【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

# 中小企業が補助金を複数併用する方法｜製造業の組み合わせ事例と注意点を解説

「先代から引き継いだ設備がそろそろ限界で、更新費用をどう工面するか頭が痛い」「設備投資と在庫システムを同時に刷新したいが、自己負担が重すぎる」——こうした悩みを抱える製造業の経営者の方は多いのではないでしょうか。

中小企業が補助金を複数同時に使える場合、投資負担を大幅に圧縮できる可能性があります。

「補助金は1社1制度しか使えないと思っていた」という経営者の方は少なくありません。しかし実際には、対象経費が異なる補助金であれば、同時に申請・受給することは原則OKです。

補助金HACKでは、製造業を中心とした中小企業の補助金申請を累計150社以上支援した実績をもとに、補助金の併用ルールを正確に整理します。どの組み合わせがOKで、どの組み合わせが危険なのか。製造業の経営者の方が特に知っておくべきポイントを、具体例と表を交えて解説します。

目次

• 補助金の併用とは？基本の考え方
• 自己負担額シミュレーション：補助率別の3パターン
• 補助金の併用がOKになる条件とNGになる条件
• 製造業での典型事例：ものづくり補助金×IT導入補助金の組み合わせ
• 併用できる典型パターン（OK事例）
• やってはいけないNG事例
• 補助金と助成金はどう組み合わせればよいか
• GビズIDと事業計画書の準備はどう進めればよいか
• 申請順序とタイミングの考え方
• 申請前に確認すべき重要チェックリスト5点
• 補助金HACKを選ぶ理由
• 複数補助金活用のまとめ
• 今日から始める3段階の行動計画

補助金の併用とは？基本の考え方

補助金の「併用」とは、1社が複数の補助金を同時期に申請・受給することです。同一経費への重複適用がなければ、原則として認められています。

補助金は国や自治体が「政策目的を達成するために事業者を後押しする資金」です。補助金ごとに対象経費の範囲が異なるため、A補助金で設備投資を支援してもらいながら、B補助金でマーケティング費用を支援してもらうことは、制度の趣旨に反しません。

ただし、同じ1つの経費に対して2つの補助金を二重に適用することは禁止されています。これを「二重受給」と呼び、判明した場合は補助金の返還命令の対象になります。

まず最初に、「原則OK・ただし二重受給は厳禁」という大原則を押さえておきましょう。

同一の設備・サービスなど、1つの経費に対して複数の補助金を重複して受け取ることを「二重受給」といいます。発覚した場合は補助金全額の返還命令につながる重大な違反です。

補助金の仕組みを押さえる

用語	意味
採択率	申請者のうち補助金を交付された事業者の割合。補助金により30〜90%と幅がある
交付決定	採択後に補助金事務局が正式に補助金の支給を決定すること。交付決定後でないと補助対象の経費を発生させられない
補助対象経費	補助金で認められる経費の範囲。設備費・広告宣伝費・外注費など補助金により異なる
二重受給	同一経費に対して複数の補助金を重複して受け取ること。返還命令の対象になる

自己負担額シミュレーション：補助率別の3パターン

補助金を活用する際、経営者の方が最も気になるのが「実際にいくら自己負担するか」という点です。補助率ごとの自己負担額を3パターンで整理します。

補助金は「補助対象経費×補助率」で受給額が決まります。上限額に達するまでは補助率がそのまま適用されるため、投資規模が大きいほど受給額も大きくなります。

補助率別・自己負担額の試算

投資規模	補助率	補助金受給額	自己負担額	主な対象補助金
500万円の設備購入	1/2	250万円	250万円	ものづくり補助金（通常枠）
500万円の設備購入	2/3	約333万円	約167万円	ものづくり補助金（小規模事業者枠）
200万円のITシステム導入	3/4	150万円	50万円	IT導入補助金（インボイス枠等）

