【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

# 中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルール・複数申請の注意点を整理【専門家監修】

補助金の併用（1社が複数の補助金を同時申請・同時受給すること）は、制度上は原則として可能です。 同一経費への重複適用は禁止されていますが、経費または事業を分けることで合法的な併用ができます。また、制度上、補助金の申請件数に法的上限はありません。

補助金を1つ使えるなら、2つ・3つと組み合わせて使えないか——そう考える経営者の方は多いです。

特に製造業の二代目社長からは「親父の代から使っている機械が老朽化しているが、銀行融資を増やすのは避けたい」「設備更新とシステム導入を同時に進めたいが、まとまった自己資金がない」というご相談を多くいただきます。

ただし「同じ経費に2つの補助金をかける」ことは禁止されており、このルールを知らずに申請すると、最悪の場合は採択取り消しになります。

この記事では、補助金申請支援の専門家・黒江遼氏（補助金HACK取材協力・提携専門家。補助金申請支援に特化し累計800件超の支援実績を持つ。採択率80%は同氏支援案件における実績値）の知見をもとに、中小企業が補助金を複数同時に活用するためのルール・よくある組み合わせパターン・申請時の注意点を経営者目線で整理します。

補助金HACKは、2026年新設の中小企業成長加速化補助金・中小企業新事業進出補助金について最新情報を随時更新しています。製造業をはじめ飲食業・IT業・小売業の経営者の方にも当てはまる内容です。

補助金の「併用」とは？中小企業が知っておくべき基本

補助金の併用とは、1社が複数の補助金を同時期に申請・受給することを指します。 同一経費への重複適用は禁止ですが、経費または事業を分けることで合法的な活用が可能です。制度上、補助金の申請件数に法的上限は設けられていません。

国や自治体が提供する補助金はそれぞれ別の目的・管轄・財源を持っており、「A社がものづくり補助金とIT導入補助金の両方を使う」ことは法的に問題ありません。

ただし、以下の2点が禁止ルールです。

• 同一経費への重複適用：1台の機械に2つの補助金を同時に充てることはできない
• 同一事業への重複申請：まったく同じ内容の事業計画で複数の補助金に申請することも基本的にNG

つまり「経費を分ける」か「事業目的を分ける」ことができれば、複数の補助金を同時に活用する道が開けます。

補助金と助成金（雇用関係の支援が多い厚生労働省系の給付）は別の制度であるため、組み合わせの自由度はさらに高くなります。この点については後ほど詳しく解説します。

なお、中小企業の定義は業種によって異なります。製造業では資本金3億円以下または従業員300人以下、卸売業では資本金1億円以下または従業員100人以下、小売業・サービス業ではそれぞれ5,000万円以下または50〜100人以下が目安です（中小企業基本法による）。地方自治体が独自に上乗せ補助を行っている場合もあるため、自社所在地の自治体制度も合わせて確認することをお勧めします。

補助金の同時申請ルールとスケジュール管理：OKとNGの条件

製造業の社長がよく悩むのが「どこまで同時に申請できるのか」という境界線です。 補助金の併用可否は「経費が重複しているかどうか」で判断します。同一の経費に複数の補助金を充てなければ、基本的に併用は認められます。

併用OKの主な条件

• 経費が明確に分かれている：設備Aにはものづくり補助金、設備Bには省エネ補助金、という形で経費の対象が異なる
• 補助金ごとの公募要領（補助金の申請条件・採択基準などを記した公式文書）に禁止規定がない：一部の補助金では「他の補助金との重複受給不可」と明記されている場合があるため、個別確認が必要
• 事業目的・計画書の内容が実質的に異なる：同じ事業計画を流用しただけの申請は採択リスクが高まる

