この記事は 行政書士・上田 昌芳（第26260602号） の監修のもと公開しています。 詳細を見る →
※本記事の情報は2025年6月時点のものです。補助金の公募状況・補助率・上限額は変更される場合があります。最新情報は各補助金の公式サイト（中小企業庁・各事務局）で必ずご確認ください。
# 中小企業の補助金併用完全ガイド：OK・NGルールと業種別パターン
✓ まとめ
この記事で分かること
- 補助金の併用（複数同時申請・受給）がなぜ合法的に認められているのか
- OKパターンとNGパターンの境界線と、採択後に取り消しになる失敗例
- 製造業・飲食業・IT業それぞれの典型的な補助金の組み合わせパターン
補助金を複数同時に申請・受給する「補助金の併用」は、中小企業でも合法的に活用できます。「補助金 複数 申請」「補助金 同時申請」「補助金 併用 中小企業」で調べている経営者の方に、設計のOK・NGルールを実務目線で整理します。
古くなった加工機械、エクセルで回している生産管理、若手社員の離職——。先代から引き継いだ旋盤がそろそろ限界を迎え、「設備更新だけでも大きな出費なのに、DXも人材も同時に手を打てるのか」と頭を抱えている二代目経営者の方も多いはずです。
実は、製造業の現場でよく聞くこの3つの悩みは、補助金の組み合わせ次第でまとめてカバーできます。設備更新にはものづくり補助金、生産管理システムの導入にはIT導入補助金、人材の処遇改善にはキャリアアップ助成金を活用し、3つの課題を並行して解決している製造業の経営者は実際に存在します。
「補助金は1社1つしか使えない」と思い込んでいる経営者の方も多いですが、それは誤解です。補助金の併用（複数同時申請・受給）は可能です。ただし「同一経費への重複補助」は禁止されており、設計を誤ると採択後に取り消しになるリスクがあります。
補助金申請支援を累計800件手がけてきた経験をもとに、中小企業が補助金を複数同時に使う際のOK・NGのルール、申請順序の考え方、業種別の典型パターンを整理しました。
目次
- 補助金の併用とは？中小企業が知っておくべき基本ルールは？
- 補助金併用のOKパターンとNGパターンは？
- 補助金と助成金の組み合わせ：所管の違いが鍵
- 業種別・典型的な補助金の組み合わせパターンは？
- では、あなたの会社の場合は？
- 補助金を複数申請するときの申請順序と注意点は？
- 補助金を複数申請する際の4つの不安を解消する
- まとめ：補助金の併用は「設計」が9割
補助金の併用とは？中小企業が知っておくべき基本ルールは？
補助金（国や自治体が特定の政策目的で事業者に交付する返済不要の資金）の併用とは、1つの会社が複数の補助金・助成金を申請・受給することを指します。
「1社1補助金」というルールは存在しません。国・都道府県・市区町村がそれぞれ異なる政策目的で補助金を設けており、対象経費が重複しない限り、複数の補助金を同時に活用することは公式に認められています。
補助金HACKが支援した800件のなかでも、複数の補助金を組み合わせて活用している中小企業は少なくありません。たとえば「ものづくり補助金（設備投資）＋IT導入補助金（基幹システム）＋キャリアアップ助成金（人件費支援）」という形で、投資額の大部分を公的資金で賄うケースも実際に存在します。
ただし、1つだけ絶対に守らなければならないルールがあります。それが「同一経費への重複補助の禁止」です。
⚠️ 注意
補助金併用の大原則
同じ経費に対して複数の補助金を重ねて申請することは禁止です。別々の経費に別々の補助金を充てる設計が必要になります。
この大原則を理解したうえで、OKパターンとNGパターンを見ていきましょう。
補助金併用のOKパターンとNGパターンは？
補助金の併用を考える際に最初に整理すべきなのは、「どの補助金がどの経費をカバーするか」という経費の割り付けです。
同一経費への重複補助がなければ、複数の補助金を同時に申請・受給することは原則として問題ありません。
下の表でOKとNGの境界を確認してください。
| ケース | 内容 | 判定 |
|---|---|---|
| A社がものづくり補助金で設備費、IT導入補助金でシステム費を申請 | 対象経費が別々 | OK |
