【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

> 【免責事項】 本記事の情報は2025年7月時点のものです。補助金の公募状況・補助率・上限額は変更されることがあります。申請前に必ず各補助金の公式サイトおよび公募要領でご確認ください。ものづくり補助金は2024年度公募が終了しており、次回公募時期は現時点で未定です。最新情報は中小企業庁公式サイトでご確認ください。

# 補助金の併用・複数同時申請ガイド：中小企業が使える組み合わせパターンと注意点

補助金を複数同時に使いたいと考えている経営者の方は多いはずです。「ものづくり補助金を申請しながら、IT導入補助金も使えるのか」「雇用調整助成金と補助金は一緒に受け取れるのか」——こうした疑問は、補助金HACKに寄せられる相談の中でも特に多いテーマです。

結論から言えば、補助金の併用は条件を満たせば可能です。ただし「同一の経費に複数の補助金を充てることは禁止」というルールがあり、これを知らずに申請すると採択取り消しや返還命令のリスクがあります。

本記事では、補助金を複数活用するときのOKパターン・NGパターンを、実例をもとに整理します。製造業・飲食業・IT業など業種別の具体的な組み合わせも解説しますので、自社の投資計画と照らし合わせながらお読みください。

登録後の流れ：

1. LINEを友達登録する
2. 自動メッセージに「業種・投資内容・金額の目安」を入力する
3. 担当者から使える補助金の組み合わせを個別にご案内する

補助金の「併用」とは？中小企業が知っておくべき基本定義

補助金の併用とは、1社が複数の補助金・助成金を同時期に申請・受給することを指します。

「併用」には大きく2つのパターンがあります。

• 同時申請（補助金 複数同時申請）：複数の補助金に同じタイミングで申請する
• 同時受給：複数の補助金の交付決定を受け、同じ事業期間内に補助金を受け取る

多くの中小企業経営者が「補助金は一度に1つしか使えない」と思い込んでいますが、これは誤解です。制度ごとに財源・目的・対象経費が異なるため、条件を満たせば複数の補助金を同じ会社が受給することは認められています。

ただし、すべての組み合わせが自由に使えるわけではありません。最も重要なルールは「同一経費への重複充当の禁止」です。同じ設備購入費や広告宣伝費に対して2つの補助金を充てることはNGとなります。

用語	意味
併用	1社が複数の補助金・助成金を受給すること
重複充当	同一経費に対して複数の補助金を充てること（原則禁止）
補助対象経費	各補助金ごとに補助金で認められる経費の範囲
交付決定	採択後に補助金事務局が正式に交付を決める手続き。交付決定日以降でないと補助対象経費を計上できないため、特に重要な概念

製造業の経営者の方であれば、「設備投資でものづくり補助金を使いながら、社内システム導入でIT導入補助金も使う」という組み合わせは、経費の対象を明確に分けることで成立します。まずはこの基本原則を押さえることが、複数補助金活用の出発点です。

補助金併用の基本ルール：OKとNGを分ける「2つの原則」

補助金の併用可否を判断する原則はシンプルで、「同一経費への重複はNG、別経費への充当はOK」です。

この2原則を正しく理解しておけば、多くの併用判断を自分でできるようになります。

原則1：同一経費への重複充当は禁止

補助金は公的資金です。同一の経費に対して複数の補助金を充てることは、国や自治体の財源を二重に使うことになるため、ほぼすべての補助金で禁止されています。

たとえば、500万円の製造設備を購入する際に、ものづくり補助金とIT導入補助金の両方から補助を受けることはできません。採択後に経費の充当先が重複していると判明した場合、補助金の返還（重複受給分）を求められる可能性があります。

原則2：対象経費が異なれば併用は認められる

一方、対象経費が明確に分かれていれば、複数の補助金を同じ事業年度に受給することは認められます。

たとえば、以下のような組み合わせは実績があります。

• ものづくり補助金で製造設備（機械装置）を補助 → IT導入補助金で生産管理SaaS（クラウド型の業務管理ソフトウェア）を補助
• 小規模事業者持続化補助金で広告宣伝費（チラシ・HP制作）を補助 → 雇用関係助成金で従業員の研修費を助成

なお、補助金によっては公募要領に「他の補助金との重複受給禁止」を明示しているものもあります。特定の補助金の組み合わせについては、必ず各事務局に確認することを推奨します。

