【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

最終更新：2026年5月｜補助金情報の最終確認日：2026年5月（補助金HACK調べ）

設備更新のタイミングで「補助金を複数使えないか」と相談に来る製造業の二代目経営者が、2026年に入って増えています。特に「ものづくり補助金を使いながら、省エネや生産管理システムの補助金も同時に申請できないか」という具体的な質問が増えています。

中小企業の経営者から「補助金は一度に複数使えるのか？」という質問を多くいただきます。

結論から言うと、補助金の併用は多くのケースで可能です。ただし「同じ経費に対して2つの補助金を重ねる」ことは認められておらず、条件を理解せずに申請すると採択取り消しや返還命令につながるリスクがあります。

「採択されても、ちゃんと通るのか不安」という声もよくいただきます。補助金HACKの支援実績（2023〜2025年度・累計800件）では採択率80%を実現しています（補助金HACK調べ）。主な不採択理由は「同一経費の重複申請」「計画書の整合性崩れ」「交付決定前の発注」の3つです。この記事ではこれらの失敗を防ぐための情報を整理します。

> 本記事は法人中小企業向けの内容です。個人事業主の方は個人事業主向け補助金ガイドはこちらをご参照ください。

補助金の申請支援を累計800件手がけ、採択率80%（2023〜2025年度・補助金HACK調べ）を実現してきた経験から言えることは、「ルールを正しく理解したうえで組み合わせれば、補助金の効果を何倍にも高められる」ということです。

この記事では、補助金を複数同時に使うための基本ルール、よくある「OK」と「NG」のパターン、業種別の具体的な組み合わせ例まで、経営判断に使える情報を整理します。特に製造業の経営者の方にはそのまま使えるシミュレーション例も掲載しています。飲食業・IT業の組み合わせ例は後半の業種別セクションでご確認ください。

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補助金の「併用」とは何か？中小企業が知っておくべき基本

補助金の併用とは、1社が複数の補助金を同時期に申請・受給することを指します。国の制度上「1社1補助金」という制限はなく、条件を満たせば同じ年度に複数の補助金を活用できます。

たとえば、製造設備の購入に「ものづくり補助金」を使いながら、販路拡大のためのホームページ制作に「小規模事業者持続化補助金」を同時申請するケースが代表的です。

重要なのは、「同一の経費に対して複数の補助金を重複して申請することは禁止」というルールです。補助金は税金を財源とする公的資金であるため、同じ設備・同じ費用に二重に補助が入ることを制度上認めていません。

また、補助金（経産省・中小企業庁が所管）と助成金（厚生労働省が所管）は制度の管轄が異なります。このため、補助金と助成金は「経費の重複がない限り」同時受給できるケースが多く、戦略的に組み合わせる経営者も増えています。

区分	主な所管	採択の有無	特徴
補助金	経産省・中小企業庁・各省庁	審査あり（採択型）	政策目的に合致した事業への支援
助成金	厚生労働省	要件を満たせば受給可能	雇用・人材育成関連が中心
自治体補助金	都道府県・市区町村	審査あり	地域振興・産業支援が目的

補助金の「併用」を理解するうえで、まずこの区分けを押さえておきましょう。

重要用語の定義

用語	定義
補助率	補助対象経費に対して支給される補助金の割合。例：補助率1/2なら100万円の経費に対して50万円が補助される
交付決定	採択後に交付申請を提出し、補助金事務局が審査して正式に交付を決める手続き。交付決定日以降でないと補助対象事業を開始できない
公募要領	補助金の申請条件・申請方法・採択基準を記した公式文書。申請前に必ず確認する
採択率	申請者のうち補助金交付が決まった事業者の割合。補助金により30〜70%と幅がある

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複数申請がOKになる条件とは？

補助金を複数同時に使うためには、大きく3つの条件をクリアする必要があります。

「同時申請が可能かどうか」は、制度の組み合わせだけでなく、経費の使い方とスケジュール管理によって決まります。以下の3点を軸に確認してください。

1. 同一経費への重複申請をしていないこと
2. 各補助金の公募要領に「他の補助金との重複不可」の定めがないこと
3. 補助率の合計が補助対象経費の100%を超えないこと