| B社が持続化補助金と雇用調整助成金を同時申請 | 補助金と助成金の組み合わせ・経費も別々 | OK |
| C社が同じ機械購入費を2つの補助金で申請 | 同一経費への重複 | NG |
| D社が採択前に発注・支払いを済ませた | 交付決定（採択後に事務局が補助金の交付を正式に決定する手続き）前の支出 | NG（対象外） |
| E社が自治体補助金と国の補助金を組み合わせ | 所管・経費が別々 | 多くの場合OK（自治体の規約確認が必要） |
NGになる典型パターンは大きく分けて2つです。
NGパターン1：同一経費への二重申請
「この機械の購入費を、ものづくり補助金と自治体補助金の両方に申請する」というケースです。補助率の合計が100%を超えるような場合は、必ずどちらかの事務局から指摘・返還命令の対象になります。
NGパターン2：交付決定前の発注・支払い
採択通知と交付決定は別物です。採択通知が届いた後でも、交付決定日より前に発注・支払いを行った経費は補助対象外になります。複数補助金を並走させる場合でも同様のルールが適用されます。
補助金と助成金の組み合わせ：所管の違いが鍵
補助金とは、国や自治体が特定の政策目的で事業者に交付する返済不要の資金で、審査・採択の競争があります。助成金とは、主に厚生労働省が雇用・労働政策の目的で支給するもので、要件を満たせば原則受給できます。
この違いを活かした典型的な組み合わせが、「補助金（経済産業省・中小企業庁系）＋助成金（厚生労働省系）」です。所管が異なり対象経費も重複しないケースがほとんどのため、組み合わせ受給が認められやすい構造にあります。
| 項目 | 補助金 | 助成金 |
|---|---|---|
| 主な所管 | 経済産業省・中小企業庁・自治体 | 厚生労働省・都道府県労働局 |
| 審査 | あり（採択率による競争） | 要件を満たせば原則受給可 |
| 対象経費の典型 | 設備費・システム費・広告宣伝費 | 人件費・研修費・雇用維持費 |
| 受給タイミング | 事業完了後の後払い | 事業完了後の後払い（一部概算払いあり） |
代表的な組み合わせ例として、製造現場の自動化投資と同時に人材の処遇改善を図る「ものづくり補助金（設備購入費）＋キャリアアップ助成金（非正規→正規転換の人件費支援）」があります。キャリアアップ助成金は、非正規雇用労働者を正規転換した場合に1人あたり最大80万円（賃金要件等を満たす場合）が支給される厚生労働省系の助成金です。
⚠️ 注意
注意：助成金は「賃上げ＝受給」ではありません
「賃上げで補助金がもらえる」という誤情報がSNSで拡散されていますが、これは不正確です。賃上げで補助金が直接もらえる制度はありません。賃上げを行うと一部補助金の「補助上限額が引き上がるインセンティブ」が適用されることはありますが、賃上げそのものへの補助金交付とは別の話です。
業種別・典型的な補助金の組み合わせパターンは？
どの補助金を組み合わせるかは、業種と投資内容によって大きく変わります。製造業・飲食業・IT業を中心に整理しますが、サービス業・建設業・小売業など業種を問わず同じ考え方が適用できます。
また、都道府県や市区町村が独自に設ける自治体補助金を国の補助金と組み合わせるパターンも有効です。自治体補助金は国の補助金と所管・対象経費が異なる場合が多く、「ものづくり補助金（国）＋設備投資支援補助金（都道府県）」という形で組み合わせられるケースもあります。自治体ごとに制度内容が異なるため、お住まいの都道府県・市区町村の中小企業支援窓口でご確認ください。
製造業（二代目社長・設備老朽化・DX遅れを抱えるケース：従業員5〜50名規模）
製造業は補助金の活用余地が最も大きい業種の一つです。設備投資・システム導入・人材採用という3つの課題を、それぞれ別の補助金でカバーできる設計が可能です。
製造業の申請で多いのは以下の2パターンです。
- 既存機械の入れ替え
- 業務効率化のためのシステム導入
この2つを同時に進める場合、次の組み合わせが典型的です。
| 補助金 | カバーする経費 | 上限額 |
|---|---|---|
| ものづくり補助金（通常枠） | 機械設備・工具器具 | 750万円（従業員5名以下）／1,250万円（従業員6名以上）※2025年6月時点・公募要領要確認 |
