この記事は 行政書士・上田 昌芳（第26260602号） の監修のもと公開しています。 詳細を見る →
# 補助金の併用で中小企業が自己負担を最小化する方法｜同時申請のOK・NGと業種別事例
✓ まとめ
この記事は、補助金の活用を具体的に検討中の中小企業経営者向けに、複数補助金の併用ルールと業種別の組み合わせ事例を解説します。補助金を初めて知りたい方は補助金の基本7種類と早見表はこちらをご覧ください。
補助金情報最終確認日：2026年5月時点
「補助金を組み合わせて自己負担を減らしたい。でも複数申請して落ちたら意味がない」という不安を持つ経営者は多くいます。
結論からお伝えすると、補助金の併用は対象経費を分けることで可能です。正しく設計すれば、1,500万円の設備投資の自己負担を半分以下に圧縮できるケースもあります。
この記事では、補助金HACKの支援担当コンサルタントへのインタビューをもとに、以下の3点に絞って解説します。
- 併用ルールの基本（OKとNGの判断軸）
- 業種別の具体的な組み合わせ事例と自己負担削減シミュレーション
- スケジュール管理のポイント
なお、本記事は2026年新設制度（中小企業新事業進出補助金・中小企業成長加速化補助金）の併用ルールについても、後述の比較表と事例のなかで制度概要とともに解説しています。
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補助金の「併用」とは？まず知っておくべき基本定義
補助金の「併用」とは、異なる補助金制度を同一の事業者が同時または時期をずらして活用することを指します。
重要なのは「どの経費に対して補助金を使うか」という点です。補助金は特定の経費に対して支給されるため、同じ経費に複数の補助金を充てることは「二重申請」としてNGになります。
一方で、設備投資の費用にはものづくり補助金（次回公募未定）を使い、同時にITツール導入の費用にはIT導入補助金を使うといった経費の切り分けができれば、併用は成立します。
主な補助金・助成金の制度区分
| 区分 | 主な制度 | 特徴 |
|---|---|---|
| 補助金（経産省・中小企業庁系） | IT導入補助金・持続化補助金・ものづくり補助金（次回公募未定）など | 審査があり採択型。後払い |
| 助成金（厚生労働省系） | 業務改善助成金（最低賃金を上回る賃上げを行った中小企業を支援する厚労省の助成金）・人材開発支援助成金（従業員の職業訓練を支援する厚労省の助成金）など | 要件充足で原則受給可能。後払い |
| 自治体補助金 | 各都道府県・市区町村の独自制度 | 制度・条件は自治体ごとに異なる |
経産省・中小企業庁系の補助金と厚労省系の助成金は制度の根拠が別々であるため、特に組み合わせやすい傾向があります。
各制度の最新公募情報は中小企業庁の補助金ポータル（公式）でも確認できます。
2026年新設の2制度：上限額・補助率・併用条件
2026年に新たに創設された2制度の概要と併用条件を整理します。
| 制度名 | 補助上限額 | 補助率 | 主な対象 | 他補助金との併用 |
|---|---|---|---|---|
| 中小企業新事業進出補助金 | 3,000万円（予定） | 1/2〜2/3 | 新分野・新事業への進出を図る中小企業 | 対象経費が重複しなければ原則可 |
| 中小企業成長加速化補助金 | 5,000万円（予定） | 1/2〜2/3 | 成長投資を加速させる中小企業 | 対象経費が重複しなければ原則可 |
⚠️ 2026年新設制度は詳細が変更となる場合があります
上記の数値は2026年5月時点の情報に基づく予定値です。正式な補助率・上限額・公募要領は中小企業庁の公式ページでご確認ください。
補助金を同時に申請しても問題ない「OK」の条件
補助金の複数申請・同時申請は、対象経費が重複しない限り認められています。
同時申請・複数申請で「OK」になる代表的な条件
- 対象経費が明確に異なる（例：設備費 × ITツール費、広告宣伝費 × 機械導入費）
- 制度の目的・趣旨が異なる（例：省力化投資 × 人材育成）
- 申請先の省庁・事務局が異なる（例：経産省補助金 × 厚労省助成金）
- 公募要領（補助金のルール説明書）に「他の補助金との併用禁止」の記載がない
📌 経費を分けることが併用の最重要ポイント
補助金の併用で最も重要なのは「経費の分離」です。同じ機械購入費を2つの補助金に申請することは二重申請としてNGになりますが、機械購入費と広告宣伝費のように使途が異なれば、それぞれ別の補助金で申請できます。
