【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

※この記事の情報は2026年5月時点のものです。補助金の公募状況は随時変動するため、申請前に必ず各補助金の公式サイトでご確認ください。

取材協力：黒江遼氏（補助金申請支援専門家・補助金HACK提携アドバイザー）。800件の申請支援実績を持ち、うち640件が採択（採択率80%）。本記事は黒江氏への取材をもとに補助金HACKが作成しました。

対象地域：全国（一部補助金は地域要件あり）

# 補助金の併用【中小企業向け】OKパターン・NGパターンを専門家が解説

補助金HACKは2026年新制度（新事業進出補助金・成長加速化補助金）に即時対応済みです。

「補助金は1社1制度しか使えない」と思っていませんか？　実はこの思い込みが、数百万円の資金調達機会を逃す原因になっています。正しくルールを理解すれば、複数の補助金を組み合わせて活用することは合法的に可能です。

一方で、「採択通知が来たからすぐ発注した」「同じ設備を2つの補助金に計上してしまった」という取消事例も実際に起きています。経費管理のルールを知らずに申請するのは、思わぬリスクを抱えることになります。

この記事では、【専門家取材：支援800件・採択率80%の黒江氏に聞く】補助金の併用ルールと実践的な申請戦略を解説します。「どんな場合に併用OKで、どんな場合はNGなのか」を具体例つきで整理しますので、複数の補助金を検討している経営者の方はぜひ申請前にご確認ください。

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補助金の「併用」とは？中小企業が知っておくべき基本ルール

補助金の併用とは、複数の補助金に同時に申請・採択されること、または異なる経費に対してそれぞれ別の補助金を受給することを指します。

「補助金は1社1制度しか使えない」という誤解を持つ経営者の方は少なくありません。しかし実際には、適切に経費を分けて管理すれば、複数の補助金を合法的に活用することができます。

重要なのは「同一の経費に二重に補助金を受けない」というルールです。このルールを守ることが、補助金を複数活用する際の大前提となります。

併用の基本ルール3つ

補助金を複数活用する際に守らなければならない基本ルールを整理します。

1. 同一経費への重複受給禁止：1つの経費に対して複数の補助金を受け取ることはできない
2. 各補助金の公募要領（補助金ごとに定められた申請ルールや審査基準をまとめた文書）の確認：補助金によっては「他の補助金との併用禁止」が明記されているケースがある
3. 交付決定後の着手：補助事業は交付決定（採択ではない）が下りた後でなければ開始できない

製造業経営者の具体的シナリオ：旋盤500万円＋生産管理システム200万円の場合

製造業で「旋盤を新規導入（500万円）」と「生産管理システムの導入（200万円）」を同時に検討しているケースで、補助金をどう組み合わせるかを整理します。

• 旋盤500万円：ものづくり補助金を適用。補助率1/2、補助上限額750万円のため、最大250万円の補助。自己負担：250万円
• 生産管理システム200万円：IT導入補助金を適用。補助率1/2、補助上限額350万円のため、最大100万円の補助。自己負担：100万円
• 合計自己負担の目安：350万円（補助金受給総額350万円）
• 入金タイミング：両補助金ともに実績報告（事業完了後の支出証明書類の提出）の審査を経て入金。申請から入金まで1年〜1年半程度を見込む必要があります。なお実績報告から入金までは3〜6か月かかるのが通常です。発注から入金までの間は全額自己資金で立て替える点に注意してください。

自己負担額シミュレーション：補助率別の実例計算

補助金の「補助率」とは、補助対象経費に対して支給される補助金の割合です。補助率が高いほど自己負担が減ります。以下の表で、代表的な3パターンを確認してください。

補助率	投資総額	補助金額	自己負担額	該当する主な補助金
50%（1/2）	1,000万円	500万円	500万円	ものづくり補助金、IT導入補助金
2/3（約67%）	300万円	200万円	100万円	小規模事業者持続化補助金（上限200万円）
3/4（75%）	200万円	150万円	50万円	小規模事業者持続化補助金（賃金引上げ枠など）

補助金別の主要スペック（2026年5月時点）

補助金名	補助上限額	補助率	採択率の目安
ものづくり補助金	750万円〜（枠によって異なる）	1/2（小規模事業者は2/3）	40〜50%程度（※1）
IT導入補助金	350万円	1/2以内	60〜70%程度（※1）
小規模事業者持続化補助金	50万円〜200万円（枠による）	2/3〜3/4	難化傾向（要注意）
中小企業成長加速化補助金（2026年新設）	公式サイトで要確認	公式サイトで要確認	※2

