この記事は 行政書士・上田 昌芳（第26260602号） の監修のもと公開しています。 詳細を見る →
# 補助金の併用は中小企業にとってOK？NGパターンと具体的な活用法を解説
この記事を読むと3つのことがわかります（所要時間：約5分）
- 補助金の「併用OK」と「絶対NG」の境界線
- 製造業が725万円の自己負担を圧縮した具体的な組み合わせ事例
- 複数申請で失敗しないための確認ポイントと申請順序
忙しい経営者の方でも、この記事を5分読むだけで「自社に使える組み合わせ」の方向性が見えます。
補助金の複数申請（併用）は原則OKです。禁止されているのは「同一経費への重複申請」だけであり、用途が異なれば複数の補助金を同時に申請・受給できます。製造業では設備更新とシステム導入を組み合わせて725万円の自己負担を圧縮した事例もあります。本記事では、NGパターンと具体的な活用法を経営判断レベルで解説します。
中小企業の経営者から「補助金は1社で複数使えますか？」という質問を、補助金HACKは日々受けています。銀行融資が厳しくなる中、資金繰りに頭を抱える二代目経営者ほど、補助金の活用を真剣に考えています。
累計800件の申請支援で見えてきたのは、「補助金の組み合わせ」を戦略的に使いこなしている中小企業が、投資コストを大幅に圧縮しているという事実です。本記事では、製造業を中心にどの補助金を組み合わせるとOKで、何がNGなのかを整理します。
目次
- 補助金の「併用」とは？中小企業が知っておくべき基本ルール
- 製造ライン老朽設備の更新で実際にいくら補助が出たか？
- 製造業×設備更新＋DX化は補助金の併用OKか？業種別パターンで解説
- 補助金の申請順序とタイムラインの考え方
- 補助金の複数申請でよくある誤解と正しい理解
- 補助金HACKが選ばれる3つの理由
- 補助金の複数申請で失敗しないための確認ポイント
- 2025年1月時点で受付中の主要補助金
- まとめ：補助金の「組み合わせ」は経営戦略の一部として考えるべきか？
補助金の「併用」とは？中小企業が知っておくべき基本ルールは？
補助金の併用とは、1つの会社が複数の補助金・助成金に同時期に申請・受給することを指します。禁止されているのは「同一の経費に対して複数の補助金を重ねること（重複受給）」であり、それさえ守れば複数の補助金を並行活用できます。
多くの経営者が「補助金は1社につき1本しか使えない」と誤解しています。しかし実際には、用途（補助対象経費）が異なれば複数の補助金を同時申請・受給することは制度上認められています。補助金HACK申請支援担当も「経営者の誤解で最も多いのが、補助金を1本しか使えないと思い込んでいること」と指摘しています。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 併用が原則OK | 異なる経費・用途に対して複数の補助金・助成金を申請・受給する |
| 併用がNG | 同一の設備購入・同一の経費に対して複数の補助金を重複申請する |
| 申告義務 | 補助金によっては他の補助金の受給状況を事務局に申告する義務あり |
| 管理負担 | 複数申請すると実績報告・書類管理の事務負担が増える |
中小企業が補助金を複数活用する際に押さえておくべき原則は、シンプルに言えば「1円1補助金の原則」です。1つの経費に対して補助するのは1つの補助金に限る、という考え方がすべての基礎になります。
補助金は国・自治体が政策目的のために支出する公的資金です。「補助金を使って設備を買いました」という事実に対し、国が二重・三重に補助することは税金の二重支出になるため、厳格に禁止されています。この原則さえ守れば、複数の補助金を賢く組み合わせることは、むしろ国が推奨する中小企業の資金活用の形です。
📌 主要補助金の補助率・採択率（2024年度実績）
- ものづくり補助金：補助率1/2（一般型の場合）、直近採択率は約40〜50%（推定値。中小企業庁公表データ参照）
- IT導入補助金：補助率1/2〜3/4（インボイス対応類型等の場合、IT導入補助金公式参照）
- 小規模事業者持続化補助金：補助率2/3、直近採択率は約60〜70%（推定値）
※補助率は「投資額の〇割が補助される」割合。例：補助率1/2なら1,000万円の設備投資に対して500万円が補助されます。