ものづくり補助金（設備費500万円・補助率1/2・受給額250万円）とIT導入補助金（システム費200万円・補助率3/4・受給額150万円）を組み合わせると、合計700万円の投資に対して受給総額は400万円、自己負担は300万円（約43%）になります。単独申請と比べ、負担額を大幅に圧縮できます。

補助上限額はものづくり補助金で枠により異なります（詳細は公式ページでご確認ください）。IT導入補助金は最大450万円など、制度ごとに上限が設けられています。実際の受給見込み額は、投資内容と補助金の組み合わせによって大きく変わるため、個別のシミュレーションをおすすめします。

現在、製造業の経営者の方から毎月50件以上のシミュレーション依頼をいただいています。無料・3分・3つの質問に答えるだけで受給見込みがわかります。

補助金の併用がOKになる条件とNGになる条件

併用OKの最大の条件は「同一経費への重複適用がないこと」です。複数の補助金を使う場合でも、それぞれ別の経費に充当するなら問題ありません。

併用OK・NGの判断基準

判断ポイント	OK	NG
対象経費の重複	補助金Aは設備費、補助金Bは広告費と経費が別々	同じ設備費に補助金A・Bを両方適用
補助金の根拠法令	経産省系と厚労省系など、制度の根拠が異なる	同一事務局・同一制度内での重複
公募要領の規定	他補助金との併用制限の記載がない	「他の補助金との重複受給不可」と明記されている
補助目的の整合性	それぞれ独立した事業目的がある	同一の事業目的を分割して2つの補助金で申請

各補助金の公募要領（補助金の申請条件・申請方法・採択基準を記した公式文書）には、「他の補助金等との重複」に関する規定が記載されています。特定の補助金を組み合わせる場合は、それぞれの公募要領を読み合わせて確認することが必須です。

公募要領の「重複禁止」条項について

補助金によっては、同一事業に対して他の国補助金・委託費等との重複を明示的に禁止しているケースがあります。ものづくり補助金の公募要領には「他の国の補助金等と重複して補助対象経費に充てることは認められない」という趣旨の記載があります。

一方で、これは「別の経費に使う」ことまで禁じているわけではありません。ものづくり補助金で製造設備を購入しながら、小規模事業者持続化補助金で販促用チラシ制作費を賄うことは、多くの場合OKです。迷ったときは各補助金事務局に直接確認するのが最も確実な対処法です。

製造業での典型事例：ものづくり補助金×IT導入補助金の組み合わせ

製造業では「生産設備の投資」と「業務システムの導入」が同時に発生するケースが多く、補助金の併用効果が最も出やすい業種のひとつです。

補助金HACKの支援事例（製造業50件以上）では、複数補助金を組み合わせて設備投資の自己負担を大幅に圧縮した例が多く見られます。以下に代表的な3パターンを紹介します。

製造業の併用パターン1：CNC旋盤×在庫管理システム

• ものづくり補助金（中小企業庁が所管する設備投資・開発支援の補助金）：CNC旋盤の導入費（補助対象経費：設備費）
• IT導入補助金（経済産業省が所管するITツール導入支援の補助金）：在庫管理システムの導入費（補助対象経費：ソフトウェア費）

CNC旋盤（精密なコンピュータ数値制御旋盤）の設備費とシステム費は対象経費が明確に分かれます。従業員20名・年商5億円規模の機械部品メーカーの支援事例をもとにした試算では、設備投資1,000万円（補助率1/2）＋システム投資200万円（補助率3/4）で合計約650万円の受給が見込めるケースがあります。1,200万円の投資に対して自己負担は約550万円（約46%）まで圧縮できた例です（支援事例をもとにした試算例・個人情報加工済み）。

この事例では、GビズID取得から申請完了まで約6週間で完了しています。「書類作成が大変そう」と感じていた経営者の方でも、支援機関のサポートを活用することで、想定より短期間で申請まで進められたケースが多くあります。