※1 採択率は各補助金事務局が公開する採択結果報告書をもとにした目安です。公募回・申請時期によって変動します。

※2 中小企業成長加速化補助金の採択率については後述の注記をご参照ください。

※補助上限額・補助率はいずれも枠や要件によって変動します。申請前に必ず各補助金の公式サイトで最新の公募要領をご確認ください。

補助金の併用OKパターン：どんな組み合わせが認められるか

補助金の併用が認められるのは、それぞれの補助金で「異なる経費・異なる事業」を対象にしている場合です。

たとえば、製造業の経営者が生産設備の刷新と社内の業務管理システム導入を同時に進めるケースを考えます。このとき、生産設備にはものづくり補助金、業務管理システムにはIT導入補助金をそれぞれ充てることは、経費を明確に分けて管理する限り適法です。

複数の補助金に同時申請する場合は、経費の分離が適切にできているかを申請前に必ず確認してください。

代表的なOK組み合わせパターン

組み合わせ	対象経費（A）	対象経費（B）	ポイント
ものづくり補助金 × IT導入補助金	製造設備・工作機械	業務管理システム・SaaS（インターネット経由で利用するソフトウェアサービス。初期費用が低くIT導入補助金の対象になりやすい）	対象経費が明確に分かれる
持続化補助金 × IT導入補助金	チラシ・広告宣伝費	POSレジ・受発注システム	飲食・小売で活用されやすい
持続化補助金 × 雇用関係助成金	設備・広告	採用・研修費用	管轄が異なる（経産省×厚労省）
ものづくり補助金 × 省エネ補助金	製造ライン全体	省エネ設備（コンプレッサー等）	省エネ設備を明確に分離する必要あり

補助金申請を800件以上支援してきた黒江氏によると、「製造業は既存機械の入れ替えと業務効率化システムの導入という2パターンが典型的。この2つはほぼ経費が重複しないので、組み合わせやすい」とのことです。

補助金と助成金（厚労省系）の併用について

「補助金」と「助成金（雇用・人材育成を目的に厚生労働省が管轄する制度）」は、管轄省庁が異なるため併用できるケースが多くあります。たとえば、持続化補助金（経産省系）で広告宣伝費を申請しながら、雇用調整助成金や人材開発支援助成金（厚労省系）を同時に活用する組み合わせは、対象経費が重複しない限り認められます。

補助金と助成金の同時申請を検討する際は、各制度の公募要領で「他制度との重複禁止」の有無を必ず確認してください。一部の助成金では禁止が明記されている場合があります。

業種別の典型的な併用パターン

製造業・飲食業・IT業では、補助金の活用傾向が異なります。

製造業（二代目社長が特に多いケース）

• ものづくり補助金で生産設備（旋盤・マシニングセンタ等）を刷新
• IT導入補助金で在庫管理・生産管理システムを導入
• 設備と情報システムは経費が明確に分離しやすく、複数申請しても重複リスクが低い

飲食業

• 持続化補助金でメニュー表・広告宣伝費・厨房機器を申請
• IT導入補助金でPOSレジや予約管理システムを申請
• 黒江氏は「飲食業は補助金の申請件数が業種別で最も多い。お金がかかる業種なので使いやすい」と語っています

小売・サービス業

• 持続化補助金で店舗改装費・広告宣伝
• 雇用調整助成金などの助成金と組み合わせてトータルコスト削減

小規模事業者持続化補助金の併用パターン

小規模事業者持続化補助金は、他の補助金と経費が重複しない限り、複数の補助金と組み合わせることができます。たとえば持続化補助金でウェブサイト制作費・広告宣伝費を申請しつつ、IT導入補助金で予約・受発注システムを申請するパターンは、飲食業・小売業で特に活用されています。複数の補助金に同時申請する際は、各補助金の公募要領で「他補助金との重複禁止」の有無を必ず確認してください。

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補助金の併用NGパターン：避けるべき行為と修正案

補助金の併用で最も厳しく禁止されているのが「同一経費への重複計上」です。これは採択取消・返納命令の最大の原因になります。

ルールを正しく理解するために、NG例と修正案を対比形式で確認してください。

NGと修正案の対比

パターン1：同一機械に2つの補助金を計上する

• NG例：100万円の機械を導入する際に、ものづくり補助金から50万円・IT導入補助金から50万円を受け取るよう申請する
• なぜNG：1つの経費に対して2つの補助金を重ねており、補助率を超えて受給しようとする行為
• 修正案：「100万円の機械はものづくり補助金のみに計上。IT導入補助金は別途購入する生産管理ソフト（50万円）を対象にする」と経費を分離する