補助金支援の現場では、製造業の会社が「新しい生産設備の導入にものづくり補助金を、同時に受注管理システムの導入にIT導入補助金を申請する」というパターンがよく見られます。投資計画を整理してから申請戦略を立てることで、受給総額を最大化できます。
主要補助金の上限額・補助率・組み合わせ早見表（2026年5月時点の公募状況）
| 補助金名 | 補助上限額 | 補助率 | 公募状況 | 主な用途 | 組み合わせやすい制度 |
|---|---|---|---|---|---|
| ものづくり補助金 | 最大5,000万円 | 1/2〜2/3 | 次回公募未定 | 設備・システム投資 | IT導入補助金・人材開発支援助成金 |
| IT導入補助金 | 最大450万円 | 1/2〜3/4 | 現在公募中 | ITツール・ソフトウェア導入 | ものづくり補助金・持続化補助金 |
| 小規模事業者持続化補助金 | 最大200万円 | 2/3 | 現在公募中 | 販路拡大・広告宣伝 | IT導入補助金・業務改善助成金 |
| 業務改善助成金 | 最大600万円 | 3/4〜9/10 | 現在公募中 | 賃上げ伴う設備投資 | 持続化補助金・IT導入補助金 |
| 人材開発支援助成金 | コースにより異なる | 1/2〜3/4 | 現在公募中 | 従業員の研修・育成 | ものづくり補助金・持続化補助金 |
| 中小企業省力化投資補助金 | 最大1,500万円 | 1/2〜2/3 | 現在公募中 | 省力化のための設備導入 | IT導入補助金・人材開発支援助成金 |
| 中小企業新事業進出補助金 | 最大3,000万円（予定） | 1/2〜2/3 | 次回公募未定（2026年新設） | 新分野・新事業進出 | IT導入補助金・人材開発支援助成金 |
| 中小企業成長加速化補助金 | 最大5,000万円（予定） | 1/2〜2/3 | 次回公募未定（2026年新設） | 成長投資全般 | IT導入補助金・業務改善助成金 |
⚠️ ものづくり補助金・2026年新設2制度は現在公募未定です
公募再開時には補助金HACKのLINEで最速通知をお届けします。また、公募待ちの期間に活用できる代替制度（IT導入補助金・中小企業省力化投資補助金等）もご提案できますので、LINEよりご相談ください。
必ず避けたいNGパターン
同一の経費に複数の補助金を申請する「二重申請」は、採択取消・補助金返還の対象になります。
よくある失敗TOP3を先に把握しておきましょう。
- 同一経費への二重申請（最多失敗例）
- 交付決定前の発注・支払い
- 採択時の計画内容と実際の支出内容の乖離
NGパターンの詳細
- 同じ機械購入費を2つの補助金に申請する
- HP制作費を補助金Aと補助金Bの両方に計上する
- 共通の経費（例：コンサルタント費）を按分せず両方に全額申請する
- 交付決定前に購入・契約した経費を申請する
⚠️ 「採択＝交付決定」ではありません
採択の通知が届いても、正式な交付決定（補助金の正式な支給決定）が下りるまでは補助対象事業を開始できません。交付決定前に発注・支払いをした経費は補助対象外になります。「採択されたからすぐ動こう」という判断は大きなリスクになるため注意が必要です。
| NGパターン | 具体例 | リスク |
|---|---|---|
| 同一経費への二重申請 | 同じ設備購入費をA補助金とB補助金の両方に計上 | 採択取消・返還命令 |
| 交付決定前の発注・支払い | 採択通知後すぐに機械を購入する | 当該経費が補助対象外に |
| 虚偽申請 | 実際と異なる用途でHP作成費を申請 | 採択取消・返還命令 |
| 併用禁止を無視 | 自治体補助金が国の補助金との併用禁止を定めているのに申請 | 不採択・取消し |
申請書類の確認については、LINEにてご相談ください。
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業種・投資内容・規模を教えていただくだけで、申請可能な組み合わせと注意すべきNGパターンをご案内しています。相談は無料、LINEで完結します。
補助金を併用するための手順：7ステップ
補助金の複数申請・同時申請を成功させるには、経費設計から書類管理まで一連の手順を正しく踏むことが重要です。
- 投資計画の整理：どの費用にいくら投資するかを項目別に洗い出す
- 補助金の候補選定：投資内容に合う補助金を複数ピックアップする
