【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

# 中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理【2026年版】

「先代から受け継いだ設備が限界を迎えているのに、更新費用が重くて踏み出せない」「人手不足で自動化したいのに、補助金がうまく使えているか自信がない」――製造業の二代目社長からよく聞く悩みです。

結論からいうと、補助金の複数同時申請（併用）は原則として可能です。ただし「同一の経費に複数の補助金を重複して受給することはできない」という基本ルールがあります。

2026年5月時点の最新情報をもとに、中小企業が知っておくべき併用ルールをわかりやすく整理します。人手不足への対応・老朽設備の更新・DX化という3つの投資ニーズが重なる製造業こそ、補助金の組み合わせ活用が最も効果を発揮します。

補助金HACKでは、これまで多くの中小企業の補助金活用を支援してきました（2026年新制度対応済み）。本記事では、その実務ノウハウをもとに解説します。「自社に使える補助金の組み合わせが知りたい」という方は、以下のLINEからお気軽にご相談ください（営業電話なし・診断だけでもOKです）。

補助金の「併用」とは何か？

補助金の「併用」とは、1社が複数の補助金を活用して事業投資を行うことを指します。

「補助金の併用＝禁止」ではありません。禁止されているのは「同一の補助対象経費（補助金で認められる経費の範囲）に対して、複数の補助金を重複して申請・受給すること」です。

たとえば、500万円の設備投資に対して、国の補助金250万円と都道府県の補助金250万円を合計500万円分受け取ることはできません。しかし、1,000万円の投資計画があり、500万円分は国の補助金の対象、残りの500万円分は都道府県補助金の対象として明確に分けることができれば、両方の受給が可能です。

この「経費の区分」が、補助金の併用において最も重要なポイントです。

区分	内容	可否
同一経費への重複申請	同じ設備費・工事費に2つの補助金を充てる	NG
異なる経費への複数申請	経費A→補助金X、経費B→補助金Y、と明確に区分	OK
異なる補助金の複数同時申請	国と自治体、または異なる目的の補助金を並行申請	OK（条件あり）
時期をずらした連続申請	前回の補助事業完了後に別の補助金を申請	基本OK

補助金は国・都道府県・市区町村がそれぞれ独自に設けており、財源が異なります。 財源が別であれば、経費を適切に分けることで複数の補助金を活用する道が開けます。

主要補助金の補助率・上限額・採択率はどのくらいか？

補助金を選ぶ際の基本情報を一覧にまとめます。なお、採択率の数値は中小企業庁が公表した採択結果データをもとにした目安値（推定）です。回次や申請類型により変動するため、最新値は各補助金の公式サイトでご確認ください。

補助金名	補助率	上限額	直近採択率（目安）
ものづくり補助金（製造業の設備・技術開発を支援）	1/2〜2/3	750万〜1,250万円	約40〜50%（推定）
IT導入補助金（ITツール・ソフト導入を支援）	1/2〜3/4	450万円（通常枠）	約50〜70%（推定）
小規模事業者持続化補助金（販路開拓・広告を支援）	2/3	200万円	約30〜50%（推定）
中小企業省力化投資補助金（人手不足対応・省力化機器導入を支援）	1/2〜2/3	1,500万円	2026年5月時点で集計中／直近公募は公式サイト参照
中小企業新事業進出補助金（新分野・新事業進出を支援）	2/3	3,000万円	2026年5月時点で集計中／直近公募は公式サイト参照
成長加速化補助金（2026年新設・中小企業の成長投資を支援）	補助率・上限額は公式サイト参照	公式サイト参照	新設のため集計中／公式サイト参照

※補助上限は回次や申請類型により変動します。必ず各補助金の公式サイトで最新情報を確認してください。

補助金を複数同時申請できるパターン1：国・都道府県・市区町村の組み合わせとは？

「どの補助金を組み合わせればいいか分からない」という声は非常に多く聞かれます。まずは財源別の整理から始めると、選択肢が一気に広がります。

国・都道府県・市区町村の補助金は財源が異なるため、経費さえ重複しなければ組み合わせることができます。

製造業の事例で見てみましょう。総額2,000万円の設備投資計画を3つに分けるイメージです。

• 国の補助金（ものづくり補助金）：製造設備費1,000万円を対象に申請（補助率1/2で最大500万円）
• 都道府県の設備投資支援補助金：工場の省エネ設備費500万円を対象に申請（補助率1/2で最大250万円）
• 市区町村の創業・投資支援補助金：IT管理システム導入費200万円を対象に申請（補助率1/2で最大100万円）

対象経費が明確に分かれているため、理論上は合計850万円の補助を受けながら2,000万円の投資が実現できます。自己負担は1,150万円の計算です（2,000万円－850万円）。

