【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

# 補助金の併用OK・NGルールを整理｜中小企業の自己負担を圧縮する組み合わせ設計（支援800件・自社集計）

設備投資500万円を検討している製造業の経営者の方に、まず数字をお伝えします。

【簡易シミュレーション】設備費300万円＋システム費200万円の場合

投資内容	申請補助金	補助率	補助見込み額
設備費300万円	中小企業省力化投資補助金	1/2	150万円
システム費200万円	IT導入補助金（通常枠：最大450万円）	1/2	100万円
合計500万円	—	—	補助計250万円／自己負担250万円

※中小企業省力化投資補助金（カタログ型：機械200万円等が上限目安）・IT導入補助金は2026年5月時点で公募継続中。ものづくり補助金は次回公募未定。以下の試算は過去の公募要領をもとにした参考値です。個別の採択・受給を保証するものではありません。

補助金の併用（複数の補助金を同時期に申請・受給すること）を活用すれば、500万円の投資に対して自己負担を大幅に圧縮できる計算になります。

「補助金は同時に申請してもいいのか」「同じ機械に2つの補助金を使えるか」と疑問を持つ経営者の方は多いです。結論からお伝えします。補助金の同時申請は原則OKです。ただし、同一の経費に対して複数の補助金を重複申請することは禁止されています。

補助金HACKの支援担当者が累計800件・採択率80%（詳細は記事末尾の注記参照）の支援実績から得た知見をもとに、併用のOK・NGルール、典型的な組み合わせパターン、申請時の注意点をまとめます。製造業の経営者の方が特に迷いやすいポイントを中心に、経営判断として使える情報を提供します。

なお、支援事例は担当者確認済みの実例をもとに一部匿名化しています。

著者：補助金HACKライティングチーム｜補助金申請支援の実務担当者監修。累計800件・採択率80%（自社集計）の支援実績をもとに、経営判断に使える補助金情報を発信しています。

<a id="rule"></a>補助金の「併用」とは？複数申請の基本ルールを理解する

このセクションで分かること：補助金を複数使う際の大原則と、絶対に守るべき1つのルール

補助金の「併用」とは、複数の補助金・助成金を同時期に申請・受給することを指します。異なる事業目的・異なる経費に対して別々の補助金を活用することは、法令上も認められています。

多くの中小企業経営者が「補助金は1つしか使えない」と誤解していますが、これは事実ではありません。補助金HACKが支援した800件の申請案件の中でも、複数の補助金を組み合わせて自己負担を最小化したケースは珍しくありません。

ただし、1つだけ必ず守るべきルールがあります。それが「同一経費への二重申請の禁止」です。

補助金と助成金はどちらも「使える」のか？

補助金と助成金の違いも整理しておきましょう。

種別	主な所管	特徴	採択の仕組み
補助金	経産省・中小企業庁など	政策目的に沿った事業を後押し	審査あり・採択型
助成金	厚生労働省など	雇用維持・人材育成が中心	要件充足で原則受給可

補助金（採択型）と助成金（要件型）は財源も目的も異なるため、同一経費への重複がなければ、原則として併用可能です。たとえば、設備投資でものづくり補助金（中小企業の設備投資・生産性向上を支援する補助金）を使いながら、雇用関係の助成金を別途活用することは問題ありません。

この違いから、補助金（設備・事業投資）と助成金（雇用・人材）は目的・経費が重複しにくく、組み合わせやすいという特性があります。

自社は補助金を組み合わせて使えるか？簡易診断

以下の4つの質問に答えることで、補助金の複数活用が現実的かどうかをおおよそ判断できます。

質問	はい	いいえ
設備投資・IT化・人材育成など、複数の投資を今期・来期に検討している	複数補助金の組み合わせを設計できる可能性が高い	まず1本に絞って申請を検討
各補助金の対象経費が明確に分けられる（同じ機械・システムに二重申請にならない）	複数申請を進めてよい	経費の設計を見直す必要あり
従業員数20人以下、または資本金5,000万円以下の中小企業に該当する	多くの補助金の対象要件を満たしている	対象外の補助金がある可能性あり
申請書類の作成・管理を担当できる社内リソース、または専門家の依頼先がある	複数同時申請を現実的に進められる	まず1本から始めることを推奨