OK条件1：同一経費への重複申請をしていないこと

最も基本的なルールです。「A補助金でも使った設備費を、B補助金でも申請する」という重複適用は認められません。経費を明確に切り分け、どの費用がどの補助金の対象経費かを整理することが前提です。

OK条件2：各補助金の公募要領に「他の補助金との重複不可」の定めがないこと

補助金によっては、公募要領に「同一事業に対して他の補助金との併用は不可」と明記されているケースがあります。申請前に必ず確認してください。

OK条件3：補助率の合計が補助対象経費の100%を超えないこと

複数の補助金を組み合わせた結果、補助率の合計が経費の全額を超えてしまう場合、制度上は認められません。つまり、自己負担ゼロになる組み合わせは認められないということです。

補助率100%超のNG例・OK例

ケース	設備費	A補助金（補助率1/2）	B補助金（補助率2/3）	自己負担	判定
NGパターン	300万円（同一経費）	150万円	200万円	0円未満	❌ 合計350万円で100%超
OKパターン	設備費300万円／広告費60万円（別経費）	設備費に150万円	広告費に40万円	170万円	✅ 各経費で100%以内

補助金を複数組み合わせても、自己負担がゼロになることはありません。一定額の自己資金の確保は必須です。

補助金の複数申請でやりがちな失敗パターントップ5とは？

補助金の申請支援を累計800件手がけた経験から、併用申請での失敗パターンを整理します。（補助金HACK・2023〜2025年度支援実績より独自集計）

失敗パターン1：同一経費に複数の補助金を重複申請

最も頻度が高い失敗です。同一経費への重複申請は採択後であっても取り消し対象になります。申請前に「どの経費をどの補助金に当てるか」を一覧表で明確にすることが不可欠です。

補助金HACK支援現場の匿名事例： 大阪府の食品加工業（従業員8名）が、冷蔵設備の購入費をものづくり補助金と省エネ補助金の両方に計上して申請してしまったケースがあります。採択後の実績報告の段階で同一経費の重複が発覚し、省エネ補助金の採択が取り消されました。経費を明確に分けて申請していれば、両制度の同時受給は本来可能だった案件です。

失敗パターン2：交付決定前に発注・支払いをしてしまう

採択通知が届いた段階で発注を進めてしまうケースです。交付決定（採択後に交付申請を提出し、事務局が正式に交付を決める手続き）前に支払いが発生した経費は補助対象外になります。現場で経営者が最も多く犯すミスの一つです。

失敗パターン3：添付書類のミス・抜け

申請書類の添付漏れや、証明書の有効期限切れは採択率を大きく下げます。複数の補助金を同時申請する場合、それぞれで必要な書類が異なるためチェックリスト管理が必須です。

失敗パターン4：計画書の整合性が崩れる

複数の事業計画書を同時期に作成していると、売上見込みや投資回収計画に矛盾が生じることがあります。AIツールで申請書を一気に作成すると整合性が崩れやすい傾向があります。各パートを個別に精査し、全体の論理を確認する作業が欠かせません。

失敗パターン5：投資回収期間の記載漏れ

事業計画書に投資回収期間が書かれていないと、審査で大きく減点されます。「補助金は返済不要」という認識から、投資回収の視点が計画書から抜け落ちることがあります。補助事業はあくまで投資であり、回収の根拠を示すことが採択への重要な要件です。

失敗パターンを把握したら、次は自社の申請可能な補助金を診断しましょう。

登録後3分程度で診断レポートをお届けします。

「補助金 × 補助金」の複数申請：OK事例とNG事例はどう違う？

補助金同士を組み合わせる場合、「使途が異なる経費に別々の補助金を使う」形なら問題ありません。

ここでは製造業・飲食業・IT業の具体的なシナリオで、OKとNGの判断基準を整理します。

OKパターン

組み合わせ	内容
ものづくり補助金 × 持続化補助金	製造設備の導入（ものづくり）+ 展示会出展・チラシ制作（持続化）
IT導入補助金 × 持続化補助金	POSレジ・会計ソフト導入（IT導入）+ ホームページ制作（持続化）
省エネ補助金 × 持続化補助金	省エネ設備の更新（省エネ）+ 新規顧客開拓の広告費（持続化）
国の補助金 × 自治体補助金	国の補助対象外の経費部分に自治体補助金を充てる