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製造ライン老朽設備の更新で実際にいくら補助が出たか？
「補助金でいくら浮くか」を具体的な数字で示します。補助金HACKが支援した製造業クライアントの実例です。
【支援事例：金属加工業・従業員23名・東海地方】（実クライアントの概算事例）
老朽化した加工機械の入れ替えと、受発注管理システムの導入を同時に計画していたクライアントです。投資内容と活用した補助金は以下のとおりです。
| 投資内容 | 投資金額 | 活用補助金 | 補助額（概算） | 自己負担（概算） |
|---|---|---|---|---|
| 製造ライン設備の更新 | 1,000万円 | ものづくり補助金 | 500万円（補助率1/2） | 500万円 |
| 受発注管理システム導入 | 300万円 | IT導入補助金 | 225万円（補助率3/4） | 75万円 |
| 合計 | 1,300万円 | — | 725万円 | 575万円 |
補助金なしで同じ投資をすれば自己負担は1,300万円。補助金を2本組み合わせることで、自己負担を575万円（約44%）まで圧縮しました。差額725万円分が補助金で賄われた計算です。
📌 「設備更新」と「システム導入」は用途が明確に分かれるため、複数の補助金を分けて申請しやすい
設備購入費とソフトウェア・クラウドサービス導入費は別経費として整理できるため、重複なく申請できます。製造業でこのパターンが最も相談の多い組み合わせです。
補助率・補助上限額は公募回次ごとに変わります。上記はあくまで一例であり、次回公募時に条件が変わる可能性があります。自社の投資内容に当てはめた試算は、以下の無料シミュレーションでご確認ください。
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製造業×設備更新＋DX化は補助金の併用OKか？業種別パターンで解説
同一経費への重複申請がNGであることさえ守れば、多くの組み合わせが可能です。ただし「絶対に大丈夫」と断言できるものはなく、各補助金の公募要領で確認することが前提になります。
📌 【重要ポイント】同一経費への重複申請がNGであることが大前提
以下のすべての判定は「経費が重複しないこと」を前提にしています。同一の機械・設備・制作費を複数の補助金に計上することは全制度で禁止されています。事務局は実績報告時に領収書・請求書を突合してチェックするため、書類上の不整合は必ず発覚します。
| 組み合わせパターン | 判定 | 注意点 |
|---|---|---|
| 設備購入（ものづくり補助金）＋システム導入（IT導入補助金） | ○ OKの可能性 | 経費が重複しないこと |
| 設備投資（補助金）＋採用・教育訓練（助成金） | ○ OKの可能性 | 管轄省庁・用途が異なること |
| 国の補助金＋自治体補助金 | △ 要確認 | 自治体規定の確認が必須 |
| 同一設備に補助金A＋補助金B | × NG | 重複受給は全制度で禁止 |
| 同一の広告費に複数の補助金 | × NG | 経費の二重計上は不可 |
併用OKの代表パターン
- 国の補助金（経産省系）＋雇用・人材系助成金（厚労省系）の組み合わせ：設備投資に補助金を使い、採用・教育訓練に助成金を使う。管轄省庁が違い、対象経費も異なるため問題ありません。
- 異なる設備・用途への別々の補助金：生産設備の購入（ものづくり補助金）と情報システムの導入（IT導入補助金）を同時申請するパターン。
- 国の補助金＋自治体独自補助金の組み合わせ：国と自治体は別制度です。ただし自治体補助金側の規定で「国の補助金と重複する場合は対象外」と定めているケースがあるため、自治体側の公募要領の確認が必須です。東京都・大阪府・愛知県など主要都府県でも、自治体補助金の重複規定は個別に異なります。
- 異なる年度・タイミングの補助金：前年度に採択を受けた補助金の事業が完了後、翌年度に別の補助金を申請するケース。
併用NGの代表パターン
- 同一の機械・設備に対して複数の補助金を重ねること：1台の設備購入費1,000万円に対し、補助金Aから500万円、補助金Bからさらに補助を受けることはできません。
- 同一の広告宣伝費・制作費への重複申請：チラシ制作費やWebサイト制作費を複数の補助金に同時計上することはNGです。