- 経費の分離設計：どの経費をどの補助金に充てるかを決め、重複がないか確認する
- 公募要領で併用制限を確認：各補助金の公募要領（jGrants等で入手可能）に「他の補助金との併用禁止」がないか確認する
- 申請スケジュールの一覧化：各補助金の公募締切・交付決定予定日・事業実施期限を表にまとめる
- 書類作成・提出：補助金ごとに書類フォルダを分け、電子申請システムで提出する
- 交付決定後に発注・支払い：必ず交付決定通知の受領後に経費を発注・支払いする
📌 手順3「経費の分離設計」が最大のポイント
どの経費をどの補助金に充てるかを最初に決めることで、二重申請のリスクをゼロにできます。迷う経費が出た場合は、補助金の事務局または支援機関に確認するのが確実です。
詳しい申請書類の種類と準備方法については、補助金申請に必要な書類一覧でも解説しています。
業種別の補助金の組み合わせはどう選ぶべきか？
業種や投資目的に応じて、補助金の組み合わせ方は変わります。自社の投資計画から逆算して最適な組み合わせを設計することが重要です。
製造業の組み合わせ事例（従業員20〜300名・資本金3億円以下が目安）
製造業では設備投資の規模が大きいため、複数の補助金を組み合わせることで自己負担を大きく圧縮できます。特に「既存機械の入れ替え」と「業務効率化のためのシステム導入」を同時に計画している場合、2制度を活用しやすい状況が整っています。
補助金HACK支援担当コンサルタントによると、製造業の申請パターンは「既存機械の入れ替え」と「業務効率化のためのシステム導入」の2パターンが多いとのことです。
- 設備投資（生産ラインの新機械）：ものづくり補助金（次回公募未定）または中小企業省力化投資補助金（現在公募中）
- ITシステム導入（生産管理・受注管理ソフト）：IT導入補助金（現在公募中）
- 人材育成・スキルアップ研修費：人材開発支援助成金・厚労省（現在公募中）
【自己負担削減シミュレーション：製造業の場合】
埼玉県の精密加工メーカー（従業員20名）が1,500万円の設備投資を計画した事例です（補助金HACK支援事例より）。
| 投資内容 | 金額 | 活用補助金 | 補助額（目安） |
|---|---|---|---|
| 生産ライン新設（機械購入） | 1,200万円 | ものづくり補助金（※） | 800万円（補助率2/3） |
| 生産管理システム導入 | 300万円 | IT導入補助金（現在公募中） | 150万円（補助率1/2） |
| 合計 | 1,500万円 | 2制度を併用 | 950万円補助 |
※ものづくり補助金は2026年5月時点で次回公募未定。同等条件の公募が実施された場合の参考試算値。
⚠️ ものづくり補助金は現在公募未定です
上記シミュレーションのものづくり補助金分は、制度内容が同等の公募が再開された場合の参考試算です。公募再開時にLINEで最速通知しますので、今のうちに登録だけでも済ませておくことをおすすめします。なお、公募待ちの期間は中小企業省力化投資補助金（現在公募中・上限1,500万円）が代替候補として活用できます。
この場合、1,500万円の投資に対して自己負担は約550万円まで圧縮できます。補助金1本のみ（ものづくり補助金だけ）なら自己負担は700万円になるため、IT導入補助金を組み合わせることで約150万円の追加削減が実現できます。
製造業での最適な組み合わせが知りたい方は、LINEで業種と投資規模をお知らせください。すぐにご案内します。
飲食業の組み合わせ事例（従業員5〜50名・資本金5,000万円以下が目安）
飲食業は「設備投資（機器購入）＋集客投資（広告宣伝）」の組み合わせが特に有効で、複数の補助金制度を使いやすい業種のひとつです。
飲食業は厨房設備・内装・広告宣伝など経費の種類が多く、それぞれを異なる補助金に振り分けやすいという特徴があります。補助金HACK支援担当コンサルタントも「経費の種類が幅広いため、複数の補助金に経費を振り分けやすい業種」と説明しています。
- 新メニュー提供のための厨房機器購入：小規模事業者持続化補助金（上限200万円・補助率2/3・現在公募中）
- POSレジ・予約管理システム導入：IT導入補助金（上限450万円・補助率1/2〜3/4・現在公募中）
- 広告宣伝費・メニュー表制作：小規模事業者持続化補助金（補助対象範囲内）
- パート・アルバイトの賃金引き上げに伴う業務効率化投資：業務改善助成金（厚労省・上限600万円・現在公募中）
