。合計約129万円の補助を受けながら、自己負担合計は約130万円に抑えることができました。

IT・サービス業

IT・サービス業は補助金申請件数が比較的少ない業種ですが、新サービス開発や販路拡大の局面では複数補助金の組み合わせが有効に機能します。自社でシステム構築やデザイン制作ができる分、対象経費の範囲を正確に把握することで、活用できる補助金の幅が大きく広がります。

• 小規模事業者持続化補助金：新サービスの広告宣伝・展示会出展費用
• ものづくり補助金：新サービス開発のためのシステム構築費

【採択済み実績事例】福岡市・Webシステム開発業C社（従業員8名）※実在する匿名クライアント事例

C社は2024年にものづくり補助金（省力化・高付加価値化枠）に申請し、自社開発の業務自動化ツール（SaaS）のシステム構築費として採択されました（採択通知：2024年7月・補助額：480万円）。並行して小規模事業者持続化補助金で展示会出展費用と広告宣伝費を申請（補助額：50万円）。両補助金とも「自社サービスの何に使うか」を明確に分けて計上したことで、経費の重複なく申請が完了しています。補助金HACKへの相談当初「IT業種でものづくり補助金が使えるとは知らなかった」とのことでしたが、システム構築費が対象になることを確認した上で申請に踏み切った案件です。

IT業種の経営者は補助対象経費として何が認められるかを正確に把握することで、活用の幅が広がります。補助金HACKへのご相談では、「自社サービスの開発費用がものづくり補助金の対象になるか」というご質問を多くいただきます。判断が難しい場合はLINEでご相談ください。

自社の業種・投資計画に合った補助金の組み合わせを確認したい場合は、LINEでお気軽にご相談ください。

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ネット上の補助金誤情報に注意

補助金についてネットで調べると、不正確な情報に出会うことがあります。特に注意が必要なのは次の4点です。

よくある誤情報	正しい情報
「全国民が対象」	個人事業主・法人が対象。会社員は対象外がほとんど
「IT導入補助金でPCが買える」	PCだけでは申請不可。ITツール導入に必要なPCなら対象になる場合あり（要確認）
「賃上げで補助金がもらえる」	賃上げで補助上限額が引き上がる補助金はある。補助金が別途もらえるわけではない
「個人事業主は補助金を受け取れない」	個人事業主もほぼすべての補助金で申請可能

また、事業再構築補助金（2024年で公募終了済み）を「現在も募集中」として紹介しているサイトが残っているため注意が必要です。後継制度として「中小企業新事業進出補助金」が設けられる見通しがあります（詳細は次のセクションをご確認ください）。

2026年新制度：中小企業新事業進出補助金・成長加速化補助金とは？

2026年新設予定とされている2つの補助金について、現時点で確認できる情報を整理します。

中小企業新事業進出補助金（仮称）

事業再構築補助金の後継制度として検討されている補助金です。中小企業が既存事業の枠を超えた「新事業進出」に取り組む際の投資を支援する目的とされています。補助上限額・補助率・対象経費の詳細は現時点では未公表です。

成長加速化補助金（仮称）

成長意欲の高い中小企業を対象に、設備投資や研究開発を集中的に支援する補助金として議論されています。既存の「ものづくり補助金」「事業再構築補助金」の機能を一部統合・拡充する方向性が示されていますが、正式な制度設計は未確定です。

補助金HACKでは、新制度の一次情報（公募開始・補助率・申請要件）をLINEでいち早くお届けしています。公募開始直後の第1回は採択枠が広い傾向があるため、早期に情報を把握しておくことが採択に有利に働く可能性があります。

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申請前に何を確認すべきか？チェックリストと5ステップ

まとめに入る前に、実際に動くためのチェックリストを確認してください。実行期間の目安と担当者の役割を明示しています。

• 担当：経営者
• 機械・ソフト・販促費・人件費など種類別に分類する
• この段階では補助金の種類は決めなくてよい

1. 自社の投資計画を経費種類ごとに書き出す（1〜2日）

• 担当：経営者または事務スタッフ
• 各補助金の公募要領を取得し、対象経費の一覧を確認する
• ものづくり補助金の最新公募要領はこちら
• IT導入補助金の最新公募要領はこちら

1. 使えそうな補助金の対象経費リストと照らし合わせる（2〜3日）

• 担当：事務スタッフまたは外部専門家
• 本記事のテンプレートを参考に「経費内容・申請補助金・補助率・補助額・自己負担・交付決定予定日」を一覧化する
• 重複経費がないことをこの時点で確認する

1. 補助金別の経費管理表を作成する（1日）

• 担当：経営者または外部専門家
• 年度始め（4〜7月）の第1回公募を優先するか検討する
• 複数の補助金の申請締切が重ならないかを確認する

1. 各補助金の公募スケジュールを調べ、申請期限を把握する（1〜2日）

• 担当：経営者
• 発注・契約・支払いはすべて「交付決定通知後」のルールを社内に周知する
• 特に担当者が複数いる場合は書面でルールを共有する

1. 交付決定前発注を防ぐ社内ルールを決める（半日）

このチェックリストは、LINE登録者に管理しやすいExcelテンプレート付きの詳細版（全項目対応・複数補助金同時管理版）を無料でお届けしています。

以下の関連記事もあわせてご確認ください。

• ものづくり補助金とは？採択率・対象経費・申請のポイントを解説
• IT導入補助金とは？枠別の補助上限・採択率・申請スケジュールを解説
• 小規模事業者持続化補助金とは？対象経費・上限額・採択のコツを解説
• 中小企業省力化投資補助金とは？対象設備・補助率・申請方法を解説
• 補助金申請書類の作り方ガイド｜書き方のポイントと採択されやすい事業計画書とは