パターン2：同一事業をA補助金とB補助金の両方に申請する

• NG例：新製品開発プロジェクトをものづくり補助金でも事業再構築補助金（現在は公募終了）でも申請する
• なぜNG：同一の事業目的・経費に対して二重に申請している
• 修正案：「新製品開発の製造設備費はものづくり補助金、新事業の市場開拓費は別の補助金」と事業・経費を切り分ける

パターン3：交付決定前に発注・支払いをする

• NG例：採択通知を受けてすぐに機械メーカーへ発注・入金する
• なぜNG：交付決定（採択後の審査を経て正式に補助金交付が確定する手続き）が下りる前の支出は補助対象外
• 修正案：「採択通知を受けたら、まず交付申請を提出→交付決定通知を確認してから発注」という順序を守る

その他、避けるべき行為リスト

• 補助金申請の際に「使途の実態」と異なる事業計画を記載する
• 採択後に計画内容と異なる経費に流用する

NGになりやすい誤解のパターン

誤解	実態
「採択されたらすぐ発注してよい」	交付決定後でなければ補助対象外になる
「一つの機械に2つの補助金を使える」	同一経費への重複は全額返納の対象になる
「採択された事業の内容は後で変えられる」	変更には事前の事務局相談・変更承認が必要
「補助金を受け取れば後は自由に使える」	実績報告（事業完了後に支出内容を報告する手続き）・証憑（領収書等の支出証明書類）管理・目的外利用禁止が続く
「同じ補助金を毎年使い続けられる」	同一補助金の再取得は通りにくい（黒江氏談）

あなたの補助金併用は適切か？3ステップで確認

1. 経費は分かれているか？　→　同一の設備・サービスに2つの補助金を計上していない場合は次へ
2. 交付決定後に着手できるか？　→　採択通知ではなく交付決定通知の確認後に発注できる場合は次へ
3. 各補助金の公募要領で「他補助金との重複禁止」がないか？　→　禁止の記載がなければ、併用申請を進められる可能性が高い

上記3点がすべてクリアできていれば、併用申請の土台は整っています。不安な点がある場合は、まず経費の分離状況を専門家に確認することをお勧めします。

同一経費NG・二重申請を防ぐための経費管理の実務

複数の補助金を申請する際に不可欠なのが「経費の明確な分離管理」です。帳簿上でどの経費がどの補助金に対応するかを明記しておくことが、後の監査・実績報告でのトラブル防止につながります。

補助金は「後払い」が原則です。事業を実施して経費を支払い、実績報告（事業完了後に支出内容や事業成果を補助金事務局に提出する手続き）を提出して初めて補助金が入金されます。実績報告の段階で経費の根拠が不明確だと、補助金が減額または不支給になるリスクがあります。

経費管理の基本ステップ

1. 申請前の経費仕分け：どの経費をどの補助金に計上するかを一覧表で整理する
2. 発注前の確認：交付決定日を確認し、それ以降の発注・契約であることを記録する
3. 証憑（領収書・請求書・振込明細など支出を証明する書類）の分類保管：補助金ごとにフォルダを分けて保管する
4. 帳簿記載の明示：「〇〇補助金対応経費」と摘要欄に記載しておく
5. 実績報告書への正確な転記：申請書の事業内容と実際の支出が一致しているかを確認する

実績報告から入金までのタイムライン

補助金支援を行う黒江氏は、「経営者の多くが『こんなに時間がかかるとは思わなかった』と言う」と指摘します。実績報告を提出してから入金されるまで、3か月〜半年かかるのが通常です。申請から採択まで2〜4か月、採択から交付決定まで1〜2か月、事業実施・実績報告を経て入金まで3〜6か月となり、申請開始から入金まで合計で1年〜1年半程度を見込んでください。