併用NGの主なケース

• 同一の機械・設備に2つの補助金を充てる：例えば500万円の加工機に対してものづくり補助金と省エネ補助金を両方適用しようとするケース
• 公募要領に重複禁止が明記されている場合：「本補助金は他の補助金と重複して交付を受けることができない」と書かれていれば、その補助金は単独利用が原則
• 同一事業で内容を使い回した申請：審査員に見抜かれた場合、両方とも不採択になるリスクがある

条件	併用の可否
経費の対象が異なる（設備A・設備B）	OK
補助金の趣旨・目的が異なる（省エネ・DX等）	OK
補助金＋助成金（厚労省系）の組み合わせ	基本OK（個別確認推奨）
同一経費に2つの補助金を充てる	NG
公募要領に重複禁止の明記がある	NG
実質同一の事業計画で複数申請	リスク大（実態に応じて判断）

中小企業がよく使う補助金の併用パターン4選

製造業の社長がよく「どの組み合わせが自社に合うのか」と悩むのがこの選択です。 実際に採択されている企業では、目的ごとに補助金を使い分ける「役割分担型の併用」が主流です。以下に製造業・飲食業・IT業・小売業別の典型パターンを整理します。

自社に該当するパターンを素早く見つけるには、以下のフローで確認してください。

• 「設備・機械への投資を検討している」→パターン1または4
• 「販路拡大・広告宣伝費が主な支出」→パターン2
• 「雇用・人材育成と販路拡大を同時に進めたい」→パターン3
• 「省エネ設備の更新と管理システムの整備を並行したい」→パターン4

パターン1：ものづくり補助金 × IT導入補助金（製造業に多い）

製造業の二代目社長がよく検討する組み合わせです。「機械の老朽化更新を自己資金だけで賄うのは難しい」という状況で、設備投資とシステム導入を同時に進める際の典型パターンです。

• ものづくり補助金（次回公募未定・2026年5月時点）：加工機・設備の入れ替えに活用。補助上限は750〜1,250万円（通常枠・過去公募実績ベース・次回変更の可能性あり）、補助率1/2。中小企業庁「ものづくり補助金」公式ポータルで最新情報を確認してください
• IT導入補助金：生産管理システム・受発注システムの導入に活用。補助上限450万円、補助率1/2〜3/4。IT導入補助金公式サイトで最新公募情報をご確認ください

設備の「ハード（機械）」にものづくり補助金、「ソフト（システム）」にIT導入補助金を充てることで、経費の重複なく両方を活用できます。

自己負担額の具体例：500万円の加工機（ものづくり補助金・補助率1/2）と300万円の生産管理システム（IT導入補助金・補助率1/2）を同時導入する場合、合計800万円の投資に対して補助額は最大400万円。自己負担は400万円まで圧縮できます。銀行融資を増やさずに設備更新が進められるかどうか、この数字を経営判断の出発点にしてください。

ものづくり補助金の一般的な採択率は60〜70%程度です（中小企業庁「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」採択結果、直近複数回の平均値より）。採択率の高い計画書を作るためにも、申請前の専門家確認が有効です。

採択事例（製造業・従業員20〜50名クラス）：愛知県の金属加工業（従業員32名）がこのパターン1を活用し、設備更新700万円＋生産管理システム250万円の合計950万円投資を自己負担475万円で実現した事例があります。「自分の会社でも通るかも」という感覚は、規模感が近い事例で確かめるのが一番の近道です。

詳細はものづくり補助金の申請フロー・採択ポイント解説もあわせてご覧ください。

製造業（愛知・大阪・神奈川等の製造業集積地）では、このパターン1の活用事例が特に多く報告されています。地域の商工会・商工会議所でも申請支援の実績が豊富なため、所在地の支援機関への確認も有効です。

パターン2：持続化補助金 × IT導入補助金（飲食業・小売業に多い）

• 小規模事業者持続化補助金：新メニューの告知チラシ・メニュー表・看板など販路開拓に活用。補助上限50〜200万円。持続化補助金公式サイトをご確認ください
• IT導入補助金：POSレジ・予約管理システムの導入に活用