補助金 併用 中小企業に関するよくある質問

Q1. 補助金は2つ同時に申請できますか？

同一の経費に重複して申請しなければ、原則として2つ以上の補助金を同時に申請できます。たとえば、ものづくり補助金で機械装置を申請しながら、IT導入補助金でソフトウェアを申請するケースは典型的なOKパターンです。ただし補助金ごとに申請要件・公募スケジュールが異なるため、経費管理表を作って整理することが不可欠です。

Q2. 同じ経費を2つの補助金で申請したらどうなりますか？

同一経費への重複申請は禁止されており、発覚した場合は採択取り消し・補助金の全額返還を求められるリスクがあります。補助金HACKの支援実績でも、経費管理の不備による採択取り消し相談を複数件受けてきました。申請前に「経費内容・申請する補助金」を一覧化した管理表を必ず作成してください。

Q3. 採択通知が来たらすぐに発注・支払いをしてもいいですか？

採択通知が届いても、すぐに発注・支払いを行ってはいけません。補助対象の経費として認められるのは、交付決定（交付申請が審査され、補助金の交付が正式に決まったことを示す通知）の日付以降に発生した費用のみです。採択通知と交付決定通知は別物です。交付決定前に支払いをすると補助対象外となり、採択が取り消されます。

Q4. 補助金と助成金は同時に受け取れますか？

対象となる経費が重複しなければ、補助金（経産省・中小企業庁系）と助成金（厚生労働省系）の同時受給は原則可能です。たとえば、ものづくり補助金で設備投資を行いながら、人材開発支援助成金で社員研修費を補助してもらうケースは経費が別々になるため問題ありません。

Q5. 自治体の補助金と国の補助金を併用できますか？

自治体によって対応が異なります。「国の補助金との併用を禁止」と明記している自治体補助金もあるため、公募要領を必ず確認してください。一方、対象経費が重複しなければ原則OKとしている自治体補助金も多数あります。都道府県・市区町村ごとに異なるため、申請前に担当窓口への確認を推奨します。

まとめ：補助金の併用で投資効率を高めるために

この記事で解説した内容を整理します。

補助金を複数活用するための大原則：

• 同一経費への重複申請は禁止（これさえ守れば原則併用可）
• 採択通知と交付決定通知は別物（交付決定後に事業開始）
• 各補助金の交付決定日を補助金ごとに管理する
• 申請する経費のリストを事前に一覧化する

業種別の代表的な組み合わせ：

• 製造業：ものづくり補助金（設備）＋ IT導入補助金（システム）
• 飲食業：持続化補助金（販促）＋ IT導入補助金（POSレジ等）
• サービス業・小売業：持続化補助金（広告宣伝）＋ IT導入補助金（業務ツール）

補助金の併用は「どの経費にどの補助金を使うか」を計画段階から整理することで、実現可能性が大きく高まります。経費管理と申請スケジュールの管理さえしっかりできれば、複数の補助金を重ねて使うことは特別なことではありません。

一方で、複数の補助金を同時に進めると申請書類の管理・実績報告の対応が複雑になるのも事実です。自社の経営リソースとの兼ね合いを考えながら、どの補助金に注力するかを判断することも重要な経営判断のひとつです。

補助金の併用を検討している経営者の方は、まず自社の投資計画と各補助金の対象経費を照らし合わせることから始めてみてください。どの補助金が自社に合っているか、組み合わせの可否を含めて判断したい場合は、補助金HACKのLINE公式アカウントからご相談ください。

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著者・監修者情報

本記事は補助金HACKの申請支援チームが執筆し、黒江 遼が監修しています。

黒江 遼（補助金申請支援アドバイザー） ものづくり補助金・IT導入補助金・小規模事業者持続化補助金を中心に、複数補助金の同時申請支援を専門とする。補助金HACKでの支援実績は2023年4月〜2025年6月の約2年間で約240件。うち採択件数は約190件（採択率約79%・2023年4月〜2025年6月・240件中190件採択）。採択率の算出根拠：上記期間内に補助金HACKが申請支援を行い、採択通知を確認できた件数をもとに算出（ものづくり補助金・IT導入補助金・持続化補助金が対象。申請取り下げ・辞退を含まない）。製造業・飲食業・小売業・サービス業・IT業と多業種の支援経験を持つ。

> 「複数の補助金を同時に申請する経営者が増えています。ただ、採択取り消しの相談も増えているのが現実です。経費管理さえしっかりできれば、併用は難しくありません。まず経費の"仕分け"から始めることをお勧めします。」（黒江 遼）

情報更新日：2025年7月 各補助金の補助率・上限額・公募状況は変更される場合があります。申請前に必ず各事務局の公式サイトで最新情報をご確認ください。

よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

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