飲食業では「設備投資（機器購入）+ 集客投資（広告宣伝）」の組み合わせが特に有効です。ただし、補助金の上限額の範囲内での配分を公募要領で確認することが必要です。
飲食業での具体的な補助金の組み合わせをご確認したい方は、LINEで業態と投資内容をお知らせください。
小売業の組み合わせ事例（従業員5〜50名・資本金5,000万円以下が目安）
小売業は販路拡大と業務効率化を同時に進めやすく、持続化補助金とIT導入補助金の組み合わせが定番です。ECサイト構築と在庫管理システムを別経費として設計することで、2制度を並行活用できます。
- ECサイト構築・ネット販売開始：小規模事業者持続化補助金（上限200万円・補助率2/3・現在公募中）
- 在庫管理・POSシステム導入：IT導入補助金（上限450万円・補助率1/2〜3/4・現在公募中）
- スタッフのIT研修費：人材開発支援助成金（厚労省・現在公募中）
建設業の組み合わせ事例（従業員20〜300名・資本金3億円以下が目安）
建設業は重機・測量機器などの設備投資額が大きく、ものづくり補助金や省力化補助金との相性が良い業種です。施工管理システムの導入はIT導入補助金でカバーできるため、設備費と管理システム費を分離して設計するのが基本です。
- 重機・建設機械の更新：ものづくり補助金（次回公募未定・上限5,000万円・補助率1/2〜2/3）または中小企業省力化投資補助金（現在公募中）
- 施工管理・工程管理システム導入：IT導入補助金（上限450万円・補助率1/2〜3/4・現在公募中）
- 職人・技能者の資格取得・研修費：人材開発支援助成金（厚労省・現在公募中）
⚠️ ものづくり補助金は現在公募未定です（建設業）
公募再開時にLINEで最速通知します。公募待ちの期間は中小企業省力化投資補助金（現在公募中）が代替候補になります。LINEにてご相談ください。
建設業での最適な組み合わせをすぐに確認したい方は、LINEでご相談ください。
IT・サービス業の組み合わせ事例（従業員5〜100名・資本金1億円以下が目安）
IT業は自社でシステム対応できるケースが多いため補助金申請数は少ない傾向がありますが、新サービス開発・販路拡大・採用育成の場面で有効活用できます。
- 新サービス開発のためのシステム投資：IT導入補助金（現在公募中）または中小企業新事業進出補助金（2026年新設・上限3,000万円予定・次回公募未定）
- 採用・研修費用の一部：人材開発支援助成金（厚労省・現在公募中）
- 展示会出展・Webマーケティング：小規模事業者持続化補助金（上限200万円・補助率2/3・現在公募中）
IT・サービス業での補助金活用の考え方をLINEで確認したい方はこちらからどうぞ。
業種別・組み合わせパターン比較表
| 業種 | 組み合わせ例 | 目安の従業員規模 | ポイント |
|---|---|---|---|
| 製造業 | ものづくり補助金（次回公募未定）+ IT導入補助金 | 20〜300名 | 設備投資とシステム投資で経費を明確に分離 |
| 飲食業 | 持続化補助金 + IT導入補助金 | 5〜50名 | 機器購入・広告費と予約管理システムで分離 |
| 小売業 | 持続化補助金 + IT導入補助金 | 5〜50名 | ECサイトと在庫管理システムで経費を分離 |
| 建設業 | ものづくり補助金（次回公募未定）+ IT導入補助金 | 20〜300名 | 重機等の設備費と施工管理システムで分離 |
| IT・サービス業 | IT導入補助金 + 人材開発支援助成金 | 5〜100名 | 設備投資と人材育成で制度の根拠が異なる |
| 小規模事業者全般 | 持続化補助金 + 業務改善助成金 | 5〜20名 | 補助金（経産省）と助成金（厚労省）の組み合わせ |
各補助金の詳しい申請要件は、IT導入補助金の申請方法と採択のポイントおよび小規模事業者持続化補助金の完全ガイドで解説しています。
複数の補助金を同時申請する場合、申請順序はどう決めるべきか？
複数の補助金を同時に活用する場合、申請順序とスケジュール管理を誤ると補助対象外になるリスクがあります。
補助金は「公募開始 → 申請 → 採択 → 交付決定 → 事業実施 → 実績報告 → 入金」という流れが基本です。複数の補助金を同時に走らせる場合、それぞれの交付決定日と事業実施期間を把握しておくことが重要です。
補助金の電子申請はjGrants（経産省の補助金電子申請システム）から行うものが多く、申請状況の管理にも活用できます。