愛知県・大阪府・東京都など製造業の集積地では、国の補助金に上乗せできる独自の設備投資補助金を設けているケースもあります。たとえば、愛知県では「あいち中小企業応援ファンド助成事業」、大阪府では「大阪府ものづくり中小企業等支援事業補助金」、東京都では「東京都中小企業設備導入等支援補助金」といった制度が存在します（制度名・内容は年度により変更される場合があります。申請前に各都府県の公式サイトで最新情報をご確認ください）。国の補助金を申請しながら、地元自治体の補助金も調べる習慣をつけておくと有効です。

実際に申請する際の確認事項は以下のとおりです。

• 各補助金の公募要領に「他の補助金との併用制限」の記載があるか確認する
• 都道府県・市区町村の補助金は年度ごとに内容が変わるため最新情報を確認する
• 経費の按分（あんぶん：複数の用途に使う経費を合理的な基準で配分すること）が恣意的（客観的な根拠なく申請者の都合で経費を割り振ること）にならないよう、見積書や用途を明確にしておく

地方自治体の独自補助金は、ミラサポplus（中小企業向けの国・自治体支援情報を集約したポータルサイト）でも検索できます。

> 業種別（IT・建設・飲食業など）の組み合わせ事例は「業種別・補助金活用パターン完全ガイド」で詳しく解説しています。

補助金を複数同時申請できるパターン2：異なる事業目的での申請とは？

「設備更新もしたいし、DXも進めたい。でも2つの補助金を同時に申請してもいいのか？」という疑問を持つ経営者の方は多くいます。答えはシンプルです――目的と経費が違えば、両方に申請できます。

補助金は「何のための投資か」という事業目的ごとに設計されているため、異なる目的の事業を同時に進めている場合は、それぞれの補助金に申請できます。

製造業では「既存設備の老朽化更新」と「DX推進によるデータ管理の効率化」のように、目的も投資対象も異なる課題を同時に抱えるケースが多いです。

事業目的	対応する補助金（例）	主な対象経費	自己負担の目安
製造設備の高度化・省力化	中小企業省力化投資補助金	機械装置費・システム構築費	投資額の1/2〜1/3
デジタルツールの導入	IT導入補助金	ソフトウェア費・クラウド利用費	投資額の1/2〜1/4
新商品・新サービスの開発	中小企業新事業進出補助金	試作費・専門家費	投資額の1/3
販路開拓・広告宣伝	小規模事業者持続化補助金	広告費・展示会出展費・HP制作費	投資額の1/3

複数の補助金を同時申請する場合、事業計画書（補助金申請の中核となる書類で、事業の必要性・実現可能性・収益性を記述したもの）をそれぞれ別途作成する必要があります。「申請件数を増やすよりも、1件の計画書の質を高める方が採択への近道」という現場の視点は、常に念頭に置いておきましょう。

> 申請書類作成で見落としやすいポイントについては「補助金申請書類チェックリスト＆よくある落とし穴」で詳しく解説しています。

補助金を複数同時申請できるパターン3：時期をずらした連続申請とは？

「一度採択されたら、次は使えないのでは？」と思っている経営者の方もいますが、そうではありません。補助金は中長期の経営計画と組み合わせることで、繰り返し活用できる仕組みです。

前回採択された補助事業が完了した後、次の事業計画で新たな補助金に申請することは、多くの場合認められています。

5年・10年のスパンで設備投資を計画している製造業の二代目社長であれば、補助金も中長期の経営計画に合わせて複数回活用する戦略が有効です。

連続申請で特に注意すべきポイントは以下のとおりです。

• 前回の補助事業との同一性・類似性に注意する：前回と同じ目的・内容の投資を再度補助金で賄おうとすると、審査上マイナスに働く場合があります
• 交付決定（採択後に補助金事務局が正式に交付を決める手続き）の完了を確認してから次の申請を準備する：複数の採択案件が重なると、実績報告（事業完了後に実施内容・経費を事務局に報告し、補助金の最終確定を受ける手続き）の事務作業が集中するため注意が必要です
• 補助金ごとの再申請ルールを確認する：「過去に同一補助金の交付を受けた場合は対象外」と明記しているものもあります

「補助金はスポットではなく、経営計画の一部として組み込む」という考え方が、長期的な設備投資を有利に進めるコツです。

製造業が補助金を最大活用するための具体的な組み合わせシナリオとは？

「自社の規模で本当にこの金額の補助が受けられるのか」という疑問を持つ方のために、具体的な数字で示します。

製造業が補助金を最大限活用するには、設備投資計画を「目的別に分解」し、それぞれに対応する補助金を当てはめる設計が有効です。

ここでは、先代から工場を引き継いだ二代目社長（従業員30名・年商2億円規模の金属加工業）が、2026年の最新制度を踏まえて複数の補助金を組み合わせ、総額3,000万円規模の投資を進める具体的なシナリオを示します。なお、本シナリオは補助金HACKが2025年に支援した事例をもとにしています（一部変更）。