製造業の併用パターン2：省エネ設備×生産設備の同時更新

• 省エネ補助金（環境省・経産省）：コンプレッサーや空調設備の省エネ改修費
• ものづくり補助金：加工設備・プレス機等の更新費

省エネ設備と生産設備は補助金の所管省庁も異なるため、対象経費が重複しない限り組み合わせやすい典型パターンです。工場の電気代削減と生産能力強化を同時に進めたい製造業に特に有効です。

製造業の併用パターン3：ものづくり補助金×業務改善助成金

• ものづくり補助金：製造設備の入れ替え費（補助対象経費：設備費）
• 業務改善助成金（厚生労働省）：賃金引き上げと設備改善費（補助対象経費：設備費・教育訓練費等）

業務改善助成金は厚生労働省が所管する助成金（要件を満たせば原則受給できる制度）で、ものづくり補助金とは根拠が異なります。賃金引き上げと設備投資を同時に計画している製造業の中小企業に向いた組み合わせです。

製造業は「設備費」「ソフトウェア費」「省エネ費」「教育訓練費」など対象経費の種類が多く、補助金ごとの経費区分が明確に分かれやすい業種です。これが、製造業で補助金の複数活用が成功しやすい構造的な理由です。

補助金HACKを選ぶ理由は、制度の建前ではなく「御社の投資計画に対して、実際にどの補助金がいくら使えるか」を経営判断レベルで整理する点にあります。製造業の支援実績50件以上の知見から、業種・投資内容に応じた組み合わせをご提案しています。

「自社の設備更新計画に当てはめるとどうなるか」を確認したい方は、無料シミュレーションをご活用ください。製造業の支援実績50件以上のノウハウをもとに、受給見込み額を試算します。無料・3分・LINEで完結します。

補助金を複数申請できる典型パターン（OK事例）

「設備投資×販路開拓」「DXツール×販売促進」など、対象経費が明確に分かれる組み合わせは実務上も多用されています。

典型的な併用OK組み合わせ

補助金A	補助金B	活用シーン
ものづくり補助金（設備費）	小規模事業者持続化補助金（広告宣伝費）	製造ラインを増強しながら、新規顧客開拓のための展示会出展費用を補助
IT導入補助金（ITシステム費）	業務改善助成金（設備投資・賃上げ）	基幹システムを導入しながら、従業員の賃金引き上げと設備改善にも補助
ものづくり補助金（機械設備）	IT導入補助金（管理ソフト）	生産設備の入れ替えと同時に、在庫管理システムを導入
省エネ補助金（省エネ設備）	ものづくり補助金（加工設備）	工場の省エネ改修と並行して生産設備を更新
持続化補助金（チラシ・HP制作）	雇用調整助成金（雇用維持）	販促強化と雇用維持を同時に推進

対象経費が明確に分かれていれば、業種を問わず同様の考え方が適用できます。御社の業種・投資規模・申請タイミングによって最適な組み合わせは異なりますので、受給見込み額のシミュレーションはお気軽にご相談ください。

やってはいけないNG事例

補助金の併用にはルールがあります。ルールを守れば複数申請は問題ありませんが、以下のパターンに該当すると採択取り消し・補助金返還のリスクがあります。事前に確認しておくことで、ほぼすべてのリスクは回避できます。

最も危険なのは「同じ設備・サービスに2つの補助金を充てる」二重受給です。採択後に発覚した場合、補助金全額の返還命令が出るケースもあります。

1つの機械設備（例：CNC旋盤 500万円）に対して、ものづくり補助金と持続化補助金の両方を申請する行為は二重受給に該当します。採択後に発覚すれば、補助金交付後であっても返還命令の対象になります。

NGパターンの整理

パターン	内容	リスク
二重受給	同一設備・同一経費に2つの補助金を適用	補助金全額返還命令
交付決定前発注	採択通知後すぐに発注・契約	当該経費が補助対象外
目的外利用	採択された事業と関係のない用途に補助金を使用	補助金取り消し・返還命令
公募要領違反の重複	公募要領で「他補助金との重複禁止」が明記された補助金を重複申請	不採択または採択取り消し