飲食業では「広告宣伝費（チラシ・メニュー表）」と「POSレジ」を分けて2つの補助金に申請するパターンが特に多いです。飲食業は「1番お金がかかる業界なので補助金を使いやすい」（黒江氏談）という側面があります。飲食業（東京・大阪・観光地）では観光需要の回復に合わせてこの組み合わせの活用事例が増えています。

持続化補助金の一般的な採択率は30〜40%程度です（中小企業庁「小規模事業者持続化補助金」採択結果より。かつての採択率約99%から大幅に難化）。事業計画書の質が採否を大きく左右します。50万円以下の案件かつ目的・内容・書類がしっかり揃っていれば通りやすい傾向は残っています。

詳細は小規模事業者持続化補助金の申請ガイドもあわせてご覧ください。

パターン3：持続化補助金 × 雇用関連助成金（業種横断で使いやすい）

• 小規模事業者持続化補助金：新商品開発・販路拡大
• キャリアアップ助成金（厚生労働省）：パート・アルバイトの正社員化

補助金（経産省系）と助成金（厚労省系）は財源・管轄が異なるため、同一経費でなければ組み合わせが可能です。同一の設備や人件費に重複して申請しなければ、基本的に両立できます。

パターン4：省エネ補助金 × IT導入補助金（設備更新＋DX化）

• 省エネ補助金（省エネルギー投資促進・需要構造転換支援事業費補助金）：省エネ型の加工機・空調設備への更新。経済産業省・資源エネルギー庁の省エネ補助金ページをご確認ください
• IT導入補助金：エネルギー管理システムの導入

省エネ対応の「ハード（設備）」と「ソフト（管理システム）」を分けることで、両方の補助金を活用するパターンです。製造業・物流業・小売業で活用事例が増えています。

> 建設業・農業など他業種の補助金活用パターンについては、業種別補助金活用ガイドをご覧ください。

補助金と助成金を組み合わせる際の注意点

補助金と助成金は制度の性質が異なるため、組み合わせの自由度は高いです。製造業の社長がよく見落とすのが「同一経費への重複」で、これは両者間でもNGになります。

まず基本の違いを整理します。

項目	補助金	助成金
主な管轄	経済産業省・中小企業庁・自治体	厚生労働省
受給の仕組み	審査あり・採択型	要件を満たせば原則受給
支援の目的	設備投資・販路拡大・DX推進など	雇用維持・人材育成・処遇改善など
財源	主に一般会計（国・自治体予算）	主に雇用保険料

管轄・財源が異なるため、補助金で設備投資、助成金で雇用関連費用を支援する形であれば基本的に問題ありません。

ただし、以下の点は要注意です。

• 同一の人件費を両方に計上しない：補助金の「専門家謝金」と助成金の「人材育成費」を同一人物の費用で申請するようなケースはNG
• 一方の補助金の公募要領に「他の助成金との重複不可」と記載がある場合：そのような制限は少ないですが、公募要領の確認は必須
• 事業実施スケジュールのズレに注意：補助金は交付決定後に事業を開始する必要があるため、助成金の申請スケジュールと調整が必要

補助金を受け取ったとき、税金はどうなる？

補助金・助成金を受給した場合、原則として法人税（または所得税）の課税対象になります。受け取った補助金は「収益」として計上されるためです。ただし、圧縮記帳（補助金を固定資産の取得に充てた場合に課税を将来に繰り延べる会計処理）を適用することで、受給した年の税負担を軽減できる場合があります。

また、補助金の受給に消費税は基本的に課税されませんが、補助対象経費として計上した費用の仕入税額控除に影響が出るケースがあります。「補助金を受け取った年の確定申告や税務処理をどうすべきか」については、税理士への確認を推奨します。

複数の補助金に同時申請する際の順序とスケジュール管理

複数の補助金に申請する場合は、各補助金の締切日・採択スケジュールを一覧で管理することが採択率を守る最重要ポイントです。 製造業の社長がよく聞かされるのが「書類の管理ミスで公募を逃した」という後悔の声です。

