【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理

# 補助金の併用は中小企業でも可能！OK・NGパターンと組み合わせ事例【2025年版】

「補助金を1つ申請しているけど、別の補助金も同時に使えないだろうか」と考えたことはありませんか？

結論からお伝えすると、中小企業は補助金を複数同時に申請・受給することが可能です。ただし、「同一経費に対して複数の補助金を重複適用すること」は禁じられています。この前提を理解したうえで組み合わせれば、投資負担を大幅に下げられます。

本記事では、補助金HACKの支援現場で蓄積してきた知見をもとに、併用OKのパターン・NGのパターン・典型的な組み合わせ事例・申請順序のコツを整理します。

【忙しい経営者向け・3分版】この記事の最重要5ポイント

• 中小企業が複数の補助金を同時申請・受給することはルールを守れば可能
• 同一経費への二重適用はNG。異なる経費・事業に分ければ複数活用できる
• 製造業なら「ものづくり補助金（設備費）＋IT導入補助金（システム費）」が典型的な組み合わせ
• 交付決定が出るまで発注・支払いは禁止。採択通知とは別の手続きなので混同しないこと
• 複数補助金の並行管理はスケジュールが複雑になるため、申請前に経費の割り当てを整理しておく

補助金の「併用」とは？中小企業が知っておくべき基本ルール

補助金の「併用」とは、異なる補助金を同一の企業が複数申請・受給することを指します。

誤解されやすいのは「同一経費への重複適用」と「複数補助金の同時受給」の違いです。前者は禁止されていますが、後者は条件を満たせば認められます。

まず、補助率という用語を確認しておきましょう。補助率とは、補助対象経費に対して支給される補助金の割合です。たとえば補助率1/2なら、100万円の経費に対して50万円が補助されます。補助率と補助上限額の低い方が実際の補助額になります。

補助金と助成金の違いとは？

補助金と助成金は、根拠法・財源・審査機関がすべて異なります。補助金は経済産業省・中小企業庁など（主に経産省系）が所管し、審査で競争する仕組みです。助成金は厚生労働省が所管し、要件を満たせば原則支給されます。財源が異なるため、同一経費でなければ補助金と助成金の同時受給は基本的に認められます。

補助金には大きく分けて2つの財源があります。

• 国（経済産業省・中小企業庁系）が所管する補助金：ものづくり補助金、IT導入補助金、小規模事業者持続化補助金、中小企業省力化投資補助金など
• 国（厚生労働省系）が所管する助成金：業務改善助成金、キャリアアップ助成金など

国の補助金と自治体独自の補助金の組み合わせも、多くのケースで併用が認められています。

区分	具体例	同時受給の可否
同一経費に複数の補助金	同じ設備購入費でものづくり補助金＋IT導入補助金	NG（禁止）
異なる経費に複数の補助金	設備費にものづくり補助金、システム費にIT導入補助金	OK
補助金＋助成金（異なる経費）	ものづくり補助金＋業務改善助成金	OK
国の補助金＋自治体補助金	持続化補助金＋都道府県の販路開拓補助	多くのケースでOK

この基本ルールを押さえておくだけで、申請戦略が大きく広がります。

補助金を同時申請・複数受給できるケースとは？（組み合わせパターン解説）

複数の補助金を同時に活用できる代表的なパターンは、「経費の種類を分ける」「事業内容を分ける」「財源が異なる補助金を組み合わせる」の3つです。

補助金HACKの支援現場でも、複数の補助金を組み合わせたケースは珍しくありません。以下に代表的なパターンをまとめます。

パターン1：ものづくり補助金＋IT導入補助金（補助金 同時申請 ルール）

製造業で最も多い組み合わせです。生産設備の導入にものづくり補助金（※2025年1月時点で次回公募未定。詳細は公式サイトで確認）を活用し、工場の生産管理システムや受発注管理ツールの導入にIT導入補助金を充てる形です。ものづくり補助金の直近採択率は約44%（2024年実績・中小企業庁公表値）です。

• ものづくり補助金：設備費・試作品開発費・専門家費用など
• IT導入補助金：業務ソフト・クラウドサービス・ITツールなど

経費の内訳が明確に分かれているため、審査上も問題なく申請できます。申請のタイミングと交付決定（補助金事務局が審査・正式に補助を決定する手続き）の時期がずれるケースがあるため、スケジュール管理が重要です。