補助金HACKの支援事例（個人情報加工済み）では、「ホームページ制作として採択されたが、実際には別事業のHP制作に使った」というケースで取り消しになった例を確認しています。また、「採択通知が来たのでその日に設備の発注をした」という経営者が交付決定前の支払いとして補助対象外と判定されたケースも複数あります。申請した事業内容に沿って、交付決定後に使用することが大前提です。

補助金と助成金はどう組み合わせればよいか

補助金（経産省・中小企業庁系の採択型）と助成金（厚生労働省系の要件充足型）は根拠が異なる制度のため、対象経費が重複しない限り、原則として自由に組み合わせられます。

補助金と助成金の違い

項目	補助金	助成金
主な管轄	経済産業省・中小企業庁・地方自治体	厚生労働省
受給条件	審査・採択が必要（競争型）	要件を満たせば原則受給可
目的	設備投資・新事業・DX推進など	雇用維持・人材育成・労働環境改善など
返済	不要	不要
資金の受取時期	事業完了後（後払い）	要件充足確認後（後払い）

補助金は事業投資の支援、助成金は雇用・労働関係の支援という性格の違いがあるため、対象経費が重複するケースは構造的に少なく、組み合わせやすい関係にあります。

実務でよく使われる補助金＋助成金の組み合わせ

• ものづくり補助金（製造設備投資）＋業務改善助成金（賃金引き上げ・設備改善）
• IT導入補助金（システム導入）＋人材開発支援助成金（社員のIT研修）
• 持続化補助金（広告宣伝・展示会出展）＋キャリアアップ助成金（非正規→正規雇用転換）

「賃上げをすれば補助金がもらえる」という情報が一部で広まっていますが、正確ではありません。正しくは「一定の賃上げを行うことで、ものづくり補助金などの補助上限額が引き上げられるインセンティブがある」という制度です。賃上げそのものに補助金が出るわけではありません。

GビズIDと事業計画書の準備はどう進めればよいか

補助金申請で多くの経営者が「準備不足」を痛感する2点が、GビズIDの取得と事業計画書の作成です。どちらも申請直前に着手すると間に合わないため、早めの準備が必須です。

GビズID（法人共通認証ID）とは

GビズID（政府が提供する法人共通認証ID）は、ものづくり補助金・IT導入補助金・持続化補助金など、多くの補助金の電子申請で必須となる認証IDです。取得申請から発行まで2〜3週間かかるため、補助金申請を検討し始めた段階で早めに申請しておくことを推奨します。

GビズIDの取得手順は以下の通りです。

1. GビズID公式サイトにアクセスする
2. 「gBizIDプライム」（法人・個人事業主向け）の新規登録を選択する
3. 法人の場合は登記情報（登記番号・所在地・代表者名等）を準備する
4. 申請フォームに必要事項を入力し、印鑑証明書等の書類を郵送する
5. 事務局の審査後、約2〜3週間でIDが発行される

支援機関（商工会・商工会議所など）に相談すると、取得のサポートを受けられることがあります。

事業計画書：採択を左右する中核書類

事業計画書（補助金申請の中核となる書類で、事業内容・投資計画・収益計画・期待効果などを記載）は、補助金の採択可否を大きく左右します。特に記載が求められるのは次の3点です。

• 投資の目的と事業への効果
• 投資回収期間の試算（数値で明記）
• 補助事業終了後の自立運営計画

補助金HACKの支援事例では、GビズID取得から申請完了まで最短4週間で完了した製造業の事例があります。商工会・商工会議所経由の申請（持続化補助金等）では、面談2〜3回程度で計画書の骨格が固まるケースが多いです。「書類作成が大変そう」と感じている方でも、支援機関のサポートを活用することで、ゼロから自力で書くより大幅に負担を軽減できます。

認定経営革新等支援機関（国が認定した補助金申請支援ができる金融機関・コンサルティング会社等）を活用することで、事業計画書の内容をさらにブラッシュアップできます。特に持続化補助金は商工会・商工会議所経由の申請が必要なため、早めに地域の支援機関に相談することを推奨します。