NGパターン

組み合わせ	問題点
A補助金とB補助金で同じ設備費を申請	同一経費の二重申請→採択取り消しリスク
補助率合計が100%を超える組み合わせ	自己負担ゼロになる組み合わせは認められない
公募要領に「他補助金との重複不可」と明記された制度の同時申請	制度上の明示的禁止に抵触

補助金申請支援の現場で最も多い失敗は、「どの経費をどの補助金に当てたか」の管理が曖昧になることです。申請前に経費の一覧表を作り、各行に「申請予定の補助金名」を明記する習慣をつけることをおすすめします。

「補助金 × 助成金」の組み合わせ：管轄の違いをどう活かすか？

補助金と助成金は所管省庁が異なるため、経費が重複しなければ同時受給できるケースが多くあります。

助成金は主に厚生労働省が所管し、雇用・人材育成・労働環境改善を目的としています。補助金は経産省・農水省・国土交通省などが所管し、設備投資・IT導入・販路拡大など事業活動全般を対象とします。この管轄の違いが、実質的な「使い分け」を可能にしています。

補助金 × 助成金の代表的な組み合わせ

補助金（経産省系）	助成金（厚労省系）	活用シーン
IT導入補助金	キャリアアップ助成金	業務システム導入と同時に非正規社員を正社員転換
ものづくり補助金	業務改善助成金	設備投資による生産効率化と最低賃金の引き上げ
持続化補助金	人材開発支援助成金	販路開拓と並行して従業員のスキルアップ研修を実施

製造業の現場では、設備更新のタイミングに合わせて「生産性向上のための補助金」と「雇用環境改善のための助成金」を同時に活用するケースが増えています。

補助金HACKの支援事例（匿名）： 愛知県の金属加工業（従業員12名）では、ものづくり補助金で加工機器を更新しながら、業務改善助成金を活用して時間外労働の削減と賃上げを同時に達成した事例があります。補助金と助成金の目的をそれぞれ明確に分けて申請書を作成したことが、両制度の同時採択につながりました。

ただし、注意点が一つあります。助成金の中には「賃上げで補助金がもらえる」と誤解されがちな制度があります。正確には、「賃上げを実施することで補助上限額が引き上がるインセンティブ制度（例：業務改善助成金など）」であって、賃上げ自体に補助金が支給されるわけではありません。

業種別：どの補助金を組み合わせればよいか？

業種によって申請しやすい補助金の組み合わせが異なります。製造業・飲食業・IT業のパターンを整理します。

業種別の申請パターンをすぐに確認したい方は、まず診断から始めることをおすすめします。

製造業の場合

対象企業規模の目安：従業員3名〜300名程度、製造業を主業とする中小企業・小規模事業者

補助金	主な使途
ものづくり補助金	CNC工作機械・レーザー加工機などの製造設備更新
IT導入補助金	生産管理システム・ERP（基幹業務システム。受発注・在庫・会計などを一元管理するソフトウェア）の導入
省エネ補助金	コンプレッサー・空調設備の省エネ機器への切り替え

3つの補助金を同時期に活用する場合、「設備費はものづくり補助金」「ソフトウェア費はIT導入補助金」「省エネ機器費は省エネ補助金」と用途を分離できれば組み合わせが成立します。経費の明確な切り分けが前提です。

補助金HACKの支援実績では、製造業での採択件数は2023〜2025年度の累計で全業種中最多となっています（補助金HACK調べ）。特に「既存機械の入れ替え」と「生産管理システム導入」の2軸で申請するパターンの採択率が高い傾向です。