パターン2：持続化補助金＋業務改善助成金

小売業・飲食業・サービス業で多い組み合わせです。小規模事業者持続化補助金の直近採択率は約60〜70%台で推移しており（中小企業庁公表値・各公募回実績）、比較的申請しやすい補助金です。

• 小規模事業者持続化補助金：チラシ制作・HP改修・販促物の制作など
• 業務改善助成金（厚生労働省）：賃金引き上げを行ったうえで、業務効率化に必要な機器・設備導入

助成金は「賃金を上げたうえで、業務の生産性を高める投資をする」ことが要件であり、補助金とは全く別の財源・審査ルートです。同一経費でなければ、同時受給が認められます。

パターン3：国の補助金＋自治体独自の補助金（補助金 組み合わせ おすすめ 中小企業）

都道府県や市区町村には、独自の補助金・助成制度を設けているところが多くあります。たとえば東京都が実施する「中小企業省エネルギー設備導入補助金」では、国の省エネ補助金と同一設備への適用は原則NGですが、設備の別の費用区分（設置費用など）に自治体補助金を充てるケースは認められることがあります。大阪府でも中小企業向けのDX支援補助金が設けられており、国のIT導入補助金と組み合わせる際は各公募要領で確認が必要です。

補助金の併用でNGになるケースとは？

補助金の併用でNGとなる最大の理由は「同一経費への二重適用」です。加えて、補助金ごとに設けられた独自の制限も見落とせません。

補助金HACKの支援現場では、このNG事例を知らずに申請して審査で落ちてしまうケースを多く見てきました。特に注意すべき3点を押さえておいてください。

注意事例1：同一経費への複数補助金の適用

たとえば、1台500万円の加工機械を購入する際に、ものづくり補助金とIT導入補助金の両方を充てることはできません。同じく、IT導入補助金で採択されたソフトウェアに自治体のDX補助金を追加適用するのも原則NG（自治体規定による）です。補助金HACKでは申請前の経費仕分けを必ず行い、この誤りを防いでいます。

注意事例2：交付決定前の発注・支払い

採択通知が届いた後でも、交付決定（補助金事務局が正式に補助を決定する手続き）が出るまでは経費を支出できません。複数の補助金を並行管理すると、どの補助金の交付決定がいつ出たかの管理が複雑になり、誤って発注してしまうリスクが高まります。採択取り消しになった事例を補助金HACKでも把握しており、最も注意が必要なポイントです。

注意事例3：目的外利用・経費の流用

採択された事業計画と異なる経費に補助金を使うことは、採択取り消し・返還命令の対象になります。計画変更が生じた場合は、必ず事務局に変更申請を行ってください。

NGパターン	具体例	理由
同一経費への二重適用	同じ機械にものづくり補助金＋自治体補助金	国・自治体問わず禁止
交付決定前の発注・支払い	採択通知後すぐに機械を発注	採択取消・補助対象外になる
目的外利用	採択内容と異なる経費への流用	採択取消・返還命令の対象
同一補助金の再申請（最近取得済み）	前回受給から間もない再申請	採択されにくい傾向
休眠会社での申請	買収した休眠法人で申請	事業継続性に疑義あり

製造業・飲食業・小売業別の具体的な組み合わせ事例

業種によって「使いやすい補助金の組み合わせ」は異なります。補助金HACKの支援現場から得た独自の知見をもとに、業種別の現実的な活用パターンをご紹介します。

製造業の場合

製造業での申請パターンは、実態上ほぼ2つに絞られます。

• 既存機械の入れ替え（ものづくり補助金の活用）
• 業務効率化のためのシステム導入（IT導入補助金の活用）

【事例1】埼玉の鋼材精密加工メーカー（従業員15名・2024年申請・補助金HACK支援事例・本人承諾済み）

加工ラインの増設にものづくり補助金1,500万円を申請しつつ、同時期に生産管理システムの導入でIT導入補助金450万円を申請したケースです。経費を「設備費」と「システム費」に明確に分けることで、重複なく2つの補助金を活用できました。

【事例2】愛知の自動車部品製造メーカー（従業員28名・2024年申請・補助金HACK支援事例・本人承諾済み）

試作品開発費をものづくり補助金で、社内の品質管理ツール導入費をIT導入補助金でカバーするプランを設計しました。「自己負担が当初見込みの半分近くになった」という声をいただいています。