- 採択後・交付決定前に発生した経費の申請：交付決定日より前に支払いが発生した経費は補助対象外です。
⚠️ 交付決定日と事業開始のタイミング
「採択＝補助金が使える状態ではない」という点は最も誤解が多い部分です。採択通知後に「交付申請」を提出し、事務局が審査して「交付決定」を出して初めて補助対象事業を開始できます。交付決定日前の契約・発注は補助対象外になるため、複数の補助金を同時進行する際はタイムラインの管理が特に重要です。
中小企業が使いやすい補助金の組み合わせパターンとは？
業種・投資内容ごとに、実務上よく見られる補助金の組み合わせパターンがあります。以下は補助金支援の現場で実際に見られる典型的な活用パターンです。
パターン1：製造業×設備更新＋DX化（最多相談パターン）
【対象】製造業・資本金3億円以下・従業員50名以下
製造業の二代目社長が最も相談が多いのが、老朽化した生産設備の更新とあわせたシステム導入です。
- 生産設備の入れ替え・増強 → ものづくり補助金（次回公募予定は未発表）または中小企業省力化投資補助金
- 受発注・在庫管理システムの導入 → IT導入補助金
- 人員採用・技能研修 → 人材開発支援助成金（厚生労働省）
経費の用途が明確に分かれているため、それぞれ別の補助金を活用しやすいパターンです。ものづくり補助金は【2025年1月時点】次回公募予定は未発表のため、最新の公募状況を中小企業庁の公式サイトで確認してください。
ビフォーアフター数値例（概算）：
- 投資総額1,300万円（設備1,000万円＋システム300万円）
- 補助金活用後の自己負担：約575万円
- 圧縮効果：約725万円（ものづくり補助金・補助率1/2・一般型、IT導入補助金・補助率3/4・インボイス対応類型を適用した概算）
パターン2：全業種共通×省エネ＋人手不足対策
【対象】全業種・資本金・従業員数問わず
業種を問わず使いやすいのが、省エネ設備への投資と人手不足対策への投資の組み合わせです。
- 省エネ設備・機器の導入 → 省エネ補助金
- 人手不足対策の自動化機器導入 → 中小企業省力化投資補助金
この2つは目的も対象経費も異なるため、同一の機器が両方の要件を満たさない限り組み合わせることができます。
ビフォーアフター数値例（概算）：
- 投資総額800万円（省エネ機器400万円＋自動化機器400万円）
- 補助金活用後の自己負担：約450万円
- 圧縮効果：約350万円（各補助金の補助率を適用した場合の概算）
パターン3：建設業×設備投資＋DX化
【対象】建設業・資本金3億円以下・従業員300名以下
建設業では、重機・施工機械の更新と現場管理システムの導入を組み合わせるパターンが増えています。
設備（有形）とシステム（無形）で経費が明確に分かれるため、製造業と同様に申請しやすい構造です。
ビフォーアフター数値例（概算）：
- 投資総額1,100万円（重機800万円＋施工管理システム300万円）
- 補助金活用後の自己負担：約550万円
- 圧縮効果：約550万円（各補助金の補助率を適用した場合の概算）
IT導入補助金と持続化補助金の同時申請はできる？
IT導入補助金（ITツール導入を支援）と小規模事業者持続化補助金（販路開拓・業務効率化に資する場合に限り対象）は、対象経費が重複しない限り同時申請が可能です。具体的には、ITツール導入費をIT導入補助金で申請し、チラシ制作費・展示会出展費を持続化補助金で申請するパターンが典型例です。ただし、Webサイト制作費は両補助金で対象になるケースがあるため、同一の制作費を両方に計上しないよう注意が必要です。申請前に各公募要領の「補助対象経費」の範囲を照合し、経費の割り振りを書類で明確にしておくことが採択への近道です。
補助金の申請順序とタイムラインの考え方は？
補助金の申請では「いつ申請するか」が採択率に直結します。年度始まり（4〜7月）の第1回公募は採択率が高く、冬・年始は予算消化で枠が絞られる傾向があります。
📌 【重要ポイント】タイムラインは「交付決定日」を中心に設計する
複数の補助金を使う場合、それぞれの「交付決定日以降に事業開始」というルールを個別に管理する必要があります。一方の補助金の採択通知が届いたからといって、もう一方の補助金の交付決定を待たずに関連経費を支払うと、後者の補助対象外になる可能性があります。
| 時期 | 想定アクション |