飲食業の場合

対象企業規模の目安：店舗数1〜10店舗程度、従業員50名以下の飲食業・食品製造業

飲食業では、持続化補助金・IT導入補助金・自治体補助金の3軸が代表的な組み合わせです。補助対象経費は「新しい機械購入だけ」ではなく、チラシ・ホームページ制作・広告宣伝費・POSレジ・メニュー表（写真撮影費含む）なども対象になるケースがあります。申請前に経費の幅広い確認をおすすめします。

補助金	主な使途
持続化補助金	新メニュー開発に伴う調理機器の購入、メニュー表のデザイン費
IT導入補助金	POSレジ・予約管理システムの導入
各自治体の補助金	地域の飲食店向け店舗改装助成（例：東京都中小企業振興公社の各種助成、大阪府の中小企業支援補助など）

IT・サービス業の場合

対象企業規模の目安：従業員1〜100名程度、情報通信業・専門サービス業・その他サービス業

IT・サービス業は補助金の申請数が比較的少ない業種です。自社でWebや広告制作ができるケースが多く外注費として申請しにくい面がありますが、新サービス開発や販路拡大コストには適切な補助金を選べば大きな効果が期待できます。

補助金	主な使途
持続化補助金	新規顧客開拓のための広告費・展示会出展費
IT導入補助金	社内業務効率化のためのSaaS（インターネット経由で利用するソフトウェアサービス。月額課金型が多い）ツール導入
中小企業新事業進出補助金	新分野への事業展開を伴う設備・システム投資

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補助金HACKが選ばれる3つの理由

補助金の申請支援には多くの選択肢があります。補助金HACKに相談が集まる理由を、実績とともにお伝えします。

申請代行会社・税理士・中小企業診断士との比較

比較項目	補助金HACK	申請代行会社	税理士	中小企業診断士
複数補助金の同時申請支援	✅ 対応	会社により異なる	会社により異なる	会社により異なる
採択率の開示	✅ 80%（2023〜2025年度・自社調べ）	非開示が多い	非開示が多い	非開示が多い
LINE即時相談	✅ 対応	非対応が多い	非対応が多い	非対応が多い
新設補助金への即時対応	✅ 公募開始後即時更新	会社により異なる	会社により異なる	会社により異なる
経費切り分け設計	✅ 申請前に専門設計	会社により異なる	会社により異なる	会社により異なる

理由1：採択率80%の支援実績

2023〜2025年度の支援累計800件で、採択率80%を実現しています（補助金HACK調べ）。特に製造業・飲食業での支援件数が多く、業種特有の申請ノウハウが蓄積されています。採択率を支えているのは3つのプロセスです。

1. 経費切り分け設計：申請前に経費を補助金ごとに厳密に割り振る
2. 計画書整合確認：事業計画書の数字・論理に矛盾がないかをダブルチェック
3. 業種別データベース活用：審査員が重視するポイントを業種ごとに押さえた記述に仕上げる

理由2：新制度への即時対応

中小企業新事業進出補助金・成長加速化補助金など2026年新設の補助金にも、公募開始から迅速に対応しています。制度変更のたびに情報を更新し、最新の申請要件で支援を提供します。

理由3：LINEで即時相談できる体制

「申請できるか分からない」「経費の切り分けが不安」といったご相談を、LINEで気軽にお問い合わせいただけます。月間相談件数は継続的に増加しており、平均受給額・相談実績は随時LINE登録者へご案内しています。

あなたの経営判断に直結する3つのポイント

補助金の制度詳細を読んでいると、どうしても「申請要件」の話に終始しがちです。ここで一度、経営者目線に立ち返ります。

ポイント1：いくら手元に残るかで逆算する

補助金はあくまで「経費の一部を後から回収できる仕組み」です。交付決定から入金まで数か月〜1年かかることを前提に、「補助金が入る前に自己資金で賄える投資規模か」を先に確認してください。資金繰りの見通しが補助金活用の第一判断軸です。

なお、補助金と日本政策金融公庫等の融資との同時活用も可能です。補助金は後払いのため、つなぎ資金として融資を活用し、補助金入金後に返済する方法を選ぶ経営者も増えています。融資と補助金は競合しないため、資金繰りの選択肢として積極的に検討することをおすすめします。