【並行申請のビフォー・アフター】

補助金活用前：設備2,000万円＋システム500万円＝自己負担2,500万円 補助金活用後：ものづくり補助金750万円＋IT導入補助金250万円＝自己負担1,500万円（▲1,000万円）

製造業は投資規模が大きいぶん補助金の活用余地も広く、複数を組み合わせることで実質的な自己負担を大幅に圧縮できます。

飲食業の場合

【事例】東京のラーメン店（従業員8名・2024年申請・補助金HACK支援事例・本人承諾済み）

持続化補助金でメニュー表・チラシ・HP制作に50万円、IT導入補助金でPOSレジ導入に30万円、業務改善助成金で食洗機導入と賃上げを組み合わせ、合計100万円超の補助を受けたケースです。各経費の用途を明確に分けることで、3つの制度を無理なく活用できました。

飲食業で多い補助金の組み合わせ：

• 持続化補助金：メニュー表・チラシ・HP制作・広告宣伝費
• IT導入補助金：POSレジの導入
• 業務改善助成金（厚労省）：食洗機や調理機器などの省力化設備

小売業の場合

【事例】大阪のアパレルショップ（実店舗＋EC展開・従業員5名・2024年申請・補助金HACK支援事例・本人承諾済み）

EC開設のためのシステム構築費をIT導入補助金でカバーしながら、店頭での販促物作成・展示会出展費を持続化補助金で申請したケースです。実店舗の集客とオンライン販路の拡大を同時に進めたいという相談は多く、この組み合わせは小売業に特に有効です。

業種	主な使用補助金	組み合わせのポイント
製造業	ものづくり補助金＋IT導入補助金	設備費とシステム費で経費を分割
飲食業	持続化補助金＋IT導入補助金＋業務改善助成金	販促・DX・省力化で3方向をカバー
小売業	持続化補助金＋IT導入補助金	集客投資とEC化を分ける
IT・サービス業	持続化補助金＋省力化投資補助金	販路開拓と業務効率化を分ける

業種・規模別の自己負担額シミュレーション

「結局、自分はいくら負担するの？」という疑問に、具体的な数字でお答えします。

補助金は「補助率」と「補助上限額」の両方が適用されます。補助率と上限額の低い方が実際の補助額になります。以下は製造業で多い複合投資ケースのシミュレーションです（2025年1月時点の制度概要をもとにした試算）。

ケース1：設備1,500万円＋システム500万円の複合投資

投資項目	投資額	活用補助金	補助率	補助上限	補助見込み額	自己負担見込み
加工設備の導入	1,500万円	ものづくり補助金（一般型）	1/2	750万円	750万円	750万円
生産管理システム	500万円	IT導入補助金（複数プロセス型）	1/2	250万円	250万円	250万円
合計	2,000万円				1,000万円	1,000万円

この場合、2,000万円の投資に対して自己負担は約1,000万円（50%） になる計算です。補助金がなければ全額自己負担だったところを、2つの補助金を組み合わせることで半額に圧縮できます。

ケース2：小規模設備800万円＋省力化ツール200万円

投資項目	投資額	活用補助金	補助率	補助上限	補助見込み額	自己負担見込み
旋盤・マシニング等の設備	800万円	ものづくり補助金（一般型）	2/3（小規模事業者）	533万円	533万円	267万円
受発注管理ツール	200万円	IT導入補助金	1/2	100万円	100万円	100万円
合計	1,000万円				633万円	367万円

小規模事業者（従業員20名以下の製造業等）は補助率が2/3に上がるケースがあります。1,000万円の投資が実質367万円の自己負担 になる試算です。

自己負担額に影響する主な要因

• 賃上げ特例：一定の賃上げを行うと補助上限額が引き上がる制度があります
• 中小企業か小規模事業者か：補助率が変わる場合があります
• 申請枠の選択：同じ補助金でも枠によって補助率・上限が異なります
• 後払い制度：補助金は事業完了後の後払いのため、実施期間中の資金繰りも考慮が必要です

「自分の会社だと実際にいくら補助されるか知りたい」という方は、LINEでご相談ください。担当者が経費の内容をもとに試算シートをお送りします。

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2026年度の新制度と既存補助金の併用ルール（最新動向）