| IT導入補助金（通常枠・インボイス枠等） | 基幹システム・会計ソフト | 450万円※2025年6月時点・公募要領要確認 |
| 省エネ補助金（設備・機器等）※ | 省エネ型機械への更新 | 要件により変動 |
※省エネ補助金（省エネルギー投資促進支援事業費補助金）について：本補助金は現在公募期間外です（2025年6月時点）。次回公募は2025年度後半〜2026年度の見込みですが、正式な公募開始時期・詳細は環境共創イニシアチブ（SII）の公式サイトでご確認ください。
補助率1/2の意味：投資額の半分を補助金が負担し、残り半分が自己負担になります。
たとえばものづくり補助金（補助率1/2・補助上限1,250万円・従業員6名以上）を使って1,000万円の設備投資を行う場合、補助額は500万円、自己負担は500万円です。さらにIT導入補助金（補助率1/2・上限450万円）で300万円のシステム導入を組み合わせると、補助額は150万円・自己負担は150万円が追加で軽減されます。
設備とシステムを合わせた1,300万円の投資に対し、実質的な自己負担を650万円程度に抑えられる計算になります。
⚠️ 注意
補助金は後払い：最長6か月の立替が必要です
補助金は原則「事業完了後の後払い」です。設備購入・システム導入から実績報告・審査を経て補助金が振り込まれるまで、3〜6か月の立替期間が発生します。複数補助金を並走させると立替期間が重なるケースもあります。資金繰りへの影響を事前に試算し、必要に応じてつなぎ融資（補助金入金までの短期借入）を検討してください。
補助金HACKの支援事例：埼玉の製造業A社（2023年度採択）
精密鋼材の加工ラインの増設を検討していた埼玉の製造業A社（従業員18名）。先代から引き継いだ旋盤が老朽化し、「入れ替えたくても投資額が大きすぎて踏み切れない」という状態でした。A社の課題は「古い旋盤の入れ替え」「受注管理のアナログ運用」「若手技術者の採用難」という3点でした。
ものづくり補助金で設備更新（投資総額850万円・補助額425万円）をカバーし、IT導入補助金で受注・生産管理システムを導入、キャリアアップ助成金で採用した若手社員の正規転換を支援するという3本立ての設計を採用。ものづくり補助金・IT導入補助金ともに採択されました。
補助金HACKの支援案件における製造業のものづくり補助金採択率は60〜65%程度で推移しています（2023〜2024年度・補助金HACK支援案件実績）。
> 顧客の声（埼玉・製造業 30代代表・A社） > 「複数の補助金を同時に使えると聞いて半信半疑でしたが、実際に3本立てで採択されました。自己負担が当初の半分以下になり、設備更新に踏み切れました。」（匿名掲載・ご本人の許可を得て掲載）
ものづくり補助金の詳細についてはものづくり補助金の完全ガイドもあわせてご参照ください。
飲食店（複数店舗展開・業態転換・DX対応が課題のケース：小規模〜中規模）
飲食業は補助金申請件数が多い業種の一つです。設備・内装・広告など「お金がかかる経費が多い」ため、補助金を活用できる場面が多いからです。
飲食業の典型的な申請パターンは以下のとおりです。
- 新機械の入れ替え（調理設備など）
- 広告宣伝費（SNS・チラシ・WEB広告）
- メニュー表（写真撮影費を含む）
- POSレジ・受発注システム
「広告宣伝費＋メニュー表」は持続化補助金（小規模事業者の販路開拓を支援する補助金）、「POSレジ」はIT導入補助金でカバーできるケースが多く、2つの補助金を組み合わせた設計が実務でよく使われています。
| 持続化補助金の枠 | 上限額 ※2025年6月時点・公募要領要確認 |
|---|---|
| 通常枠 | 50万円 |
| 賃金引上げ枠 | 200万円 |
| 卒業枠・後継者支援枠 | 200万円 |
| 創業枠 | 200万円 |
たとえば新メニュー開発とDX化を同時に進めたいケースでは、持続化補助金でメニュー写真の撮影費・チラシ制作費・SNS広告費（合計50万円）、IT導入補助金でPOSレジ・在庫管理システム（150万円）を申請する設計が現実的です。補助率はそれぞれ2/3・1/2のため、持続化補助金で33万円、IT導入補助金で75万円、計108万円の補助を受けながら、自己負担を約92万円に抑えられる計算になります。