「はい」が3つ以上なら、複数補助金の組み合わせ設計を専門家と相談する価値があります。2つ以下の場合は、まず1本の補助金に集中して採択実績を作ることが近道です。

<a id="ok-pattern"></a>同時に申請してOKなパターンはどれか？

このセクションで分かること：よく見られる3つの組み合わせパターンと、経費を分ける設計の考え方

「経費の使途が重複していない」かつ「各補助金の要件を満たしている」場合、複数の補助金を同時活用できます。

支援現場でよく見られる、OKとなる典型的な組み合わせを紹介します。

パターン1：設備投資＋人材育成の組み合わせ

製造業の経営者の方に最も多いのが、設備投資系の補助金と人材育成系の助成金を組み合わせるケースです。

• 設備費：中小企業省力化投資補助金（カタログ型：機械200万円等が上限目安）などで補助
• 研修費・人材育成費：人材開発支援助成金（厚生労働省）で補助

設備投資と人材育成は経費の性質が異なるため、同一経費にはあたりません。両方の要件を満たしていれば、それぞれを申請できます。

パターン2：販路拡大＋IT化の組み合わせ

• 展示会出展・チラシ制作：小規模事業者持続化補助金で補助
• 受発注システム・クラウドツール：IT導入補助金（通常枠：最大450万円）で補助

販路開拓にかかる費用とITツール導入費は使途が明確に分かれるため、2つの補助金を同時申請できるケースがあります。

パターン3：新事業投資＋省エネ設備の組み合わせ

新たな事業領域への投資と、既存製造ラインの省エネ改修を同時に進める場合、それぞれ別の補助金が適用できる場合があります。

• 新事業への設備投資：2026年に後継制度が設けられる見込みですが、2026年5月時点では公式発表が限定的です。中小企業庁の公式サイトで最新情報をご確認ください。
• 省エネ設備：省エネ補助金（環境省・経産省系）で対応

重要なのは、「どの補助金でどの経費を補助するのか」を申請前に明確に設計することです。経費の色分けが曖昧なまま申請すると、審査時に問題が生じるリスクがあります。

組み合わせパターン	補助内容A	補助内容B	注意点
設備×人材	設備費（中小企業省力化投資補助金等）	研修費（人材開発支援助成金）	経費区分を明確に
販路×IT	広告・展示（持続化補助金）	システム（IT導入補助金・通常枠最大450万円）	同一ツールへの二重申請NG
新事業×省エネ	新設備費（後継制度：公式発表待ち）	省エネ改修費（省エネ補助金）	設備の目的を明確に

なお、自治体独自の補助金や日本政策金融公庫の融資と組み合わせることで、さらに自己負担を圧縮できるケースもあります。詳細は自治体補助金と政策金融公庫融資の活用事例をご参照ください。

<a id="ng-pattern"></a>絶対にやってはいけないNGとは何か？

このセクションで分かること：採択取消・不正受給になる3つの具体的なNG事例と、リスクを事前に防ぐ方法

補助金の不正受給・申請ミスで最も多いのが「同一経費への重複申請」と「交付決定前の発注・支払い」の2つです。

補助金HACKの支援担当者が現場で見てきた、採択後取消しになるパターンを3つ紹介します。

「同一経費への二重申請」とは何か？

同一経費への二重申請とは、1つの設備・システム・工事費に対して、2つ以上の補助金を重複して申請することを指します。

定義：補助対象となる同一品目・同一支払先の経費を複数の補助金申請に計上する行為。発覚時は採択取消・返還の対象となります。

NG1：同一経費への重複申請

正しくは：同じ機械・システムへの複数補助金の申請は禁止。対象経費を補助金ごとに明確に分けて設計する必要があります。

同じ機械・同じシステム・同じ工事費に対して、複数の補助金を申請することは禁止されています。発見されるタイミングは、主に交付申請時・実績報告時の審査段階です。

補助金は「国・自治体の公的資金」であり、同一経費への二重交付は公的資金の不適切な活用にあたります。発覚した場合は、採択取消のうえ既受給額の返還が求められ、場合によっては一定期間の申請資格停止処分が下されます。