黒江氏によると、自社や別業者で申請して落ち、セカンドオピニオンを求めて再挑戦するケースが多く、その多くは「書類の管理ミス・スケジュール管理の甘さ」から来ているとのことです。

申請順序の基本的な考え方

1. 審査期間が長い補助金を先に動かす：ものづくり補助金・持続化補助金は申請から採択まで2〜3か月かかることが多い。早めに動き出す
2. 随時申請できる補助金は後から加える：IT導入補助金は複数回の公募があり、タイミングを選びやすい
3. 交付決定日を把握して事業開始日を調整する：交付決定（補助金事務局が正式に交付を承認すること。この日以降でないと発注・契約・購入ができない）より前に発注・契約をすると補助対象外になる。複数の補助金を並走させる場合、それぞれの交付決定日がズレることを想定しておく

スケジュール管理の実践例（製造業の場合）

以下は、ものづくり補助金とIT導入補助金を並走させた場合の標準的な流れです。

申請書類の作成には通常3〜4週間程度かかるため、公募開始から逆算して動き始めることが重要です。

時期	アクション
4月	ものづくり補助金の公募開始を確認・事業計画書の作成着手（書類作成期間の目安：3〜4週間）
5月	ものづくり補助金の申請提出
6月	IT導入補助金の申請（IT事業者と事前相談・申請）
7〜8月	ものづくり補助金の採択通知・交付申請（採択後に補助金事務局へ提出する書類）
9月	ものづくり補助金の交付決定後に設備の発注
10〜11月	IT導入補助金の交付決定後にシステム導入
翌年2〜3月	実績報告（補助事業完了後に提出する経費内訳・成果・写真等の報告書）を各補助金に提出

複数申請で採択率を守るには？4つのポイント

複数の補助金に同時申請すると、1件ずつの事業計画書の質が下がるリスクがあります。製造業の社長がよく陥るのが「2本同時に進めて両方中途半端になる」というパターンです。

ポイント1：補助金ごとに担当者またはプロジェクトを分ける

1人の担当者が複数の事業計画書を同時に抱えると、どちらも中途半端になります。以下のステップで体制を整えることで、申請書類の質を維持できます。

1. 補助金の目的・対象経費ごとにリストアップする：どの補助金がどの投資に対応するかを一覧表で整理する
2. 社内担当者または外部専門家の割り振りを決める：補助金Aは社内の営業担当、補助金Bは外部の専門家、という形で役割を明確にする
3. 進捗を週次で共有する仕組みをつくる：複数の申請が並走する場合、スケジュールのズレが連鎖しやすいため、進捗の可視化が重要

ポイント2：補助金の数は同時に「2〜3件」までに絞る

複数申請は理論上何本でも可能ですが、事業計画書・見積書・決算書などの書類を補助金ごとに揃える必要があります。リソースに限りがある中小企業では、同時並走は2〜3本が現実的な上限です。

黒江氏によれば、特に持続化補助金は15年前の採択率約99%から現在は30〜40%程度まで難化しています（黒江氏談・中小企業庁発表の公式採択結果と整合）。数を増やすより1本の質を上げることが採択率の観点からは有効です。

ポイント3：事業計画書をコピーしない

異なる補助金に「同じ事業計画書」を流用するのは、採択リスクが高まります。

黒江氏が警鐘を鳴らしているのが「テンプレートや採択済みの他社資料を購入して流用する申請」です。「『採択された資料を売ります』系の2次転売を購入しても無意味」（黒江氏談）という現場の実態があります。審査員はパターンを見抜いており、実態に即した独自の計画書でなければ採択は難しくなっています。

AIツールを活用する場合も「AIに一気に全部書かせると整合性が崩れて落ちる」（黒江氏談）という点に注意が必要です。各セクションごとに使い、毎回整合性を確認しながら仕上げることを推奨します。