|---|---|
| 申請の3か月前 | GビズID（政府が提供する法人共通認証ID）取得・公募要領の確認・見積書の取得開始 |
| 申請の1か月前 | 事業計画書の作成・書類収集 |
| 申請直後 | 採択通知待ち（1〜3か月程度） |
| 採択後 | 交付申請の提出 → 交付決定を待つ |
| 交付決定後 | 補助対象事業を開始（この日以降でないと補助対象外） |
| 事業完了後 | 実績報告書の提出 → 入金（3〜6か月後） |
複数の補助金を計画する際の具体的な手順は以下のとおりです。
- 使いたい補助金の公募スケジュールを把握する（所要時間：1〜2時間）
各補助金事務局が公表する年間スケジュールを確認し、申請時期が重なる場合は優先順位を決めます。
- GビズIDを早めに取得する（所要時間：申請〜取得まで2〜3週間）
多くの補助金の電子申請に必須です。取得に時間がかかるため、最初のアクションとして着手してください。
- 採択率の高い時期を優先する（所要時間：スケジュール確認30分）
複数の補助金が同時期に公募中の場合、年度始まり・第1回公募を優先的に申請します。
- 交付決定日のズレを前提に資金繰りを設計する（所要時間：金融機関と要相談）
補助金は事業完了後の後払いが原則のため、つなぎ資金の手当ても検討してください。
- 実績報告の繁忙期を避ける（所要時間：スケジュール調整1時間）
複数の補助金の実績報告期限が重なると、社内の事務作業が大幅に増えます。可能であれば申請時期をずらして事務負担を分散させます。
✓ 実績報告から入金まで3〜6か月かかることを前提に資金繰りを設計する
補助金は採択・交付決定後に事業を実施し、完了後に実績報告書を提出して初めて入金されます。複数の補助金を同時進行すると、実績報告の作業が重なります。「こんなに時間がかかるとは思わなかった」という声が多い部分です。
補助金の複数申請でよくある誤解と正しい理解は？
補助金の併用に関しては、ネット上に不正確な情報が多く出回っています。補助金HACKが実際の現場で見てきた「よくある誤解」と「正しい理解」を整理します。
誤解1：「補助金を複数使うと審査で不利になる」
正しくは、複数の補助金を申請すること自体は審査上の不利にはなりません。ただし、各補助金の公募要領で定める「他の補助金の申告義務」を正確に守ることが前提です。申告を怠った場合に不利益が生じる可能性があります。
誤解2：「賃上げをすれば補助金がもらえる」
賃上げ単独で補助金が受給できる制度はほぼありません。正確には、業務改善助成金のように「賃上げを実施する際に設備投資への補助が受けられる」制度や、「賃上げをすると補助上限額が引き上がるインセンティブ（加点）がある」補助金が存在します。賃上げと補助金の関係は、「もらえる」ではなく「加点・優遇される」という理解が正確です。
誤解3：「事業再構築補助金を今から申請できる」
事業再構築補助金は2024年で公募終了済みです。後継として「中小企業新事業進出補助金」の新設が検討されています（仮称・詳細は中小企業庁の公式発表をご確認ください。未確定情報のため本記事では詳細を記載しません）。現在も事業再構築補助金が使えると記述しているサイトが残っていますが、これは古い情報です。
📌 2026年の新制度・新補助金に最短で対応する方法
補助金制度は毎年変わります。2026年の新制度情報が公式発表された直後から、補助金HACKではLINEで即時情報提供を行っています。「使える補助金が変わった」タイミングを逃さないために、今のうちにLINE登録しておくことをお勧めします。
補助金HACKが選ばれる3つの理由
📌 補助金HACKの3つの強み
- 累計800件の申請支援実績：製造業・建設業・小売業など幅広い業種で、複数補助金の組み合わせ支援も多数実績あり。「何から始めればいいかわからない」という段階から伴走します。
- 2026年新制度への即応体制：補助金制度は毎年変わります。公式発表が出た直後にLINEで情報提供するため、「知らなかった」による申請機会の損失を防げます。
- LINE24時間受付・しつこい営業なし：思い立ったタイミングでいつでも相談できます。まず情報提供・方針確認を行い、申請支援が必要な場合のみ個別プランをご提案します。
補助金の複数申請で失敗しないための確認ポイントと注意事項