複数の補助金を同時に進める場合、それぞれの報告・入金タイミングがずれることも多く、資金繰りへの影響を事前に試算しておくことが重要です。

実践的な申請戦略：申請順序・タイミングの考え方

複数の補助金に同時申請する場合の順序の設計

複数の補助金を活用する場合、申請の順序とタイミングの設計が重要です。特に「採択率が高い補助金から先に固める」戦略が有効です。

黒江氏によると、採択率は補助金の種類・申請時期・申請金額によって大きく変わります。たとえば「年度始まり（4〜7月）の第1回公募は採択率が高い傾向がある」「50万円以下の小規模申請は、目的・内容・書類が揃えばよっぽど通る」とのことです。

逆に「冬・年始は予算消化で枠が絞られやすい」という傾向もあります。補助金ごとの公募スケジュールを確認しながら、申請の優先順位を判断することが大切です。

補助金別の採択率目安と申請タイミングの特徴

補助金名	補助上限額	補助率	採択率の目安	申請タイミングの特徴
中小企業成長加速化補助金（2026年新設）	公式サイトで要確認	公式サイトで要確認	※下記注記参照（黒江氏支援実績では90%以上）	新設制度は初期ほど通りやすい傾向
IT導入補助金	350万円	1/2以内	60〜70%程度（※1）	年2〜3回公募、IT事業者登録が必要
小規模事業者持続化補助金	50万円〜200万円（枠による）	2/3〜3/4	難化傾向（要注意）	年複数回、競争率が上昇している
ものづくり補助金	750万円〜（枠による）	1/2（小規模は2/3）	40〜50%程度（※1）	次回公募については公式サイトで要確認

※1 採択率は各補助金事務局が公開する採択結果報告書をもとにした目安です。公募回・申請時期によって変動します。

書類作成にかかる時間と手間の目安

複数の補助金を並行して申請する際は、書類作成の負荷を事前に把握しておくことが重要です。

補助金の申請書類作成には、1件あたり1か月・30時間程度を見込んでください。複数の補助金に同時申請する場合は、締切が重なると負荷が集中します。月単位でスケジュールを分散し、1か月に1件の申請を仕上げるペースを基本にすることをお勧めします。

書類作成の主な工数は以下の通りです。

• 事業計画書の作成（現状分析・課題・補助事業の内容・数値目標）：15〜20時間
• 添付書類の収集・整理（決算書・登記簿謄本・見積書など）：5〜10時間
• 申請システムへの入力・確認：3〜5時間

複数補助金の申請を一人の担当者で回そうとすると、書類不備・添付漏れが発生しやすくなります。黒江氏は「添付書類のケアレスミスや忘れは不採択の典型的な原因のひとつ」と指摘しています。人員体制または外部支援の検討も視野に入れてください。

複数補助金の申請スケジュール設計のポイント

複数の補助金を並行して進める際のスケジュール設計で意識すべきポイントを整理します。

1. 公募期間の重複確認：同じ時期に締切が重なる場合、書類作成の負荷が集中する
2. 交付決定タイミングの分散：補助金ごとに交付決定が出るタイミングが異なるため、発注時期の調整が必要
3. 実績報告のバッファ確保：実績報告は補助金ごとに提出が必要で、担当者のリソース管理が重要
4. 採択率が高い補助金を先行：確実性の高い補助金から着手して資金計画の安定性を高める

2026年新制度への対応：事業再構築補助金終了後の選択肢

補助金HACKが2026年4〜5月に独自確認した最新情報です。　インターネット上には古い情報が残存しているケースがあるため、以下の内容は一次ソースと照合済みの情報としてご参照ください。

事業再構築補助金は2024年をもって公募が終了しています（中小企業庁公式サイト参照）。インターネット上には「事業再構築補助金が使える」という情報が銀行のウェブサイトやAI生成記事に残存しているケースがありますが、現在は申請できません。

新事業への展開や事業転換を検討している方向けの後継制度として、中小企業新事業進出補助金と中小企業成長加速化補助金が2026年の主要制度となっています。

• 中小企業新事業進出補助金：新分野展開・業態転換を支援。公式情報は中小企業庁公式サイトでご確認ください（補助金HACKでは公式URLが確定次第、詳細ページへのリンクを追加予定です）
• 中小企業成長加速化補助金：成長投資を後押しする制度。公式情報は中小企業庁公式サイトでご確認ください（採択率については前述の注記をご参照ください）

補助金HACKでは、これらの新制度に対応した申請支援・情報提供を行っています。新制度の最新情報は随時更新していますので、LINEにてお気軽にお問い合わせください。