組み合わせパターン	可否の目安	注意点
経費が別々の補助金同士	原則OK	各公募要領で重複不可の記載がないか確認
同一経費への複数補助金	NG	返還命令の対象になる
補助金＋雇用関係助成金（別経費）	原則OK	経費が重なっていないことを明確にする
補助金＋融資（日本政策金融公庫等）	OK	補助金は資本補強・融資は借入で性質が異なる
国の補助金＋自治体補助金（別経費）	原則OK	自治体補助金の規約を個別確認

補助金の併用でよくある誤解と正しい理解

補助金の併用に関しては、経営者の方が誤解しやすいポイントがいくつかあります。補助金HACKが実務の中で確認してきた代表的な誤解を整理します。

Q：個人事業主は補助金を複数使えない？

A：誤解です。個人事業主だからといって補助金の申請数が制限されるわけではありません。持続化補助金・IT導入補助金いずれも個人事業主の申請は認められており、複数補助金活用の基本ルールは法人と同じです。対象経費が重複しないこと、各補助金の要件を満たすことが条件となります。

Q：補助金を複数同時申請すると審査が厳しくなる？

A：誤解です。各補助金の審査は独立しており、「他にも補助金を申請している」という事実が採択率に影響することはありません。ただし、事業計画書に複数補助金活用を前提とした記述がある場合、資金計画の整合性が問われることがあります。

Q：賃上げすれば補助金がたくさんもらえる？

A：正確ではありません。正しくは「賃上げに取り組むことで、一部の補助金で補助上限額が引き上がるインセンティブがある」という制度設計です。「賃上げをすると補助金が支給される」という制度はありません。補助金のために賃上げをするという逆算の発想は、事業計画の整合性を損なうリスクもあるため注意が必要です。

Q：IT導入補助金でパソコンだけ購入できる？

A：PCだけでは申請できません。ITツール導入のために必要なPCであれば対象になるという順序です。ITツール（SaaS・クラウド型の業務管理ソフトウェア等）の導入が主体であり、そのために必要なハードウェアとしてPCが認められる、という理解が正しい解釈です。

Q：ものづくり補助金は今も申請できる？

A：2024年度の公募は終了しており、次回公募の時期は現時点で未定です。IT導入補助金・持続化補助金の2025年7月時点の公募状況は以下のとおりです。最新情報は各公式サイトでご確認ください。

補助金名	2025年7月時点の公募状況	公式情報源
ものづくり補助金	2024年度公募終了・次回未定	中小企業庁
IT導入補助金	公募中（締切は公式サイトで要確認）	IT導入補助金公式
小規模事業者持続化補助金	公募中（締切は公式サイトで要確認）	商工会議所持続化補助金

補助金を複数申請するときの実務的な進め方

複数の補助金を同時進行させるためには、申請前の経費設計と申請後の経費管理が特に重要です。

ステップ1：投資計画を経費項目ごとに分解する

まず「何に投資するか」を経費の種類ごとに整理します。

• 機械装置費
• ソフトウェア・ITシステム費
• 広告宣伝費・販促費
• 建物改修費
• 外注費（設計・コンサルティング等）

経費を項目ごとに分解することで、「この補助金はこの経費に使う」という割り当てが明確になります。詳しい申請の進め方はものづくり補助金の詳細解説記事もあわせてご参照ください。

ステップ2：各補助金の対象経費と照合する

投資計画の経費項目と、各補助金の補助対象経費を照合します。

• ものづくり補助金：機械装置費・システム費・外注費など（補助率1/2〜2/3、通常枠の補助上限額750万円・成長枠は最大3,000万円など枠により異なる）
• IT導入補助金：ITツール（SaaS・クラウド型の業務管理ソフトウェア）・PCなど（補助率1/2〜3/4）
• 小規模事業者持続化補助金：広告宣伝費・機器購入費など（補助率2/3）

この照合作業で「どの補助金にどの経費を充てるか」の割り当てが完成します。重複が生じる場合は、どちらか一方に集約する判断をします。詳しくはIT導入補助金の詳細解説記事もご参照ください。

ステップ3：公募スケジュールを確認する

複数の補助金を同時申請する場合、各補助金の公募期間・締切・交付決定時期を一覧で確認します。

補助金名	公募期間の目安	交付決定の目安	事業実施期間の目安
ものづくり補助金	2〜3か月程度（公募ごとに異なる）	採択通知後1〜2か月	交付決定後〜最大1年程度
IT導入補助金	複数回公募あり（年間通じて実施）	採択後1か月程度	交付決定後〜最大1年程度
持続化補助金	年複数回（締切ごとに申請）	採択後2〜3か月程度	交付決定後〜最大1年程度