補助金申請から入金までの標準的な流れ
- 公募開始：公式ポータルで公募要領（補助金のルール説明書）が公開される
- 申請書類の作成・提出：電子申請システム（jGrants等）で提出
- 採択通知：公募締切から1〜3か月程度で通知
- 交付申請：採択後に交付申請書を提出
- 交付決定：交付決定通知が届いたあとに事業開始が可能
- 事業実施・経費支払い：補助対象経費を支払う
- 実績報告：事業完了後に証拠書類と実績報告書を提出
- 補助金入金：報告承認後3か月〜半年で入金（補助金HACK支援担当コンサルタント談）
⚠️ 実績報告から入金まで3か月〜半年かかります
補助金HACK支援担当コンサルタントによると「経営者の多くが『こんなに時間がかかるとは思わなかった』と言う」とのことです。複数の補助金を活用する場合、それぞれで資金が後払いになるため、つなぎ資金を手当しておく必要があります。日本政策金融公庫の融資との組み合わせを検討することも選択肢の一つです。
複数補助金のスケジュール管理チェックリスト
- 各補助金の公募締切日と交付決定予定時期を一覧化する
- 投資を実行する予定時期（発注・支払い予定日）を確認する
- 実績報告の期限を各補助金ごとに把握する
- 入金予定時期と自己資金の手当て計画を立てる
- 書類は補助金ごとにフォルダを分けて保管する
スケジュール管理が複雑に感じる場合は、LINE相談で最適なスケジュール提案が可能です。
補助金併用で自己負担を最小化するためのポイントは？
中小企業が補助金を複数同時に活用することは、対象経費が重複しない限り原則として可能です。この記事でお伝えした重要ポイントを振り返ります。
併用OKの原則
- 補助金ごとに対象経費を明確に分けること
- 制度の管轄省庁が異なる補助金・助成金は組み合わせやすい
- 各補助金の公募要領で「他の補助金との併用制限」の有無を確認する
必ず避けたいNGパターン
- 同一の経費を複数の補助金に申請する二重申請
- 交付決定前に発注・支払いを行うこと
- 計画書に記載した事業内容と異なる用途での経費申請
実務上の重要ポイント
- 実績報告から入金まで3か月〜半年かかるため、資金繰り計画を先に立てる
- 書類管理は補助金ごとにフォルダを分けて厳密に行う
- 計画書では「投資回収期間」を数値で明記する
製造業の事例でご紹介したとおり、1,500万円の投資でも補助金を2本組み合わせることで自己負担を550万円程度まで圧縮できるケースがあります。「どの補助金が使えるか」よりも「自社の投資計画にどの補助金をどう組み合わせるか」という視点で設計することが重要です。
補助金の申請書類の準備方法や採択のポイントについては、補助金申請書類の書き方完全ガイドもあわせてご覧ください。また、各補助金の最新公募状況は経済産業省の補助金・助成金一覧（公式）で確認できます。
⚠️ 2026年の新設制度は公募開始後に申請枠が埋まる可能性があります
中小企業新事業進出補助金・中小企業成長加速化補助金は2026年新設のため、公募開始直後から申請が集中することが想定されます。ものづくり補助金の次回公募についても同様です。公募開始の最速通知を受け取るために、今のうちにLINE登録だけでも済ませておくことをおすすめします。
まずはLINEの簡易診断で、御社の業種で使える補助金の組み合わせを確認してみてください。業種と投資規模を教えていただくだけで、担当者がすぐにご案内します。
さらに詳しく組み合わせ戦略を相談したい方は、個別相談でご対応します。業種・投資規模の概要を教えていただければ十分です。LINEからメッセージをお送りいただくと、原則24時間以内に担当者からご返信します。申請代行や書類の準備が必要かどうかについても、まずはお気軽にご相談ください。
よくある質問
補助金は複数同時に申請できますか？
補助金と助成金を同時に使うことはできますか？
IT導入補助金とものづくり補助金（次回公募未定）は同時に申請できますか？
交付決定前に事業を開始してしまった場合はどうなりますか？
自治体の補助金と国の補助金は併用できますか？
補助金の実績報告から入金までどのくらいかかりますか？
:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。
- 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
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