補助金HACKの支援現場でも、「2つの補助金で同じ機械を申請しようとしていた」という相談が複数ありました。申請前の設計段階で専門家のレビューを受けることで、未然に防ぐことができます。

NG2：交付決定前の発注・支払い

正しくは：採択通知後すぐの発注はNG。交付決定（公募要領＝各補助金の申請・審査ルールをまとめた公式文書）が下りてから、発注・契約を実施してください。

採択通知を受け取った直後に設備を発注してしまい、交付決定前の支出として補助対象外になった事例が少なくありません。

採択はあくまで「補助金を交付する予定者に選ばれた」という段階であり、交付申請・審査を経て「交付決定」が下りて初めて、補助対象となる事業を開始できます。発注・契約のタイミングは必ず交付決定後に設定してください。

NG3：申請時の事業計画と異なる用途での使用

正しくは：採択後に内容を変更したい場合は、事務局への事前相談・承認が必須。無断変更は採択取消の対象です。

採択された事業計画書に記載した用途と異なる機械・システムを購入したり、申請内容と実態がずれた状態で実績報告をすることもNGです。採択後に事業内容を変更したい場合は、補助金事務局への事前相談・承認手続きが必要です。

「自社がこのリスクに該当するか」1分チェック

以下のいずれかに当てはまる場合は、申請前に専門家への確認を強く推奨します。

• 同じ設備・システムに対して複数の補助金を考えている
• 採択通知後すぐに発注・契約を進めようとしている
• 申請した事業計画書の内容と、実際に購入予定の機械・システムが変わってきた
• 補助金ごとの対象経費の解釈に自信がない

経費の重複申請を防ぐチェック方法

1. 申請する補助金ごとに、対象とする経費リストを別々に作成する
2. 2つのリストを並べて「同一の品目・同一の業者への支払い」がないか確認する
3. 確認できたら各補助金の事務局担当者または専門家に事前相談する

申請前に専門家のレビューを受けることが、後のトラブルを防ぐ最善策です。

LINE登録で補助金最新制度を即日通知、いつでも質問対応中です。採択取消リスクを事前につぶすために、まず無料で点検しましょう。

ネット上に多い補助金併用の誤情報とは？ {#misinformation}

補助金の情報はSNSやネット記事に誤情報が多く、誤った理解のまま申請して失敗するケースがあります。

誤情報1：「賃上げで補助金がもらえる」

正しくは：賃上げをすることで補助金そのものがもらえる制度は存在しません。賃上げを実施した企業に対して補助上限額が引き上がるインセンティブが設けられている補助金が一部あるという話です。賃上げ自体が受給要件ではありません。

誤情報2：「IT導入補助金でパソコンが買える」

正しくは：IT導入補助金はITツール（ソフトウェア・システム）の導入支援が主体で、パソコン単体は原則対象外です。ツール導入に付随するハードウェアとして対象になるケースはあります。

誤情報3：「事業再構築補助金が現在も募集中」

正しくは：事業再構築補助金は2024年（第12回公募）をもって終了しています。後継制度については2026年5月時点で公式発表が限定的であり、中小企業庁の公式サイトで最新情報を確認してください。

誤情報4：「複数の補助金を申請すると1つしかもらえない」

正しくは：異なる経費に対して異なる補助金を申請することは認められています。「複数申請すると審査で不利になる」という根拠もなく、適切に設計された複数申請は問題ありません。

誤情報5：「採択されれば補助金はすぐ受け取れる」

正しくは：補助金は「後払い」が原則で、入金は実績報告審査の通過後、さらに数か月後になるケースが一般的です。受給までの資金繰りについては、つなぎ融資や日本政策金融公庫の融資を活用することも有効な対策です。

補助金情報は一次ソースである各補助金の公式ポータルや、中小企業庁のミラサポplus（中小企業向けの補助金・支援施策を横断検索できる公式ポータル）で確認することを原則としてください。