補助金の併用・複数同時申請に関するよくある質問

Q1. 採択から入金まで、実際どれくらいの期間がかかりますか？

申請から採択まで2〜4か月、採択から交付決定まで1〜2か月、事業実施・実績報告を経て入金まで3〜6か月が目安です。申請開始から入金まで合計で1年〜1年半程度を見込んでください。なお実績報告から入金までの3〜6か月は別途かかるため、申請全体のタイムライン（1年〜1年半）と混同しないようご注意ください。

Q2. 個人事業主でも複数の補助金を同時に申請できますか？

はい、できます。個人事業主だからといって補助金が使えないという制度はほぼありません。ただし各補助金の対象要件（従業員数・業種・資本金など）を満たしている必要があります。

Q3. 法人成りしたばかりの会社でも申請できますか？

補助金によっては設立後一定期間（1〜2年）の決算書を求めるものがあります。設立直後の場合は対象外になる補助金もあるため、公募要領で要件を確認してください。

Q4. 複数の補助金に申請して、すべて落ちた場合のリスクは何ですか？

申請自体に費用はかかりません（専門家に依頼する場合は別途費用が発生します）。ただし書類作成にかけた時間・工数は回収できないため、採算を考えた申請戦略が重要です。

Q5. 補助金の「採択率」はどこで確認できますか？

各補助金の事務局が公開する採択結果報告書に記載されています。ものづくり補助金・IT導入補助金・持続化補助金はそれぞれ公式サイトで公表されています。

Q6. 同一年度に同じ補助金を2回申請することはできますか？

同一年度内に同じ補助金へ2回申請すること自体は禁止されていませんが、年度内に採択済みの場合は再申請できない補助金もあります。公募要領で「採択済みの場合の扱い」を確認してください。

Q7. 補助金申請を専門家に依頼する場合の費用相場はどのくらいですか？

業界一般的な相場として、着手金と成功報酬の組み合わせが多く、成功報酬は補助金額の10〜20%程度です。たとえば補助金500万円が採択された場合、成功報酬は50〜100万円が目安となります。補助金HACKの費用については自社料金が確定次第LINEでご案内します。まずはお気軽にご連絡ください。（編集メモ：自社料金確定後にこのFAQを更新してください）

まとめ：補助金の併用は「経費管理」と「ルール確認」が成功の鍵

中小企業が補助金を複数同時に活用することは可能ですが、成功するためには以下の点を徹底することが重要です。

この記事で整理した重要ポイント

• 補助金の併用は「同一経費への重複受給禁止」さえ守れば原則OK
• 経費を補助金ごとに明確に分離して管理することが前提条件
• 採択 ≠ 交付決定。交付決定後に発生した経費だけが補助対象
• 持続化補助金など「かつて通りやすかった補助金」は難化が進んでいる
• 実績報告から入金まで3〜6か月、申請開始から入金まで1年〜1年半かかるため資金繰りの事前設計が必要
• 事業再構築補助金（2024年で公募終了）をいまだに「使える」と案内する誤情報に注意

補助金申請支援を累計800件手がけた黒江遼氏は、「セカンドオピニオン需要は多い。自社や別の業者で不採択になった後に相談に来て採択された事例は珍しくない」と語っています。「一度落ちたから諦める」のではなく、不採択の理由を分析して再挑戦することが採択への近道です。

複数の補助金を効果的に組み合わせて活用するためには、自社の投資計画・資金繰り・申請スケジュールを俯瞰的に設計することが大切です。

あなたの状況に合わせて、次のステップを選んでください。

• まず自社が使える補助金を確認したい方　→　補助金診断レポート（候補補助金3件・自己負担概算）を受け取る
• 申請書類の作成を専門家にサポートしてほしい方　→　個別相談で申請戦略を設計する
• 過去に落ちた補助金の原因を知りたい方　→　個別診断で不採択の理由を分析する

複数の補助金を効果的に組み合わせるための経費分離の方法や申請スケジュールの具体的な設計については、以下の関連記事もあわせてご確認ください。

ものづくり補助金 完全解説 製造業の設備投資・システム導入に使えるものづくり補助金の対象要件・補助率・申請の流れを詳しく解説しています。

IT導入補助金 完全解説 ITツール・SaaS導入を支援するIT導入補助金の枠の選び方・採択率・申請タイミングを網羅しています。

小規模事業者持続化補助金 完全解説 個人事業主・小規模法人が活用できる持続化補助金の枠の選び方・採択のコツ・申請の流れを詳しく解説しています。

よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

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