※上表の公募期間はあくまで目安です。各補助金の公式サイトで最新の公募スケジュールをご確認ください。

補助金ごとに公募期間が異なるため、同時進行ができるかどうかは公募スケジュールに依存します。採択通知から交付決定まで1〜3か月、事業実施・実績報告から入金まで3〜6か月が目安です。補助金は原則「事業完了後の後払い」であるため、交付決定から入金までの期間をカバーする運転資金を確保しておくことも重要です。

ステップ4：経費管理を補助金ごとに分離する

複数の補助金が採択された後は、経費の管理を補助金ごとに分離することが重要です。同一の経費を複数の補助金の実績報告に計上することは不正受給に当たります。

経費ごとにどの補助金に計上するかを事前に決め、領収書・請求書の管理も補助金ごとに行います。

進め方のステップ	主なポイント
1. 投資計画の経費分解	何に使うかを項目ごとに整理する
2. 補助金の対象経費照合	各補助金の公募要領で補助対象を確認
3. 公募スケジュール確認	同時進行できる公募期間かを把握
4. 採択後の経費管理	補助金ごとに経費を分離・記録する

業種ごとに最適な補助金の併用パターンは？

業種によって使いやすい補助金の組み合わせは異なります。自社の業種に合ったパターンを把握することが、補助金活用の近道です。

製造業（金属加工・部品メーカー等）

製造業は補助金の活用余地が大きい業種です。ものづくり補助金の採択率は公募回次によって異なりますが、直近では概ね40〜60%台で推移しています（中小企業庁公表データより）。「申請しても通らないのでは」という不安をお持ちの方でも、適切な事業計画書を準備すれば採択の可能性は十分にあります。

先代から工場や設備を引き継いだ二代目社長にとって、老朽化した機械の入れ替えや資金繰りの不安は切実な課題です。補助金HACKの支援実績でも、製造業の申請パターンは「既存機械の入れ替え」と「業務効率化のためのシステム導入」の2つが大半を占めています。

よく使われる組み合わせ

• ものづくり補助金で加工機・NC旋盤等の設備を補助（通常枠の補助率1/2・補助上限額750万円、成長枠は最大3,000万円。枠の詳細は中小企業庁公式サイトで確認）
• IT導入補助金（補助率1/2〜3/4）で生産管理・在庫管理システムを補助
• 中小企業省力化投資補助金で自動化・省人化設備を補助
• 東京都「東京都中小企業設備導入等支援補助金」・愛知県「あいち中小企業応援ファンド助成事業」など、都道府県独自の設備補助金と組み合わせるケースも多い

製造業では1回の設備投資額が大きいため、複数の補助金を活用することで自己負担を大幅に圧縮できます。後述のシミュレーション（パターン4）では、3,000万円の投資に対して自己負担を10%に抑えた試算例も紹介しています。

—

補助金HACKが支援した埼玉県の精密加工メーカー（従業員15名・年商3億円規模）は、2023年度にものづくり補助金を活用して1,500万円のライン増設を実施しました。設備費（機械装置費）とITシステム費を明確に分けて申請し、採択から約4か月で交付決定を受けています。同時期にIT導入補助金で生産管理システムも採択されており、2つの補助金を併用することで設備投資の自己負担を大幅に圧縮した事例です。

—

詳しい申請方法についてはものづくり補助金の詳細解説記事をご参照ください。

飲食業（飲食店・カフェ・居酒屋）

飲食業は補助金申請数が多い業種の一つです。開業・改装・集客など、資金需要が幅広く発生しやすい特性があります。

よく使われる組み合わせ

• 小規模事業者持続化補助金（補助率2/3）でメニュー表・チラシ・SNS広告費を補助
• IT導入補助金（補助率1/2〜3/4）でPOSレジ・予約管理システムを補助
• 雇用関係助成金でスタッフ研修費を助成
• 大阪府「中小企業経営強化融資」など地方自治体の制度融資と組み合わせるケースもある

飲食業で注意が必要なのは、POSレジの扱いです。「IT導入補助金でPOSレジを導入したいが、持続化補助金でも計上したい」というケースがありますが、同一のPOSレジ購入費に2つの補助金を充てることはNGです。どちらの補助金を使うかを先に決めることが重要です。

詳しくは小規模事業者持続化補助金の詳細解説記事をご参照ください。

IT・サービス業

IT業・Web制作・コンサルティング業は、補助金の選択肢が他業種より絞られやすい特性があります。自社でサイト・チラシ・デザインを制作できるケースが多く、補助対象経費として計上できる範囲が限られやすいためです。