<a id="seizogyo"></a>製造業が特に意識すべき補助金の組み合わせとは？

このセクションで分かること：金属加工・機械部品・電子機器など製造業の業種別に使いやすい補助金の組み合わせと、失敗事例から学ぶ注意点

製造業の中小企業では、設備の老朽化・省人化・新分野展開という3つの課題に対して、それぞれ別の補助金を当てはめる組み合わせ設計が有効です。

製造業のよく使われる補助金の組み合わせを整理します。

課題	活用しやすい補助金	補助率の目安	上限額の目安	公募状況（2026年5月時点）	業種別の適合例
機械・設備の更新	中小企業省力化投資補助金	1/2〜2/3	機械200万円等（カタログ型）	公募中	金属加工・機械部品・電子機器
IT・デジタル化	IT導入補助金	1/2	通常枠：最大450万円	公募中	受発注システム・生産管理ツール導入
人材採用・育成	人材開発支援助成金（厚労省）	1/2〜3/4	制度による	随時受付	技能工の育成・OJT推進
販路開拓	小規模事業者持続化補助金	2/3	上限200万円	公募中（最新回は公式サイトで確認）	展示会出展・カタログ制作
省エネ・環境対応	省エネ補助金（経産省系）	1/3〜1/2	制度による	公募中（最新回は公式サイトで確認）	省エネ設備・高効率機器への更新
新分野への進出	後継制度（公式発表待ち）	未定	未定	未定	異業種展開を検討する製造業全般

※事業再構築補助金の後継制度については2026年5月時点で公式発表が限定的です。「2026年に後継制度が設けられる見込みですが、現時点では未確定」として認識し、中小企業庁の公式サイトで最新情報をご確認ください。

補助金HACKが支援した案件の中に、埼玉県の鋼材精密加工メーカー（支援案件・本人同意のうえ社名を匿名化）が新ラインの増設を進めながら、並行してIT導入補助金での受発注システム刷新を計画したケースがあります。2つの経費が明確に分かれていたため、複数補助金の同時活用が可能と判断しました。

また、LINEでリアルタイムに届く新制度情報は、公式発表から申請準備まで時間が短いケースが多く、情報鮮度と即時相談の体制が採択率に直結します。

製造業での失敗事例：「機械制御ソフト」の経費区分ミスによる不採択

ある金属加工メーカー（従業員12名・関東圏・本人同意のうえ一部匿名化）が、NC旋盤（数値制御で金属を自動切削する工作機械）の導入費用を中小企業省力化投資補助金で、機械操作のためのCAMソフト（機械加工の手順をコンピューターで自動設計するソフトウェア）をIT導入補助金で、それぞれ申請しようとした事例があります。

この計画が問題となったのは、CAMソフトが「機械の制御に不可欠な付属ソフトウェア」として機械本体と一体の設備費と判断される可能性があったためです。IT導入補助金（業務効率化のためのITツール・ソフトウェア導入を支援する補助金）の対象は「業務効率化のためのITツール」であり、特定の機械に紐付くソフトウェアとは性格が異なります。

公募要領（各補助金の申請・審査ルールをまとめた公式文書）と事務局への事前確認なしに申請を進めた結果、IT導入補助金の審査で「ソフトウェアの用途・独立性が不明確」として不採択になりました。申請前に各補助金の公募要領と事務局への問い合わせで経費の性質を確認していれば、防げた失敗です。

この事例から学べることは、機械・設備費とソフトウェア費の境界線が曖昧な場合、必ず事務局または専門家に事前確認するという原則です。

製造業集積エリア別の自治体補助金の代表例

地域	自治体補助金の代表例	特徴
愛知県	あいち中小企業応援ファンド助成事業など	自動車関連・機械部品向けが多い
大阪府	大阪府中小企業・小規模企業振興関連補助金	金型・精密加工業向けが中心
埼玉県	埼玉県中小企業支援補助金など	首都圏製造業全般に対応