ポイント4：専門家による事前チェックが最短かつ最安の近道

採択率を高める観点から、専門家への早期相談は費用対効果が高い選択です。

事業計画書の修正は申請直前では間に合わないケースが多く、黒江氏の800件の支援事例でも「早めに相談した企業ほど採択率が高い」という傾向が一貫して見られます。補助金HACKのLINE無料診断は、診断結果のご連絡までで、その後の営業電話は一切ありません。

詳細は補助金申請の専門家相談ガイドもあわせてご覧ください。

補助金併用でよくある誤解と落とし穴

製造業の社長がよく「落とし穴にはまった」と後悔するポイントを、表にまとめて整理します。

よくある誤解	実際のルール
採択後すぐに発注できる	交付決定後でなければ補助対象外になる
パソコン単体でIT導入補助金が使える	ITツール導入に必要なハードとして認められる場合のみ
賃上げで補助金が受給できる	賃上げで上限額が上がる制度はあるが、受給には別の条件が必要
採択後すぐ入金される	実績報告後3〜6か月が目安
申請中は発注してもよい	交付決定前の発注は補助対象外。採択通知だけでは不十分

特に注意が必要な3点を補足します。

入金タイミング：補助金の入金は事業完了後の後払いが原則です。実績報告が承認されてから入金されるまで、一般的に3〜6か月かかります。複数の補助金を並走させる場合、この入金タイミングのズレが資金繰りに影響することがあるため、入金計画は余裕をもって立てることが重要です。

AI活用と整合性崩れ：IT業（従業員8名・SaaS導入200万円・IT導入補助金申請）の経営者が「AIで事業計画書を一括作成し、自社の実態と乖離した内容で申請した結果、不採択」になった事例があります（黒江氏支援事例）。計画書の各セクションのつながりが不自然なまま提出されたことが原因でした。AIは下書きツールとして有効ですが、最終チェックは必ず専門家が行うことを推奨します。

同一経費の二重計上：製造業（従業員20名・設備投資700万円）が持続化補助金とIT導入補助金を同時申請した際に、同一の業務改善費用を両方の経費として計上してしまい、一方が採択取り消しになったケースもあります。申請前の経費仕分けを専門家と一緒に行うことで、このようなミスは防げます。

2026年に中小企業が使える主要補助金の組み合わせは？

製造業の社長がよく聞く「2026年は何の補助金が使えるか」という疑問に、最新の公募状況を整理してお答えします。 公募状況は変動するため、最新情報は各公式ポータルで必ず確認してください。

補助金名	補助上限の目安	補助率の目安	公募状況（2026年5月時点）	公式情報
ものづくり補助金	750〜1,250万円（通常枠・過去公募実績ベース・次回変更の可能性あり）	1/2	次回公募未定	公式ポータル
小規模事業者持続化補助金	50〜200万円	2/3	随時公募（回ごとに締切）	公式サイト
IT導入補助金	〜450万円	1/2〜3/4	複数回公募あり	公式サイト
中小企業省力化投資補助金	〜1,500万円（規模による）	1/2	公募中（2026年5月時点・公式サイトで最新回次を要確認）	中小企業庁ページ
中小企業新事業進出補助金	〜9,000万円	1/2〜2/3	2026年新設・公募準備中（推定・公式発表待ち）	中小企業庁ページ
中小企業成長加速化補助金	〜10億円	1/3〜1/2	2026年新設・公募準備中（推定・公式発表待ち）	中小企業庁ページ

補助金を複数組み合わせる際は、上記の一覧から「設備投資系」と「DX・IT化系」を1本ずつ選ぶことが、経費の重複を避けながら最大の補助額を引き出すための基本戦略です。