ポイント2：投資の目的に合う補助金を選ぶ

「補助金が使えるから投資する」ではなく、「この投資に補助金が使えるか」という順序で考えてください。目的が先で、補助金は手段です。投資の目的が明確なほど、事業計画書の説得力が上がり、採択率も高まります。

ポイント3：組み合わせより「1件確実に通す」が優先

初めて補助金を申請する経営者の方には、まず1件の申請を確実に採択させることを優先することをおすすめします。複数同時申請は書類管理・スケジュール管理の負荷が倍増します。1件の採択経験を積んでから、次の組み合わせを考えるのが現実的な進め方です。

申請順序とスケジュール管理：タイミングを間違えるとなぜ受給できないのか？

補助金を複数同時に使うとき、スケジュール管理の失敗が最大のリスクです。

多くの経営者が見落としているのが、「採択＝すぐに発注・支払いができる」という誤解です。正確には、交付決定日以降に発生した費用のみが補助対象経費となります。

採択通知が届いても、交付決定前に設備を発注・購入してしまうとその費用は補助対象外になります。採択取り消しの典型パターンの一つです。

補助金の基本的な流れ

1. 公募開始：公式ポータルで公募要領が公開される
2. 申請・提出：電子申請システム（jGrants（国が運営する補助金電子申請システム）等）で書類を提出
3. 採択通知：採択の通知（公募締切から1〜3か月程度）
4. 交付申請：採択後に交付申請書を提出
5. 交付決定：事務局が審査し正式に交付を決定（ここから発注・購入が可能）
6. 事業実施：補助対象の経費を支出する
7. 実績報告：事業完了後に経費内訳・成果・証憑を提出
8. 補助金入金：報告承認後に補助金が振り込まれる

実績報告から入金まで、さらに3か月〜半年かかるのが一般的です。資金繰りの計画は、補助金の入金タイミングを正確に踏まえて立てることが重要です。

複数の補助金を同時に進める場合は、それぞれの「交付決定日」「実施期間」「実績報告期限」を一覧表で管理することを強くおすすめします。

複数の補助金を同時申請するための準備チェックリスト

1. 申請予定の補助金リストと各公募スケジュールを一覧化する
2. 投資予定の経費を全て書き出し、補助金ごとに割り振る（重複がないか確認）
3. 各補助金の公募要領を取得し「他補助金との重複不可」の条件を確認する
4. 補助率の合計が各経費の100%を超えないことを計算で確認する
5. 交付決定予定日を踏まえた発注・購入スケジュールを作成する
6. 各補助金の添付書類リストを作成し、取得が必要な証明書の有効期限を確認する
7. 補助金入金までの期間を想定した資金繰り計画（自己資金またはつなぎ融資）を用意する

2026年版：注目の補助金と組み合わせ戦略

2026年は新設補助金が複数登場しており、従来の組み合わせ戦略に新たな選択肢が加わっています。

2026年の注目補助金

補助金名	ステータス	公募状況	補助率・上限額	特徴
中小企業新事業進出補助金	2026年新設	公募詳細未発表（最終確認日：2026年5月）※公募開始次第、記事を更新します	要公式確認（中小企業庁 公式サイト）	新事業への挑戦を支援。事業再構築補助金（2024年で公募終了済み）の後継的位置づけ
中小企業成長加速化補助金	2026年新設	公募詳細未発表（最終確認日：2026年5月）※公募開始次第、記事を更新します	補助上限額・補助率は公募要領で確認（中小企業庁 公式サイト）※2026年5月時点未発表	売上高100億円を目指す中小企業の大規模投資を支援
中小企業省力化投資補助金	継続中	公募中（最新締切は公式サイトで確認）	要公式確認	人手不足対策・自動化投資向け。製造業・飲食業で活用例が増加
IT導入補助金	継続中	公募中（最新締切は公式サイトで確認）	補助率1/2、通常枠で最大450万円	ITツール・SaaS導入を支援
小規模事業者持続化補助金	継続中	公募中（最新締切は公式サイトで確認）	補助率2/3、上限50万円〜（特例枠あり）※最新値は公式確認を推奨	販路開拓・広告宣伝費などに使いやすい。50万円以下の案件は比較的通りやすい傾向（補助金HACK・支援実績ベース）