持続化補助金の詳細については小規模事業者持続化補助金の使い方ガイドを、IT導入補助金についてはIT導入補助金の完全ガイドをあわせてご参照ください。
IT・サービス業（若手経営者・新サービス開発が課題のケース：従業員1〜20名規模）
IT業は補助金申請件数が比較的少ない傾向にありますが、活用できる補助金は確実に存在します。「サイト・チラシ・デザインが自社制作できる」ため補助対象になりやすい外注費が発生しにくいという特性があるので、自社制作では対応できない分野への投資をターゲットにするのが現実的です。
IT業で活用しやすい補助金の例は以下のとおりです。
- 持続化補助金（販路開拓・展示会出展費・外部広告費など）
- IT導入補助金（社内業務効率化ツールの外部導入）
- 中小企業新事業進出補助金（2026年新設予定・詳細は後述）
たとえば展示会出展（50万円）に持続化補助金（補助率2/3）を適用すれば約33万円の補助、外注で開発した業務ツール（200万円）にIT導入補助金（補助率1/2）を適用すれば100万円の補助が見込めます。2つの補助金で合計133万円の補助、自己負担は約117万円に圧縮できる計算です。
新分野展開を計画しているIT企業の場合は、2026年新設予定の中小企業新事業進出補助金も選択肢に入ります。詳細は補助金HACKのLINEで先行情報をお届けしています。
では、あなたの会社の場合は？
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補助金を複数申請するときの申請順序と注意点は？
複数の補助金を申請する場合、申請順序とスケジュール管理が採択率と資金繰りの両方に影響します。
5ステップで理解する：複数補助金の申請フロー
- 組み合わせる補助金を選定する：補助率・上限額が大きいものを設計の軸に置く。残りの経費に別の補助金を充てる順序で計画する
- 公募スケジュールを一覧で把握する：各補助金の公募期間・採択発表日・交付決定予定日をカレンダーに落とし込む
- 申請書類を補助金ごとに作成する：各申請書の事業計画・経費明細・スケジュールの整合性を通しで確認する
- 交付決定を受けてから発注・支払いを行う：採択通知が届いても交付決定ではない。各補助金の交付決定日を別々に管理する
- 実績報告を期限内に提出する：実施期限を過ぎると補助金が受給できなくなる。複数補助金の締切を混同しないよう管理する
⚠️ 注意
採択≠交付決定。発注タイミングに注意
採択通知が届いても、それは「交付決定」ではありません。補助対象となる経費は交付決定日以降に発生したものだけです。複数補助金を並走させる場合は、各補助金の交付決定日を別々に管理し、発注タイミングを誤らないようにする必要があります。
申請順序の基本的な考え方
原則は「補助率が高い・補助上限が大きい補助金を優先する」です。
同じ事業投資に充てられる補助金額を最大化するには、補助率・上限額が大きいものを先に設計の軸に置き、残りの経費に別の補助金を充てる順序で計画します。
もう1つ重要な観点が採択難易度と公募スケジュールです。補助金HACKの支援経験では、「年度始まり（4〜7月）の第1回公募は採択されやすく、冬・年始は予算消化で枠が絞られる」という傾向が見られます。採択されやすいタイミングを意識したスケジュール設計が有効です。
補助金を複数申請する際の4つの不安を解消する
補助金の複数活用を検討する経営者から特によく聞く4つの疑問にまとめて答えます。
不安1：自己負担はいくら必要か
補助率1/2の場合、投資額の半分を補助金が負担し、残り半分が自己負担になります。ものづくり補助金（補助率1/2・上限1,250万円・従業員6名以上）の場合、1,000万円の設備投資なら補助額500万円・自己負担500万円です。
IT導入補助金（補助率1/2・上限450万円）と組み合わせて300万円のシステム導入を行う場合、補助額は150万円・自己負担は150万円が追加で軽減されます。合計1,300万円の投資に対し、補助金の組み合わせで最大650万円を補助してもらえる計算になります。
キャリアアップ助成金の詳細についてはキャリアアップ助成金の活用ガイドもあわせてご参照ください。
不安2：本当に採択されるのか