2026年度以降、中小企業向け補助金の体系が見直される可能性があります。現時点で「新事業進出補助金」「成長加速化補助金」といった新たな枠組みへの移行が検討されており、補助対象経費の範囲や既存補助金との経費区分ルールが変わる可能性があります。特に、ソフトウェア・クラウド利用費の扱いや補助上限・補助率は見直し対象として議論されています。

現行の「同一経費への二重適用禁止」という大原則は、新制度でも維持される方向とみられます。ただし、制度統合によって「かつて別々に申請できた経費区分が同一制度に統合される」ケースでは、申請戦略の見直しが必要になります。正式な公募要領が公表された段階で、補助金HACKでも内容を精査してお伝えします。

新制度情報を最速でお届けするLINE配信も行っています。公募要領確定前に準備を進めたい経営者の方はご登録ください。

補助金申請は自分でできるか・専門家に依頼すべきかの判断基準とは？

複数の補助金を同時に申請するケースでは、専門家の活用が費用対効果を高めることがあります。自社のリソース・申請難易度によって判断は異なります。

以下のポイントに当てはまる数で判断してください。

• 申請する補助金が2つ以上ある
• 補助金の申請経験が社内にない
• 過去に不採択になった経験がある
• 申請書作成に使える時間が週3時間未満
• 補助申請額が合計500万円以上になる見込み

0〜1個：自分で申請できる可能性が高い

小規模事業者持続化補助金（上限50〜200万円程度）など規模が小さい補助金であれば、社内で対応できるケースが多いです。なお、持続化補助金の書類作成工数は10〜20時間程度が目安です（補助金HACK支援事例・推定値）。初めての方はこの時間を確保できるか確認してから着手してください。

2〜3個：一部専門家サポートを検討

申請書のレビューだけ依頼するなど、部分的なサポート活用が有効です。

4〜5個：複数補助金の並行申請は専門家推奨

スケジュール・書類・経費の管理が複雑になるため、専門家への相談をお勧めします。補助申請額が数百万円以上の規模であれば、専門家報酬を支払っても実質的なメリットが大きくなります。

なお、申請書の書き方のポイントや採択されやすい計画書の特徴については、[補助金申請書の書き方ガイド（別記事）]()で詳しく解説しています。

補助金HACKでは過去最高補助額6,000万円規模の採択を支援した実績があります（補助金HACK支援事例・2024年時点）。

専門家への依頼費用の目安

支援タイプ	着手金相場	成功報酬相場
行政書士・社労士	5〜30万円	採択額の10〜20%
補助金専門コンサル	0〜20万円	採択額の10〜30%
税理士法人（顧問先向け）	顧問料に含む	0〜10%

（業界相場。補助金の種類・規模により変動します）

補助金を使う前に注意すべき落とし穴

補助金の併用を検討する前に、経営者が誤解しやすい「落とし穴」を整理しておきます。

注意点1：採択＝入金ではない

補助金は「事業を先に実施して、後から補助金が入金される後払い方式」です。採択の通知が届いてから、実績報告→審査→入金まで3か月〜半年程度かかるのが実態です。複数の補助金を並行管理すると、この期間が重なり資金繰りの計画が複雑になります。

注意点2：交付決定前の発注・支払いは採択取り消しになる

「採択通知が来たから発注してOK」という誤解が非常に多いです。実際には交付申請（採択後に行う正式な申請手続き）の審査が通り、交付決定が出るまで経費を支出できません。

注意点3：「賃上げで補助金がもらえる」は誤解

正確には「賃上げを行うと補助金の上限額が引き上がるインセンティブがある補助金がある」というものです。「賃上げだけで補助金がもらえる」わけではありません。

補助金申請のスケジュール管理で失敗しないための順序とは？

複数の補助金を同時並行で申請する場合、最大の失敗リスクは「交付決定前に経費を支払ってしまうこと」です。

以下のステップを意識することが重要です。

1. 使いたい補助金をリストアップし、経費を割り当てる　どの投資にどの補助金を充てるかを先に整理します。この段階で「同一経費の重複」がないかを確認します。

1. 公募スケジュールを確認し、申請順序を決める　IT導入補助金は複数回の公募があり、ものづくり補助金は2025年1月時点で次回公募が未定です（※詳細は公式サイトで確認）。申請できる補助金から優先して準備を進めます。