〔シナリオ〕省力化投資＋DX化＋新事業進出の3段階設計

投資総額3,000万円に対して、3つの補助金を組み合わせることで最大1,000万円超の補助を狙う設計です。経費が目的ごとに明確に分かれているため、重複申請のNGには該当しません。

• 投資内容：協働ロボットと搬送システムの導入（総額1,500万円）
• 補助率：1/2（中小企業の場合）
• 補助額（見込み）：最大750万円
• 自己負担額：750万円
• 詳細：中小企業省力化投資補助金 公式サイト

1. 省力化投資（中小企業省力化投資補助金）

• 投資内容：生産管理システムとクラウド型ERP（基幹業務を一元管理するシステム）の導入（総額500万円）
• 補助率：1/2（通常枠）
• 補助額（見込み）：最大250万円
• 自己負担額：250万円
• 詳細：IT導入補助金 公式サイト

1. DX化（IT導入補助金）

• 投資内容：新規顧客向け試作品開発・専門家費（総額300万円）
• 補助率：2/3
• 補助上限額：3,000万円（本シナリオでは最大200万円の見込み）
• 自己負担額：100万円（見込み）
• ※制度変更の可能性があるため、詳細は中小企業庁公式サイトで必ず確認してください

1. 新事業進出（中小企業新事業進出補助金）

このシナリオの合計：投資総額3,000万円に対して補助額最大1,200万円、自己負担1,800万円の計算です。

採択率は補助金により40〜70%、つまり2人に1人以上が採択されている実績があります。「不採択になるかも」と思って申請しないのが最ももったいない選択です。まず手を挙げることが第一歩です。

「過剰投資と見なされると不採択になる」点には注意が必要です。「事業規模に見合わない投資額」「補助金の趣旨と計画が乖離している」という点が不採択の主因になりやすいため、投資計画の根拠となる数値（売上予測・コスト削減効果・投資回収期間など）をしっかり作り込むことが不可欠です。

「このシナリオが自社に当てはまるか確認したい」という方は、LINEから補助金の組み合わせ診断をご利用ください。業種・規模・投資内容を入力するだけで使える補助金の組み合わせが分かります（所要時間：約3分）。 登録後24時間以内に診断結果をご案内します（営業電話なし・診断だけでもOKです）。

補助金を併用できないパターンとNG事例とは？

「ルールを知らずに申請してしまっていた」という相談を受けることも少なくありません。採択後に発覚してから慌てないよう、NGパターンは事前に頭に入れておきましょう。

最も多いNGは「同一の経費に複数の補助金を充てようとすること」です。採択後に発覚した場合、補助金の取り消しや返還命令につながる重大な違反となります。

NG事例1：同じ機械装置費に2つの補助金を充てる

1台の加工機械（価格500万円）に対して、国の補助金と都道府県の補助金の両方で対象経費として計上するパターンです。交付後の実績報告（事業完了後に実施内容・経費を事務局に報告し、補助金の最終確定を受ける手続き）や監査で判明した場合は取り消しになります。

補助金HACKでは申請前に「経費チェックシート」を使い、重複がないかを必ず確認します。 「どの経費をどの補助金に充てるか」の設計は、採択前の最重要作業です。

NG事例2：交付決定前に発注・支払いを行う

採択通知と交付決定（採択後に補助金事務局が審査して正式に交付を決める手続き）は別物です。採択通知が来た直後に設備を発注・購入してしまうと、補助対象経費に認められない可能性があります。

実際のご相談でも最も多いのがこのケースです。 交付決定通知が届くまでは、たとえ採択されていても発注・契約を行わないことを徹底してください。

NG事例3：他の補助金との併用を禁止している補助金への重複申請

一部の補助金では、公募要領（補助金の申請条件・申請方法・採択基準を記した公式文書）に「他の補助金等と重複して受給することはできない」と明記されています。この記載を見落として申請すると、採択後でも取り消しになります。

NGパターン	リスク	対策
同一経費への重複申請	補助金取り消し・返還命令	経費区分を書面で明確化
交付決定前の発注・支払い	対象経費として認められない	交付決定通知を確認してから契約
併用禁止補助金への重複申請	採択取り消し	公募要領の「他補助金との関係」を必ず確認
採択後に事業内容を変更	取り消し（計画との乖離）	変更が必要な場合は事前に事務局へ相談

不採択になったらどうすればいいか？

「不採択＝終わり」ではありません。多くの補助金は複数回の公募があり、改善して再申請することができます。採択率40〜70%というのは裏を返せば、2人に1人以上が通っているということでもあります。1回の不採択で諦めるのはもったいない選択です。