補助金の複数申請は、事前の確認を怠ると採択後に取り消しになるリスクがあります。補助金HACKが800件の支援を通じて繰り返し見てきた失敗パターンと、それを防ぐための確認ポイントを整理します。
失敗を防ぐ確認ポイント1：公募要領の「他の補助金との関係」条項を読む
ほぼすべての補助金の公募要領（その補助金の応募ルール・締切・必要書類をまとめた文書）に、他の補助金・助成金との関係について定めた条項があります。「他の補助金を受給している場合は申告すること」「同一経費への補助は認めない」といった記載が一般的です。必ず公募要領の原文を確認してください。最も多い失敗がこの読み落としです。公募要領は最初から最後まで通読することが前提です。
失敗を防ぐ確認ポイント2：経費の「用途の分離」を書類で明確にする
複数の補助金を申請する際は、「どの補助金でどの経費を賄うか」を書類上で明確に分けることが必要です。見積書・契約書・請求書が補助金ごとに対応していることを確認してください。
同じ設備購入費や制作費を2つの補助金の経費として計上してしまうケースは、書類上は気づきにくいものです。実績報告の段階で発覚して採択取り消しになるケースも実際にあります。申請前に「どの補助金でどの経費を賄うか」の対応表を作成することで防げます。
失敗を防ぐ確認ポイント3：交付決定日のタイムラインを補助金ごとに管理する
複数の補助金を同時進行すると、それぞれの交付決定日が異なります。交付決定前に経費が発生すると補助対象外になるため、スケジュール管理が重要です。「交付決定日前の支払いは最も多い取り消し理由の一つ」です。
採択通知が届いた後、「交付申請」を提出し、事務局が審査して「交付決定」を出して初めて事業を開始できます。この順序を知らずに採択通知直後に設備を発注・支払いして補助対象外と判断された事例が複数あります。「採択＝すぐ使える」ではないことを必ず念頭に置いてください。
失敗を防ぐ確認ポイント4：実績報告の事務負担と税務上の扱いを見積もる
補助金は採択・交付決定後に事業を実施し、完了後に実績報告書を提出して初めて入金されます。実績報告から入金までは3か月〜半年かかるのが一般的です。複数の補助金を同時進行すると、実績報告の作業が重なる点に注意してください。
また、補助金の受給額は雑収入として課税対象になります。たとえば500万円の補助金を受給した場合、法人税率約30%を想定すると実質手取りは税引後で約350万円前後になります（実際の税負担は所得水準・税率によって異なるため、顧問税理士へご確認ください）。補助金を受け取ったからといって丸ごと手元に残るわけではない点は、資金計画の段階から意識してください。
失敗を防ぐ確認ポイント5：自治体補助金は個別に規定を確認する
国の補助金と異なり、自治体独自の補助金は規定がばらつきます。「国の補助金と重複する場合は対象外」と定めている自治体補助金もあるため、自治体の担当窓口に直接確認することを推奨します。
⚠️ 失敗は「知らなかった」では済まない
採択取り消しになると、すでに支払いを済ませた経費が補助されなくなるだけでなく、場合によっては返還命令が発生します。「知らなかった」は事務局には通用しません。公募要領の通読と専門家への確認が、最もコストパフォーマンスの高いリスク管理です。
採択されなかった場合・自己負担のタイミングはいつか？
Q. 申請して採択されなかった場合、費用はかかりますか？
補助金自体の申請に費用は発生しません。ただし、申請書類の作成を支援会社に依頼した場合は、その費用の扱いは会社ごとに異なります。補助金HACKでは、無料シミュレーション・初期相談の段階では費用は発生しません。まずはLINEでご相談ください。
Q. 自己負担のタイミングはいつですか？
補助金の支給は「事業完了後の後払い」が原則です。設備購入・システム導入の費用は、いったん全額自己資金で支払う必要があります。補助金が入金されるのは事業完了後の実績報告審査が通った後で、採択から入金まで早くても半年〜1年かかるのが一般的です。資金繰りのつなぎとして、金融機関への相談も並行して進めることをお勧めします。
こうした落とし穴を自社だけで回避するのは容易ではありません。補助金HACKでは800件の申請支援実績をもとに、経費の分離設計・タイムライン管理・公募要領の読み解きをまとめてサポートしています。「自分でやろうとして失敗した」より「最初から専門家に確認した」方が、結果として時間も費用も節約できるケースがほとんどです。