1. それぞれの交付決定日を把握し、発注・支払いのタイミングを管理する　複数の補助金の交付決定はタイミングがずれます。ものづくり補助金の交付決定後に設備を発注しつつ、IT導入補助金の交付決定を待ってシステムの契約を結ぶ、というように管理が必要です。

1. 実績報告を補助金ごとに管理する　事業が完了したら補助金ごとに実績報告を提出します。証憑（しょうひょう：領収書・契約書・請求書など、経費支出を証明する書類のこと）は補助金ごとに分けて管理しておくと作業が大幅に楽になります。

フェーズ	注意点
申請前	どの経費にどの補助金を充てるか決定し、重複がないか確認
採択後・交付決定前	発注・支払いは禁止。交付申請書を速やかに提出
交付決定後	交付決定通知の受領日以降に発注・契約を行う
実績報告	補助金ごとに証憑（領収書・契約書等）を分けて管理
入金	実績報告の審査承認後。複数の補助金で入金時期がずれる点を認識

補助金HACKに依頼するとどうなるか

補助金を複数申請したいが、自社だけでの管理に不安を感じている経営者の方に向けて、補助金HACKへのご依頼後の流れをご説明します。

1. LINE相談・ヒアリング　LINEでご連絡いただき、投資内容・業種・規模・申請希望の補助金をヒアリングします。相談は無料です。

1. 経費割当シートの送付　どの経費にどの補助金を充てるかを整理した「経費割当シート」を補助金HACKが作成してお送りします。重複適用の防止と申請戦略の整理をこの段階で行います。

1. 採択まで伴走サポート　申請書の作成・スケジュール管理・交付決定後の発注タイミング確認・実績報告まで、採択後の入金まで一貫してサポートします。

他社との違い

比較項目	補助金HACK	一般的な行政書士・コンサル
相談方法	LINEで即時対応	メール・電話・来訪が中心
新制度への対応	公募要領確定前から情報提供	公募後に対応するケースが多い
複数補助金の並行管理	経費割当シートで一元管理	補助金ごとに別途対応
対応スピード	当日〜翌営業日	数日かかるケースが多い

費用・条件については初回無料相談時にお伝えします。まずはお気軽にLINEでご相談ください。

まとめ：補助金の併用で押さえるべき5つのポイント

中小企業が補助金を複数同時に活用することは、ルールを守れば十分に可能です。「同一経費への二重適用」を避け、経費の種類・事業内容でしっかり補助金を割り当てることが基本です。

1. 同一経費への複数補助金の適用はNG。異なる経費・事業であれば複数の補助金の同時活用が可能
2. 補助金と助成金（厚労省系）の組み合わせは特に有効。財源が異なるため重複制限が少ない
3. 業種によって使いやすい組み合わせが異なる。製造業はものづくり補助金＋IT導入補助金、飲食業は持続化補助金＋IT導入補助金＋業務改善助成金が典型
4. 交付決定前の発注・支払いは補助対象外。複数の補助金を並行管理するときは特にスケジュール管理が重要
5. 申請書の質が採択率を左右する。投資回収期間の明示・数値目標の具体化・整合性の確認が基本

申請書の書き方については[補助金申請書の書き方ガイド（別記事）]()、各補助金の詳細については[ものづくり補助金の解説記事]()・[IT導入補助金の解説記事]()・[持続化補助金の解説記事]()もあわせてご参照ください。

補助金HACKでは、LINEから自社に使える補助金の診断・申請サポートの相談をそのまま受け付けています。LINE登録後すぐに経費割当シートと最新の公募カレンダーをお送りします。

> これまでに寄せられた相談をもとに、御社の業種・規模に合った組み合わせを提案します。

本記事は2025年1月時点の情報に基づいています。補助金の公募状況・補助額・要件は変更される場合があります。最新情報は必ず各公式サイトでご確認ください。

• ものづくり補助金 公式サイト
• IT導入補助金 公式サイト
• 小規模事業者持続化補助金 公式サイト
• 中小企業省力化投資補助金 公式サイト
• 業務改善助成金（厚生労働省）
• キャリアアップ助成金（厚生労働省）
• 中小企業庁 補助金・給付金情報

よくある質問

:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。

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