なお、事業再構築補助金は2024年で公募終了済みです。「事業再構築補助金を今から申請したい」というご相談をいただくことがありますが、新規募集はありません。後継制度として中小企業新事業進出補助金が2026年に新設されており、新事業展開を検討されている方はこちらをご確認ください。

各補助金の最新の公募状況は、中小企業庁 補助金・総合支援ポータル（J-Net21）で必ずご確認ください。

2026年の注目組み合わせパターン

製造業向け

• 中小企業省力化投資補助金（自動化設備）× IT導入補助金（生産管理システム）
• 中小企業新事業進出補助金（新分野への設備投資）× 持続化補助金（新市場向けの広告・展示会）

飲食業向け

• 中小企業省力化投資補助金（厨房の省力化機器）× 持続化補助金（新メニューの広告・POSレジ）

IT・サービス業向け

• 中小企業新事業進出補助金（新サービス開発）× IT導入補助金（社内業務効率化ツール）

また、採択率という観点では「年度始まり（4〜7月）の第1回公募は採択率が高い傾向がある」という現場の知見があります（補助金HACK・支援実績より）。予算の消化率がリアルタイムで確認できる補助金は申請判断の材料になるため、公式サイトをこまめにチェックすることをおすすめします。

いつ相談すべきか：投資予定時期別の判断軸

補助金の相談タイミングは、投資の予定時期によって変わります。以下を参考に、今の自社の状況に合わせてご判断ください。

投資予定時期	推奨アクション
3か月以内に投資予定	今すぐ相談。公募中の補助金で申請可能なものを確認する
半年〜1年以内に投資予定	補助金のスケジュールを把握し、公募開始に合わせて書類準備を開始する
時期は未定だが検討中	まず無料シミュレーションで使える補助金の種類と金額感を把握する
今期は補助金を使う予定がない	来期以降の投資計画と補助金スケジュールを照合しておく

補助金は「使いたいと思ったときに公募中」とは限りません。準備が早いほど選択肢が広がります。

2026年公募スケジュールと今から準備すべき理由

2026年は補助金の新設・制度変更が相次いでいます。特に以下の点を把握しておくことが重要です。

スケジュール上の注意点

• 持続化補助金・IT導入補助金は年複数回の公募があるため、直近の締切を公式サイトで確認してください
• 新設の中小企業新事業進出補助金・成長加速化補助金は、第1回公募の締切が早期に設定される可能性があります
• 補助金の予算は年度途中で終了する場合があります。早めの申請が受給機会を広げます

最新の公募スケジュールは中小企業庁 公式サイトおよびJ-Net21でご確認ください。

今から準備すべき理由

採択率を高める事業計画書の作成には、通常1〜2か月の準備期間が必要です。公募開始後に慌てて着手すると、書類の質が下がりやすくなります。投資の意思決定が固まっていなくても、「使える補助金の種類と申請スケジュール」だけは早めに把握しておくことをおすすめします。

まとめ：補助金の「複数申請」は正しいルール理解が前提

補助金の併用は、中小企業の経営者にとって投資コストを大きく圧縮できる有効な手段です。この記事のポイントを振り返ります。

• 補助金の複数同時申請・受給は多くのケースで可能
• ただし「同一経費への重複申請は禁止」が大前提
• 補助金（経産省系）と助成金（厚労省系）は管轄が異なり、経費が重複しなければ同時受給しやすい
• 業種によって活用しやすい補助金の組み合わせが異なる
• 交付決定前の発注・支払いは補助対象外になるため、スケジュール管理が重要
• 事業計画書には投資回収期間を必ず記載する

正しい経費の切り分けとスケジュール管理ができれば、補助金の組み合わせは決して難しくありません。一方で、申請書類の不備・添付漏れ・計画書の整合性崩れといった「準備不足による不採択」は後を絶ちません。

御社がどの補助金をどのように組み合わせられるか、まずは一度ご確認ください。

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• 現在公募中の補助金リスト（随時更新）
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よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

• 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
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