不採択になった場合にまず確認すべき点は以下のとおりです。

• 不採択通知の内容を確認する：一部の補助金では不採択理由の概要が通知されます。理由が分かれば改善の方向性が見えてきます
• 事業計画書の弱点を分析する：「投資の必要性」「数値の根拠」「収益性の説明」のどこが薄かったかを振り返り、次回公募に向けて補強します

次の公募までの期間（通常3〜6ヶ月）を使って計画書の質を上げることが、採択率を高める最も確実な方法です。補助金HACKでは、不採択後の原因分析と再申請サポートにも対応しています。

補助金を複数同時申請する際の実務フローとは？

「どこから手を付ければいいか分からない」という声が最も多く寄せられるのが、この実務フローです。ここで手順を整理しておくだけで、申請準備の見通しが大きく変わります。

複数の補助金を同時並行で申請する場合は、準備から申請まで計画的にスケジュールを組むことが重要です。

1. 投資計画の全体像を描く

何に投資するのか・総額はいくらか・時期はいつかを経営計画レベルで整理する。この段階で「目的ごとの経費区分」の骨格を作る。

1. 使える補助金を洗い出す

投資目的ごとに対応する補助金を調べ、公募スケジュールを確認する。ミラサポplusや各補助金の公式サイトで最新の公募状況をチェック。

1. 経費の区分設計をする

どの経費をどの補助金に充当するかを明確に区分し、重複がないことを確認する。補助金HACKでは「経費チェックシート」を使い、この設計を書面で可視化します。

1. GビズIDを取得する

GビズID（政府が提供する法人共通認証IDで、電子申請に必須）の取得には2〜3週間かかる場合がある。申請を思い立ったら最初に動くべき手続き。

「補助金の組み合わせは分かった。次は自分の会社に当てはめてみたい」という方は、ここで一度診断を受けておくと、STEP5以降の準備がスムーズになります。業種・規模・投資内容から使える補助金の組み合わせを無料で確認できます（所要時間：約3分）。 登録後24時間以内に回答します。

1. 各補助金の公募要領を確認する

対象要件・禁止事項・他補助金との関係を確認する。「他補助金との重複制限」の有無を必ずチェック。

1. 各補助金の事業計画書を別途作成する

それぞれの審査基準に沿って、独立した計画書を用意する。計画書の質が採択率を直接左右するため、1件ずつ丁寧に仕上げる。

1. 採択後の交付決定を待ってから発注・契約する

採択通知後すぐに動かず、交付決定通知を確認してから事業を開始する。

まとめ：補助金の併用は「経費の区分」が最大のカギ

中小企業が補助金を複数組み合わせて活用することは、条件を満たせば可能です。要点を整理します。

• 補助金の複数同時申請（併用）は原則OK：財源や目的が異なる補助金を組み合わせることは認められている
• 同一経費への重複はNG：1つの経費に対して2つの補助金を充てることは禁止されており、採択後でも取り消し・返還命令の対象になる
• 経費の区分が最重要：どの費用をどの補助金に充てるかを明確に設計することが、併用申請成功の核心
• 公募要領の確認は必須：補助金によっては他補助金との併用を明示的に禁止している場合がある
• 交付決定後に事業を開始する：採択通知後すぐに発注・契約しないこと
• 採択率は2人に1人以上：まず申請することが最大のコツ。不採択でも再申請の機会がある

2026年の公募スケジュールは補助金によって締切が近いものもあります。「自社に使える補助金の組み合わせが知りたい」「どの補助金から着手すべきか分からない」という方は、まず補助金HACKのLINEからご相談ください。

補助金申請を専門家に依頼するとどんなメリットがあるか？

補助金HACKのLINE公式アカウントにご登録いただくと、以下のサービスをご利用いただけます。

• 無料受給シミュレーション：自社の業種・規模・投資計画から使える補助金を診断
• 補助金組み合わせ診断：複数の補助金を組み合わせた場合の補助額・スケジュールを試算
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• 不採択後の相談対応：不採択になった場合の原因分析と次回申請への対策もサポートします
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参考情報

• 中小企業省力化投資補助金 公式サイト：https://shoryokuka.smrj.go.jp/
• IT導入補助金 公式サイト：https://www.it-hojo.jp/
• 小規模事業者持続化補助金 公式サイト：https://s23.jizokukahojokin.info/
• ものづくり補助金 公式サイト：https://portal.monodukuri-hojo.jp/
• 中小企業新事業進出補助金：中小企業庁公式サイトで最新情報を確認
• ミラサポplus（補助金・支援制度の検索ポータル）：https://mirasapo-plus.go.jp/
• GビズID（電子申請用法人認証ID）：https://gbiz-id.go.jp/

※本記事の補助金情報は2026年5月時点の情報をもとにしています。最新の公募状況・補助率・上限額は各補助金の公式サイトおよび公募要領でご確認ください。

よくある質問

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