補助金は「申請すれば必ずもらえる」ものではなく、審査があります。補助金HACKの支援案件における採択率の目安は以下のとおりです（2023〜2024年度・補助金HACK支援案件実績）。
| 補助金 | 補助金HACK支援案件の採択率目安 |
|---|---|
| ものづくり補助金（製造業） | 60〜65%程度 |
| 持続化補助金（小規模事業者） | 70%程度 |
| IT導入補助金 | 70〜80%程度 |
採択率を左右する最大の要因は事業計画書の質です。補助金HACKでは事業計画書の作成支援から申請手続きまでをサポートしています。「採択されるかどうか分からない」という段階でも、LINEでの無料診断で採択可能性を即日お伝えしています。
不安3：不採択になったらどうなるか
不採択になっても、経費はかかりません（申請手数料は原則無料）。次の公募回での再申請が可能なケースがほとんどです。補助金HACKでは「不採択になった事業計画書の再設計」にも対応しています。他社や自社で申請して不採択だった場合でも、計画書のどこが弱かったかを分析し、次の申請に向けた改善をサポートします。
不安4：書類作成の手間・時間はどれくらいかかるか
複数の補助金を同時申請すると、書類作成の負荷は単純に倍増します。補助金HACKでは以下の形でサポートします。
- 申請に必要な書類のチェックリスト提供
- 事業計画書の構成設計と添削
- 各補助金の整合性（事業計画・経費明細・スケジュール）の確認
- 申請期限の管理と提出前の最終チェック
📌 ポイント
補助金HACKを選ぶ3つの理由
- 補助金専門特化：製造業・飲食業・IT業の申請支援に特化。補助金申請に特化した実務ノウハウを持つ
- LINE即時対応：相談から採択可能性の初回回答まで最短即日。LINEで気軽に質問できる
- 2026年新制度への先行対応：「中小企業新事業進出補助金」「成長加速化補助金」など2026年新制度の情報をいち早くキャッチアップし、LINE登録者に先行提供
補助金HACK支援サービスの内容や他社との違いについては補助金HACK サービス・料金案内をご覧ください。
まとめ：補助金の併用は「設計」が9割
補助金の複数同時活用は、中小企業にとって投資コストを大幅に圧縮できる有効な手段です。800件の申請支援経験から言えるのは、併用の成否は「経費の割り付け設計」と「タイミング管理」で決まるということです。
OKの大原則
- 同一経費への重複補助がなければ、複数の補助金を同時申請・受給できる
- 補助金（経済産業省系）と助成金（厚生労働省系）の組み合わせは組みやすい
NGの大原則
- 同一経費への二重申請は禁止
- 交付決定前の発注・支払いは補助対象外
実務での注意点
- 補助金は後払い。入金まで3〜6か月の立替が必要。資金繰りの事前設計が必須
- 各補助金の公募スケジュール・交付決定タイミングを別々に管理する
- 申請書類ごとに事業計画の整合性を確認する
- 不採択でも次回公募で再申請可能。再設計で採択を目指せる
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執筆・監修：補助金HACK編集部 補助金申請支援累計800件（2023〜2024年度実績）。製造業・飲食業・IT業をはじめ幅広い業種の中小企業経営者の申請をサポート。中小企業庁・各事務局の公式情報を一次ソースとして確認し、最新情報の発信を徹底しています。
※本記事の情報は2025年6月時点のものです。補助金の公募状況・補助率・上限額は変更される場合があります。最新情報は各補助金の公式サイト（中小企業庁・各事務局）で必ずご確認ください。
よくある質問
中小企業が補助金を複数同時に申請することは可能ですか？
補助金と助成金は同時に受け取れますか？
補助金の併用申請で最も多い失敗パターンは何ですか？
交付決定前に発注してしまった場合、補助対象になりますか？
個人事業主でも補助金の併用はできますか？
:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。
- 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
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