比較的使いやすい組み合わせ

• 小規模事業者持続化補助金（補助率2/3）で外部委託の広告宣伝費を補助
• 雇用関係助成金で採用・研修費を助成

IT業では「自社のサービス開発費」が補助対象外になるケースが多く、対象経費を正確に把握した上で申請することが重要です。

詳しくはIT導入補助金の詳細解説記事をご参照ください。

業種	使いやすい補助金の組み合わせ	対象企業規模の目安	注意点
製造業	ものづくり補助金＋IT導入補助金	従業員20人以下〜中堅企業	対象経費（設備費 vs システム費）を明確に分ける
飲食業	持続化補助金＋IT導入補助金（POSレジ）	従業員20人以下の小規模事業者が中心	同一機器への重複充当に注意
IT・サービス業	持続化補助金＋雇用関係助成金	従業員20人以下の小規模事業者が中心	自社開発費は対象外になりやすい
建設業	ものづくり補助金＋中小企業省力化投資補助金	従業員20人以下〜中堅企業	補助金ごとの設備対象を整理する
小売業	持続化補助金＋自治体独自補助金	従業員20人以下の小規模事業者が中心	自治体補助金の重複制限を個別確認

実際に使える組み合わせ：代表的な4つの併用パターン

中小企業が実際に活用できる補助金の併用パターンは、大きく4つに分類できます。

パターン1：設備投資補助金＋ITツール補助金

製造業・建設業・飲食業でよく見られる組み合わせです。

• ものづくり補助金：機械装置・設備費が主な対象経費（補助率1/2〜2/3）
• IT導入補助金：業務用ソフトウェア・SaaS（クラウド型の業務管理ソフトウェア）ツールが主な対象経費（補助率1/2〜3/4）

製造設備とITシステムは明確に別の経費のため、組み合わせやすい代表例です。ものづくり補助金で生産ラインの自動化設備を導入し、IT導入補助金で生産管理システムを導入するケースは、補助金HACKでも支援実績があります。

パターン2：販路開拓補助金＋雇用関係助成金

小規模事業者・飲食店・サービス業でよく見られる組み合わせです。

• 小規模事業者持続化補助金：広告宣伝費・HP制作・チラシ等が対象経費（補助率2/3）
• キャリアアップ助成金（厚生労働省）（非正規労働者を正規雇用化した際に支給される助成金）：非正規労働者を正規雇用に転換した場合、1人あたり最大80万円が目安（転換後6か月の賃金支払い後に申請）

補助金（経産省系）と助成金（厚労省系）は財源が異なるため、経費が重複しない限り併用しやすい組み合わせです。「補助金 助成金 違い」を混同しているケースが多いですが、助成金は雇用保険料を財源とする労働施策、補助金は税金を財源とする産業施策という違いがあります。

パターン3：国補助金＋都道府県・市区町村独自補助金

国の補助金と地方自治体独自の補助金を組み合わせるパターンです。

• IT導入補助金（国）＋都道府県のDX推進補助金（地方）
• 持続化補助金（国）＋市区町村の創業支援補助金（地方）

具体例として、東京都の「TOKYOスマート化補助金」や大阪府の「中小企業DX推進補助金」など、都道府県独自のDX支援補助金が国のIT導入補助金と組み合わせて活用されるケースがあります。ただし自治体ごとに制度内容・重複制限が異なるため、公募要領の事前確認が必要です。

パターン4：補助金＋日本政策金融公庫等の融資

補助金と融資は性質が根本的に異なります。補助金は返済不要の資本補強、融資は借入です。同一の設備投資に補助金と融資を組み合わせることは広く行われており、制度上の問題はありません。

以下は製造業でよく見られる3,000万円規模の設備投資の資金計画シミュレーションです。

項目	金額	調達手段	備考
設備投資総額	3,000万円	–	NC旋盤・加工機等の導入想定
ものづくり補助金（補助率1/2）	1,500万円	補助金	補助上限額750万円〜1,500万円（枠・従業員数により異なる）
日本政策金融公庫融資	1,200万円	融資（借入）	設備資金として活用
自己資金	300万円	自己負担	頭金相当
実質自己負担	300万円	–	3,000万円の投資に対して自己負担10%

補助金の併用で絶対に避けるべきNGパターンとは？

補助金の誤った併用は、採択取り消し・補助金返還という深刻なリスクを招きます。実際に見てきたNGパターンを3つ紹介します。

NGパターン1：同一設備に複数の補助金を充てる

最も典型的なNGです。たとえば、300万円のITシステム導入に対して「IT導入補助金で150万円、都道府県の補助金で100万円を受給する」ことは、同一経費への重複充当となりNGです。

補助金は「補助対象経費の◯%を補助する」という仕組みのため、複数の補助金を充てると実質的に経費よりも多い補助を受けることになってしまいます。これは公的資金の適正使用という観点から厳しく禁じられています。