申請順序とタイミングの考え方

補助金の申請順序に法律上の決まりはありませんが、採択審査のスケジュールと資金繰りを考慮した順番で申請することが実務上の王道です。

申請順序を決める際の考え方

複数の補助金を狙う場合は、公募サイクルを意識した申請計画が重要です。補助金HACKの支援経験では、年度始まり（4〜7月）の公募は競争が落ち着いているケースがある一方、補助金の種類・予算規模・年度によって傾向が異なります。最新の公募情報は必ず各公式ページでご確認ください。

月別申請スケジュール（複数補助金の申請計画例）

以下は、ものづくり補助金とIT導入補助金を同一年度に申請する場合の月別スケジュール例です（実際の公募スケジュールは年度により変動します）。

月	ものづくり補助金	IT導入補助金	共通タスク
1〜2月	GビズID取得・支援機関相談開始	ベンダー選定開始	投資計画の全体棚卸し・経費振り分け
3〜4月	事業計画書作成・公募要領確認	ツール選定・見積取得	各補助金の公募開始確認
5〜6月	申請書類最終確認・提出	申請書類提出（ベンダー経由）	重複経費がないか最終チェック
7〜8月	採択通知を待つ	採択通知を待つ	資金繰り計画の見直し
9〜10月	交付決定通知を確認してから発注	交付決定通知を確認してから導入開始	発注・契約のタイミング確認
11〜12月	設備導入・事業実施	システム稼働・検証	実績報告の準備開始
翌1〜3月	実績報告書作成・提出	実績報告書作成・提出	補助金入金（申請から約1〜1.5年後）

※上記はあくまで計画例です。実際の公募スケジュールは中小企業庁公式サイトおよび各補助金事務局でご確認ください。

実務的な申請の進め方

1. 導入予定の設備・サービスの棚卸しをする
2. 各経費をどの補助金で賄うか割り振りを決める
3. 各補助金の公募スケジュールを確認し、申請順序を決める
4. 先に採択を受けた補助金の交付決定通知を確認してから、関連経費の発注に動く
5. 事業完了後の実績報告（補助事業完了後に提出する報告書）を補助金ごとに準備する

補助金別の公募サイクル・補助上限額の目安

補助金	補助上限額（目安）	平均採択率（目安）	公募回数の傾向	注意点
ものづくり補助金	枠により異なる（詳細は公式ページ確認）	40〜50%程度（推定・中小企業庁公表値参照）	年1〜2回程度	次回公募スケジュールは公式サイトで確認
小規模事業者持続化補助金	50万〜250万円	50〜70%程度（推定・各回公募結果より）	年数回	商工会・商工会議所経由の申請が必要
IT導入補助金	最大450万円	60〜80%程度（推定・事務局公表データより）	年複数回	IT事業者（ベンダー）経由の申請が必要
中小企業省力化投資補助金	最大1,500万円	非公開	公募状況は公式ページを随時確認	対象製品カタログから選定が必要
中小企業新事業進出補助金	公募要領確認要（詳細未公表）	公募開始後に公表予定	2026年新設	公募スケジュール随時確認

※補助上限額・採択率は枠・条件により異なります。採択率の数値は各補助金事務局・中小企業庁の公表データをもとにした推定値です。最新情報は各補助金の公式ページでご確認ください。

申請前に確認すべき重要チェックリスト5点

補助金を複数同時に活用する場合、申請前に以下の5点を必ず確認してください。これだけ押さえれば、主要なリスクの大半は回避できます。

1. 各補助金の公募要領を取得し、対象経費の範囲を確認している
2. 各補助金の「他補助金との重複禁止」条項を確認している
3. 投資予定の経費を補助金ごとに振り分け、重複がないことを確認している
4. GビズID（多くの補助金の電子申請に必要。取得に2〜3週間かかる）を取得済みまたは申請中である
5. 事業計画書に投資回収期間を数値で明記している