※自治体補助金は年度・予算状況により内容が変わります。各自治体の公式サイトで最新情報をご確認ください。

補助金と税制優遇の組み合わせはできるのか？

このセクションで分かること：補助金と税額控除・特別償却の組み合わせに関する基本的な考え方

補助金と税制優遇（税額控除・特別償却）の同時活用は可能ですが、税務処理が複雑になるため、税理士・公認会計士との連携が不可欠です。

圧縮記帳とは：補助金額を資産取得価額から差し引き、課税タイミングを後年に繰り延べる税務処理のことです。補助金を受給した年の税負担を抑える効果がありますが、後年の減価償却額も減少するため、総合的な税負担の比較が必要です。

複数補助金を受給した場合、どの補助金分から先に圧縮記帳を適用するかで翌年以降の減価償却額と税負担が変わります。受給年が重なるケースでは特に、税理士との事前シミュレーションが重要です。詳細な適用優先順位や数値例については補助金受給時の圧縮記帳・税制優遇の活用ガイドをご参照ください。

<a id="flow"></a>複数の補助金を申請する順序とタイミングはどう決めるか？

このセクションで分かること：申請スケジュールの設計手順と、時期別の採択率傾向

複数の補助金を同時期に申請する場合、各補助金の公募スケジュールと採択・交付決定のタイミングをあらかじめ整理した上で、申請順序を設計することが必要です。

複数補助金の同時申請：5ステップ準備フロー

1. 活用を検討している補助金の公募スケジュールを一覧化する（成果物：補助金スケジュール一覧表）
2. 各補助金の「採択通知時期」と「交付決定時期」を確認する（成果物：交付決定予定日リスト）
3. 補助対象とする経費（設備発注・契約）のタイミングと照合する（成果物：経費・発注タイミング対応表）
4. 書類作成・申請の作業量を見積もり、社内リソースで対応できるか判断する（成果物：申請体制の可否判断）
5. 対応困難な場合は専門家への依頼範囲を決める（成果物：専門家との役割分担表）

採択率80%の背景：支援件数・傾向データ

補助金HACKの支援実績データ（自社集計）

指標	数値	備考
支援件数（N）	800件	2026年5月時点・累計
全体採択率	80%	自社集計・個別案件の採択を保証するものではない
製造業・設備投資系の構成比	約60%	省力化・IT化の組み合わせ申請が中心
製造業・設備投資系の採択率傾向	全体平均を上回る水準	業種・投資内容の親和性が高い案件ほど採択率が高い傾向

※採択率は自社集計値であり、業種・投資金額・事業計画の質によって大きく異なります。個別の採択を保証するものではありません。

時期別の採択率傾向

時期	採択率の傾向	理由
4〜7月（第1回）	高め	年度始まりで予算残額が多い
8〜11月（中盤）	標準的	各補助金の回によりばらつきあり
12〜3月（年度末）	やや低め	予算消化が進み枠が絞られるケースあり

複数の補助金を同時期に申請する場合、それぞれの締切・書類要件・事業計画の整合性を一元管理することが求められます。管理が煩雑になると書類のケアレスミスや提出漏れにつながるため、専門家への依頼も含めて早めに体制を整えることを推奨します。

関連記事：IT導入補助金の申請スケジュールと流れを解説／小規模事業者持続化補助金の申請準備ガイド／中小企業省力化投資補助金の対象と活用事例

自社申請と専門家依頼、複数申請時はどちらが現実的か？

このセクションで分かること：補助金を複数同時申請する際の自社対応と専門家依頼の判断基準、および専門家選びの注意点

補助金を複数同時申請する場合、自社のみでの対応は作業量・専門知識の両面で難しくなるケースが多く、専門家との役割分担を最初から検討することが現実的です。

補助金HACKの支援現場では、「自社または別業者で申請して不採択になり、セカンドオピニオンとして相談に来た経営者が採択されるパターン」が一定数あります。不採択の原因として特に多いのは以下のとおりです。

• 書類のケアレスミス・添付漏れ
• テンプレートや採択事例の転用（整合性が崩れて不採択になる）
• AIに事業計画書を全文一気に作成させたことによる論理の矛盾
• 補助金事務局とのコミュニケーションのずれ