NGパターン2：交付決定前に発注・支払いをする

これは併用の問題ではありませんが、複数の補助金を同時進行させるときに特に起きやすいミスです。

「採択通知が来たからすぐに発注した」という行動は、補助金では対象外になる場合があります。採択≠交付決定です。正式に補助対象経費として認められるのは、交付決定日以降に発生した経費のみです。複数の補助金を同時に申請・採択された場合、それぞれの交付決定日が異なるため、どの経費がどの補助金の交付決定後に発生したかを正確に管理することが必要です。

補助金HACKへの相談事例でも「採択後に取り消しになるパターンとして、交付決定日前の支払いが頻発している」という実態があります。

NGパターン3：休眠会社を活用した申請

休眠会社を買い取り、補助金申請に利用するケースは審査で見抜かれやすく、採択される可能性はほぼないとされています。また、複数の関連会社を使って複数採択を狙う行為は不正受給として厳しく対応されます。

採択後のチェックリスト：経費管理の実務確認

NGパターンを防ぐために、採択後は以下の項目を確認してください。

• 交付決定日を各補助金ごとに確認した
• 経費を補助金ごとに分けてリスト化した
• 交付決定日より前に発注・支払いをしていないか確認した
• 実績報告に同一経費を重複計上していない
• 領収書・請求書を補助金ごとにフォルダ分けして管理している
• 各補助金の事業実施期間内に経費が発生しているか確認した

2026年新補助金との「併用可否」について

2026年に注目されている「新事業進出補助金」「成長加速化補助金」と、既存補助金との併用可否については、現時点で補助金HACKが一次情報を収集・確認中です。

対象経費が重複しない限り既存補助金との並行申請が検討可能ですが、公募要領（各補助金の申請ルールをまとめた公式資料）の個別確認が必須です。制度詳細・公募要領は整備中のものがあり、「他の補助金との重複不可」の条件が後から追加されるケースもあります。

現時点で補助金HACKが把握している情報は以下のとおりです。

• 新事業進出補助金・成長加速化補助金はいずれも中小企業庁が検討を進めている新制度
• 既存のものづくり補助金・持続化補助金とは別制度として設計される見込み
• 公募要領・詳細スケジュールは公式発表待ちの状態（2025年7月時点）
• 情報が確定次第、補助金HACKのLINEで随時お届けする

最新情報はLINEで配信しています。「2026年新補助金情報」とメッセージいただくと、公募要領が出た段階でいち早くご案内します。

まとめ：補助金の「補助金 複数同時申請」で自己負担を最小化するために

補助金を複数同時に活用することは、条件を満たせば中小企業でも十分に可能です。この記事で解説した内容を整理します。

補助金の併用で押さえておくべき3つのポイント

• 同一経費への重複充当は禁止：これが最も重要なルールです
• 別経費への充当はOK：対象経費を明確に分けることが併用の前提条件
• 補助金と助成金の組み合わせは有効：財源・趣旨が異なるため、経費が重複しなければ活用できるケースが多い

業種別の使いやすい組み合わせ

• 製造業：ものづくり補助金＋IT導入補助金
• 飲食業：持続化補助金＋IT導入補助金（POSレジ）
• IT・サービス業：持続化補助金＋雇用関係助成金

やってはいけない3つのNG

• 同一の設備・経費に複数の補助金を充てること
• 交付決定前に発注・支払いをすること
• 不正な関連会社・休眠会社を活用した複数申請

補助金HACKの経験から言えることは、補助金の併用は「経費の設計」で8割が決まるということです。申請前に投資計画を経費項目ごとに整理し、各補助金の補助対象経費と照合する作業に時間をかけることが、複数補助金活用の成功につながります。

補助金HACKのLINE個別診断：登録後の流れ

「どの補助金が自社に合うか分からない」という方のために、補助金HACKではLINE公式アカウントで個別診断を無料で実施しています。

1. LINE公式アカウントを友達登録する
2. 自動メッセージで「業種・投資内容・投資金額の目安」を入力する
3. 補助金HACKの担当者が使える補助金の組み合わせを個別にご案内する
4. 必要に応じて申請書類作成サポートのご提案をする

2026年の新補助金対応情報もLINEでいち早くお届けしています。LINE登録後に「新補助金情報」とメッセージいただくと、公募要領が出た段階で最新情報をご案内します。

より詳しい申請サポートの内容については補助金HACKの申請支援サービス詳細ページもあわせてご確認ください。

よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

• 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
• 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
• 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
• 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

:::