「採択後に何を確認すべきか」「実績報告で必要な書類は何か」など、申請後の詳細チェックリストはLINE会員限定で配布しています。登録無料・1分で完了します。

補助金HACKを選ぶ理由：製造業の経営者から選ばれる3つの強み

補助金の情報や手続きを扱うサービスは複数あります。補助金HACKが製造業・中小企業の経営者の方から選ばれている理由を3点に絞って説明します。

1. 製造業の支援実績50件以上、即時対応

製造業を中心に累計150社以上の補助金申請を支援してきた実績があります。2026年新設の中小企業新事業進出補助金をはじめ、毎年更新される補助金制度に対して、LINEを通じた最新情報の配信で即時対応しています。支援先の採択結果や具体的な受給事例はLINE登録後にご案内しています。

2. LINEで気軽に即時相談できる

電話・訪問なしで、LINEから補助金の質問・シミュレーション依頼ができます。「まず自社が対象かどうかだけ知りたい」という段階からご相談いただけます。営業電話はありません。

3. 経営者目線で「使えるかどうか」を判断

補助金HACKの強みは、制度の建前ではなく「御社の投資計画に対して、実際にどの補助金がいくら使えるか」を経営判断レベルで整理することです。製造業の設備更新・DX投資・省エネ改修など、業種・投資内容に応じた組み合わせをご提案します。

複数補助金活用のまとめ

中小企業が補助金を複数同時に活用することは、対象経費が重複しない限り原則OKです。

ここで押さえておくべき核心は以下の3点です。

1. 二重受給は厳禁です：同一経費に複数の補助金を充てると、補助金全額の返還命令につながるリスクがある
2. 交付決定前の発注はNG：採択通知≠交付決定。交付決定通知を受けてから発注することが鉄則
3. 公募要領の重複禁止条項を確認：補助金ごとに「他の補助金との重複」に関するルールが異なるため、必ず各事務局の公募要領を確認する

製造業であれば「設備投資はものづくり補助金、在庫管理・基幹システムはIT導入補助金、省エネ改修は省エネ補助金」という三層構造の活用も十分に現実的です。投資計画の全体像を描いたうえで、どの経費をどの補助金で賄うかを先に振り分けることが、複数活用を成功させる出発点になります。

補助金HACKの支援事例から言えることは、「申請前の経費の振り分け整理」と「公募要領の確認」を丁寧に行うだけで、多くのリスクは回避できるということです。

今日から始める3段階の行動計画

補助金の併用を検討している経営者の方は、以下の3ステップで具体的に動き始めることを推奨します。投資規模の目安も参考にしてください。

STEP1：自社が対象になる補助金をピックアップする

業種・従業員数・直近の投資計画をもとに、申請できる補助金の候補を絞り込みます。ものづくり補助金・IT導入補助金・持続化補助金のうち、自社が対象になるものを確認するところから始めましょう。

STEP2：受給見込み額をシミュレーションする（投資額500万円未満の方はまずここから）

投資規模と補助率をもとに、組み合わせた場合の自己負担額と受給見込み額を試算します。補助金HACKの無料シミュレーションを活用すると、複数の補助金パターンを一度に比較できます。投資額500万円未満の方は、まずシミュレーションで概算を確認することをおすすめします。

STEP3：個別相談で申請計画を確定させる（投資額500万円以上・複数補助金を検討中の方）

投資額が500万円以上になる場合や複数の補助金を同時に活用したい場合は、シミュレーションだけでなく個別相談で申請計画を具体化することを推奨します。申請順序・事業計画書の方向性・GビズID取得状況を一緒に確認します。

製造業の支援実績50件以上・累計150社以上の補助金申請を支援してきた補助金HACKに、まずはLINEでご相談ください。無料・3分・3つの質問に答えるだけで受給見込み額がわかります。

申請計画を個別に相談したい方は、LINEから専門家への相談予約もできます。

※本記事の補助金情報は2026年5月時点の情報に基づいています。補助金の公募状況・要件は変更になる場合があります。申請前には必ず各補助金事務局の公式ページおよび公募要領をご確認ください。

よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

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