関連記事：ものづくり補助金とは？製造業経営者が知っておくべき申請のコツ・IT導入補助金2025年版：採択されやすい申請書の書き方・小規模事業者持続化補助金の完全ガイド・補助金申請の全体像と準備の始め方
2025年1月時点で受付中の主要補助金
今すぐ動けるかどうかを確認するために、現在受付中の補助金を一覧でまとめます。
| 補助金名 | 次回締切（目安） | 公式URL |
|---|---|---|
| IT導入補助金2025 | 随時公募（要確認） | it-hojo.jp |
| 小規模事業者持続化補助金 | 随時公募（要確認） | jizokukahojokin.info |
| 中小企業省力化投資補助金 | 随時公募（要確認） | 中小企業庁公式 |
| ものづくり補助金 | 次回公募予定は未発表 | chusho.meti.go.jp |
※締切は公募回次ごとに変わります。必ず各公式サイトで最新情報を確認してください。
まとめ：補助金の「組み合わせ」は経営戦略の一部として考えるべきか？
補助金の併用について、重要なポイントを整理します。
- 同一経費への重複申請がNGであることが大原則で、経費の用途が異なれば複数の補助金を同時活用できます。
- 製造業では「設備更新＋システム導入」の組み合わせが典型的で、複数の補助金を分けて申請しやすい構造があります（ものづくり補助金詳細 / IT導入補助金詳細 / 持続化補助金詳細）。
- 交付決定日より前の経費支払いは補助対象外になるため、複数の補助金を同時進行する際はタイムライン管理が最重要です。
- 実績報告から入金まで3〜6か月かかることを前提に、資金繰りを設計してください。
- 補助金の受給額は雑収入として課税対象になるため、税理士との事前確認が必要です（500万円受給で実質手取りは税引後約350万円前後が目安）。
- 公募要領の「他の補助金との関係」条項を必ず事前に確認してください。
補助金の組み合わせは、一度の投資サイクルで複数の政策支援を受けられる有効な資金調達戦略です。ただし事務手続きの複雑さも倍増するため、申請する補助金の優先順位付けと社内体制の整備が重要になります。
800件の申請支援実績をもとに、補助金HACKが御社の投資プランに合った組み合わせをご提案します。2026年の新制度情報が公式発表され次第、随時対応します。
「まず金額感だけ知りたい」という方も、「すぐ申請したい」という方も、最初の一歩はここから始まります。
ステップ1：無料シミュレーションで概算受給額を確認（1分・無料・営業なし）
登録後すぐに担当者から返答・しつこい営業なし
ステップ2：シミュレーション後、具体的な申請プランを個別相談で確認
LINE登録 → 担当者が補助金の組み合わせを確認 → 御社向けプランをご提案という3ステップで進みます。最初のLINE登録から担当者の返答まで、営業日であれば当日中にご連絡します。
最終更新：2025年1月。この記事の情報は2025年1月時点のものです。補助金の公募状況・制度内容は変更される場合があります。最新情報は各補助金の公式サイト・公募要領でご確認ください。
執筆・監修：補助金HACK編集部（申請支援実績800件）
よくある質問
補助金と助成金は同時に申請できますか？
同じ設備購入に複数の補助金を使えますか？
補助金の申請は何件まで同時にできますか？
採択後に別の補助金に申請しても問題ありませんか？
補助金を複数申請するとき、申請の順番はありますか？
ものづくり補助金とIT導入補助金は同時に申請できますか？
:::point[次に読みたい記事] 補助金活用は「申請して終わり」ではありません。次のステップでつまずきやすいポイントを先取りして解説しています。
- 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
- 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
- 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
- 【支援800件・採択率80%】中小企業は補助金を複数同時に使える？併用OKとNGのルールを整理
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