補助金申請前に何をすべきか？今月やる3ステップ

補助金の活用を検討しているなら、以下の3つを今月中に実行することで、次の公募に向けた準備が整います。

1. Step 1：使える補助金をリストアップする：自社の業種・従業員数・投資予定（設備・IT・販路拡大など）をもとに、本記事のパターン表を参考に候補を2〜3本に絞る
2. Step 2：対象経費を確認する：各補助金の公募要領（公式サイトからPDFで取得可能）を開き、「補助対象経費」の項目で自社の投資内容が対象になるかを確認する
3. Step 3：公式ポータルをブックマークする：ものづくり補助金・持続化補助金・IT導入補助金それぞれの公式サイトをブックマークし、公募開始のタイミングを見逃さない体制を作る

この3ステップで「自社が申請できるか」の判断材料が揃います。その上で、組み合わせ方や採択可能性について専門家に確認することで、採択率をさらに高めることができます。

今すぐ申請を検討している方へ

2026年は中小企業成長加速化補助金・新事業進出補助金という大型新制度の公募が本格化する見込みです。これらの補助金は公募開始から締切まで数週間しかないケースもあり、「知ってから動き始めても間に合わない」という事態が起きやすい時期です。事業計画書の作成には通常3〜4週間かかるため、公募前の準備が採否を分けます。今のうちに自社の投資計画と使える補助金の組み合わせを整理しておくことが、採択への最短経路です。

中小企業が補助金を賢く併用するための5つのポイントとは？

補助金の併用は、正しいルールを把握していれば中小企業にとって強力な資金調達の手段になります。最後に要点を整理します。

1. 同一経費への重複はNG：設備A・設備Bなど経費を明確に分けることで合法的な併用が可能
2. 補助金＋助成金の組み合わせは自由度が高い：管轄・財源が異なるため、「設備投資は補助金、雇用関連は助成金」という役割分担が王道
3. 交付決定前の発注は補助対象外となります：採択と交付決定は別のステップ。複数並走時はそれぞれの交付決定日を個別管理
4. 同時申請は2〜3本が現実的な上限：書類の質を落とさないためにも、リソースに応じた本数に絞ることが採択率を守る
5. 公募要領で重複禁止の記載を確認する：一部の補助金では他の補助金との重複が明示的に禁止されている

補助金の制度は毎年変わります。公募終了・新設・上限額の変更が頻繁に起きているため、一次情報（各補助金の公式ポータル・公募要領）を定期的にチェックする習慣が、補助金活用の第一歩です。

補助金HACKでは、自社が使える補助金と受給見込み額の無料シミュレーションをLINE公式で提供しています。製造業・飲食業・IT業問わず、まずは30秒で自社の状況を診断してみてください。診断結果のご連絡までで、その後の営業電話は一切ありません。先着30社限定で黒江遼氏監修の個別フィードバックも提供しています。

補足：補助金用語の解説

用語	解説
交付決定	採択後に交付申請を提出し、補助金事務局が審査して正式に交付を決める手続き。交付決定日以降でないと補助対象事業を開始できない点が特に重要
交付申請	採択通知を受けた後、補助金事務局に提出する正式な交付要請の書類手続き。採択＝交付決定ではないため混同注意
実績報告	補助事業完了後に提出する報告書。経費の内訳・成果・写真等を提出し、承認後に補助金が入金される
公募要領	補助金の申請条件・採択基準・補助対象経費などを記した公式文書。申請前に必ず確認が必要
採択率	申請者のうち採択された事業者の割合。補助金により30〜70%程度と幅がある
補助率	補助対象経費に対して支給される補助金の割合。例：補助率1/2なら100万円の経費に対して50万円が補助される
IT事業者	IT導入補助金において、登録を受けたITツールを提供・導入支援する事業者のこと。申請はIT事業者を通じて行う
圧縮記帳	補助金を固定資産の取得に充てた場合に課税を将来に繰り延べる会計処理。受給年の税負担軽減に有効

情報の最終確認日：2026年5月 本記事の補助金情報は執筆時点の公開情報に基づいています。公募状況・補助率・上限額は変動しますので、申請前に必ず各補助金の公式ポータルまたは公募要領でご確認ください。

よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

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