特に「AIに全部書かせると整合性が崩れて落ちる」という点は注目に値します。AIツールは各セクション（自社概要・市場動向・課題・強み・補助事業内容）ごとに活用し、都度内容の整合性を確認しながら進めることが推奨されます。

自社対応と専門家依頼の判断基準

判断軸	自社対応が向く場合	専門家依頼が向く場合
補助申請額	〜50万円程度	500万円以上
申請する補助金の数	1本	2本以上の同時申請
社内の申請実績	申請経験あり	初めて or 不採択経験あり
事業計画書の複雑さ	シンプルな設備購入	新事業・業態転換を含む
担当者の工数	余裕あり	本業との兼務が厳しい

補助金の専門家への依頼にかかる費用は、一般的に着手金5〜20万円・成功報酬として採択額の10〜20%程度が目安です（業者・補助金の種類によって異なります）。補助額が大きいほど、専門家報酬を払っても自己負担が大幅に減る計算になります。

まとめ：補助金の併用は設計次第で強力な資金調達手段になる

補助金を複数組み合わせることは、中小企業にとって自己負担を最小化しながら設備投資・事業拡大を進める有力な手段です。本記事のポイントを改めて整理します。

• 補助金の同時申請は原則OK。同一経費への二重申請だけが禁止
• 補助金（採択型）と助成金（要件型）は財源・目的が異なり、要件を満たせば併用可能
• 製造業では「設備投資系×IT系×人材育成系」の3層設計が有効
• 税制優遇との組み合わせは、税理士との連携が必須
• 年度始まりの公募は採択率が高い傾向（補助金HACK調べ）
• 複数申請では書類ミスが起きやすく、専門家への依頼を早めに検討することが現実的
• 交付決定前の発注・支払いは補助対象外になる点を徹底して守る
• 補助金受給は後払いが原則。つなぎ融資・日本政策金融公庫の活用で資金繰りを補完する方法も検討を
• ネット上には「複数申請すると1つしかもらえない」「採択後すぐ受け取れる」などの誤情報が多い

補助金の組み合わせ設計は、経費の区分方法・申請タイミング・税務処理まで含めた総合的な計画が求められます。御社の業種・規模・投資計画に合わせてどの補助金をどう組み合わせるべきか、まずは自己負担額のシミュレーションから確認することをお勧めします。

本記事の補助金情報は2026年5月時点の公開情報を基に作成しています。各補助金の公募状況・補助率・上限額は変更される場合があります。申請前に必ず各補助金の公式ポータルで最新情報をご確認ください。

累計800件・採択率80%（自社集計）の支援実績から、自己負担額を具体的に試算します。LINE登録で新制度の即日通知・いつでも質問対応も利用できます。

※ものづくり補助金は2026年5月時点で次回公募未定のため、過去要領をもとにした参考値です。個別の採択・受給を保証するものではありません。

2ステップのアクションフロー

1. まずLINE登録→ 補助金診断ツールを受け取り、新制度情報をリアルタイムで確認する
2. 次に個別相談（30分・無料・オンライン）→ 自己負担額シミュレーション・使える補助金の候補リスト・組み合わせ設計案を30分で整理する

記事末尾の注記（免責・定義）

• 採択率80%について：補助金HACK自社集計・2026年5月時点・N＝800件（Nは累計支援件数の総数）。製造業・設備投資系（省力化・IT化）の組み合わせ申請が件数の約60%を占め、この層での採択率は全体平均を上回る水準です。業種・投資内容・事業計画の質によって個別の採択率は異なります。個別の採択を保証するものではありません。
• 補助金情報の鮮度：本記事は2026年5月時点の公開情報をもとに作成しています。各補助金の公募状況・補助率・上限額は変更される場合があります。申請前に必ず各補助金の公式ポータルで最新情報をご確認ください。
• 後継制度について：事業再構築補助金の後継として2026年に新制度が設けられる見込みですが、2026年5月時点では公式発表が限定的です。中小企業庁の公式サイトで最新情報をご確認ください。
• 支援事例の取り扱い：本記事に掲載している支援事例は、担当者確認済みの実例をもとに本人同意のうえ一部匿名化しています。

よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

• 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
• 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
• 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
• 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

:::